Nejistota referenční nebo kalibrační hodnoty je udávána v kalibračním protokolu nebo v certifikátu referenčního materiálu nebo ve validačním protokolu referenčního (kontrolního) materiálu obvykle ve formě rozšířené nejistoty (k=2). Relativní rozšířená nejistota se převede na standardní relativní nejistotu vydělením dvěma (obě hodnoty jsou v %). Takto se vloží do kalkulátoru. Pokud není nejistota referenční hodnoty dostupná v protokolu materiálu, doporučuje se použít hodnoty mezilaboratorní reprodukovatelnosti, která je vždy v takovém případě ve validačním protokolu k dispozici. Je žádoucí, aby byla hodnota reprodukovatelnosti získána z dat nejméně 20 účastníků cyklu EHK. Hodnota reprodukovatelnosti je v protokolech uváděna a do kalkulátoru se vkládá v %.