(dokument z roku
2002 aktualizovaný v roce 2015 - historický
materiál - od roku 2015 neaktualizovaný)
Laboratorní vyšetření používaná
v mikrobiologii lze z pohledu NČLP rozdělit do 4 základních skupin (toto
dělení však vychází z principu těchto vyšetření a je užitečné a
životaschopné i mimo rámec NČLP):
1. Kultivační vyšetření
(ať už všeobecná, speciální nebo selektivní)
hledají živého mikroba a jejich výsledek má (proti jiným typům vyšetření)
složitou a specifickou strukturu (žádný, jeden či více mikrobů, jejich
vlastnosti, jejich kvantita, citlivost na antimikrobní látky atd.). Tento typ
výsledku je pro mikrobiologická kultivační vyšetření specifický a kultivační
vyšetření neodpovídají přesně specifikaci IFCC.
Rozdíl mezi všeobecným a selektivním
kultivačním vyšetřením spočívá v tom, že u selektivního vyšetření („na
konkrétního mikroba“) je součástí výsledku (případně) i informace o
nepřítomnosti hledaného mikroba (výsledkem speciální kultivace na M. tuberculosis
může být jen „kvasinky“, ale výsledek musí obsahovat fakt, že M.
tuberculosis nebylo prokázáno).
Příklady:
Systém: punktát,
moč, sekret z tonsil…
Komponenta: agens
(obecná, víceméně formální položka)
Druh veličiny: popis
Jednotka: není
Procedura: kultivace
bakteriologická
kultivace
bakteriologická na mykobakteria
kultivace
virologická…
Začlenění kultivačních vyšetření do NČLP byl
největší problém, jejich struktura se vzpírala exaktnímu popisu (problém není
uspokojivě vyřešen ani v obdobných zahraničních systémech) a dosažený stav
je víceméně kompromisem mezi „šedou teorií“ a „zeleným stromem života“. Tyto
položky jsou v NČLP označeny jako „ne-IFCC“, jsou trochu výjimečné, autoři
se však domnívají, že toto řešení vyhovuje praktickým potřebám (přenos dat,
vypracování SOP, vypracování laboratorní příručky).
Zároveň při práci vyšlo najevo, že
mikrobiologická kultivační vyšetření a tzv. „přímé průkazy“ (viz dále) jsou
metody, kde je více než v jiných laboratorních oborech kladen důraz na
přesný popis a specifikaci systému („materiálu“). Do číselníku systému byla
proto zavedena celá řada nových položek, které jiné laboratorní obory
nepoužívají (stěr z tonsil…), zavedena specifikace systémů (tj. další
dělení pro některé systémy) a přibyla možnost přidat k popisu systému i
způsob jeho získání. Tyto změny byly pro strukturu NČLP dosti významné a bez
nich by kultivační metody nebyly popsány vyhovujícím způsobem.
Rozšířen musel být pochopitelně i číselník
procedur, ale zde změny z hlediska struktury NČLP nebyly podstatné a
jednalo se o běžné doplnění nových procedur.
Z hlediska datového standardu jsou položky
tohoto typu odlišné a zachází se s nimi jinak, než s „běžnými“ položkami
NČLP (dále v bodě 3. a 4.).
2. Mikroskopie
popisuje morfologii mikroskopického preparátu
(leukocyty, fagocytózu, G- diplokoky)
Příklady:
Systém: punktát,
moč, sekret z tonsil…
Komponenta: agens
(obecná, víceméně formální položka)
Druh veličiny: popis
Jednotka: není
Procedura: mikroskopie
optická, barvení dle Grama
mikroskopie
fluorescenční na průkaz mykobakterií
Oddělení mikroskopických a kultivačních metod
(což bude možná pro mikrobiologickou veřejnost trochu překvapivé) celou
problematiku paradoxně zjednodušuje. Kultivační a mikroskopické metody se sice
většinou provádějí paralelně (hlavně v bakteriologii, situace v parazitologii
je ale už poněkud odlišná), ale jinak se v řadě aspektů odlišují. Např. se
zcela liší jejich SOP. Pro systémy a procedury platí totéž, co bylo řečeno
v souvislosti s kultivačními metodami.
Z hlediska datového standardu jsou položky
tohoto typu odlišné a zachází se s nimi jinak, než s „běžnými“ položkami
NČLP – viz níže.
3. „Přímé průkazy“
jedná se o řadu metod, kterými prokazujeme
různé součásti konkrétního mikroba. Patří sem zejména imunochemické metody
prokazující antigeny a molekulárně-genetické metody prokazující nukleovou
kyselinu. V principu se tento typ metod zásadně odlišuje od kultivačních
vyšetření, metody jsou dobře popsatelné klasickým schématem
Systém-komponenta-procedura, jejich výsledek má jednoduchou strukturu
(přítomno-nepřítomno, případně množství). S kultivačními metodami však
mají společný důraz na přesný popis a specifikaci systému („materiálu“).
Příklady:
Systém: punktát,
moč, sekret z tonsil…
Komponenta: konkrétní
antigen konkrétního mikroba, sekvence NK konkrétního mikroba
druh veličiny: koncentrace
(kvantitativní metody) příp. detekce (kvalitativní metody
jednotka: µg/l,
počet kopií NK/ml, semikvantitativní
vyjádření („křížky“)
Procedura: mikroskopie
fluorescenční, EIA, latexaglutinace, PCR, LCR…
Tyto položky mají standardní strukturu a
z hlediska datového standardu nepředstavují žádnou výjimku.
4. Sérologie
zjišťuje protilátky, čili reakci makroorganizmu
na infekci. Jsou dobře popsatelné klasickým schématem
Systém-komponenta-procedura, výsledek má jednoduchou strukturu
(přítomno-nepřítomno, případně množství). Řada (snad dokonce většina)
potřebných položek je již v NČLP vypracována.
Příklady:
Systém: sérum,
plazma (pro kompatibilitu s IFCC)
Komponenta: protilátky
proti konkrétnímu mikrobu
(možná
specifikace antigenu a třídy protilátek)
druh veličiny: koncentrace
(kvantitativní metody) příp. detekce (kvalitativní metody)
jednotka: titry,
semikvantitativní vyjádření („křížky“)
Procedura: mikroskopie
fluorescenční, EIA, KFR, aglutinace…
Tyto položky mají standardní strukturu a
z hlediska datového standardu nepředstavují žádnou výjimku.
Kultivační a
mikroskopická vyšetření z hlediska datového standardu
Následující text se týká pouze kultivačních a mikroskopických
vyšetření (body 1 a 2 v předchozím textu); tyto položky jsou typické tím,
že jejich komponentou je „agens“.
Objednávání těchto vyšetření se děje standardně
pomocí příslušných položek NČLP, jen zde opět připomínáme, že kultivační a
mikroskopická vyšetření jsou oddělena a je nutno je objednávat zvlášť. Tyto
položky NČLP slouží z hlediska DS pouze k objednávání a nelze
je používat pro sdělování výsledků. K objednávaným položkám NČLP lze
připojit ještě „specifikaci objednávky“, což je přídatná fakultativní informace
o dalších požadavcích (typicky např. „Zhotovení autovakcíny“).
Export výsledků těchto vyšetření je řešen
specifickým způsobem. Důvodem tohoto netypického řešení je snaha soustředit
všechna kultivační a mikroskopická vyšetření do jednoho bloku, což umožňuje
vytvoření logického celku a společnou interpretaci těchto vyšetření; bez
významu není ani to, že tento způsob lépe odpovídá tradičnímu pohledu
mikrobiologie.
Základem pro sdělování výsledků je formální
informatická položka „Výsledek mikrobiologického kultivačního a mikroskopického
vyšetření“, která je vytvořena pro každý systém („materiál“), který je označen
jako používaný v mikrobiologii (ať již výhradně nebo sdílen s jinými
obory). V této položce se sumarizují výsledky všech vyšetření, která mají
stejný systém a komponentu (=AGENS). Sděluje se prostřednictvím
bloku vrk datového standardu.
Výsledky mikroskopických vyšetření jsou
v elementu vrmmn, který se může opakovat v případě, že
bylo provedeno více mikroskopických vyšetření (např. běžná mikroskopie a
mikroskopie na průkaz acidorezistetntních tyček).
Jednotlivé mikroby (obecně „agens“) izolované a
identifikované ze vzorku jsou popsány v bloku vrkpa, který
se pochopitelně může opakovat. V tomto bloku jsou obsaženy i výsledky
citlivostí na jednotlivé antimikrobní látky.
Celý způsob sdělování výsledků
mikrobiologických vyšetření bychom chtěli demonstrovat na následujících dvou
příkladech. Jedná se jen o vlastní sdělení nálezu, údaje o identifikaci vzorku
(jméno pacienta, čas odběru, čas sdělení) jsou záměrně opomenuty – jsou řešeny
v obecných částech DS a jsou stejná pro vyšetření ve všech oborech. Při
přepisu výsledků vyšetření není použit jazyk XML, ve kterém je DS implementován
– pro laika je poněkud nepřehledný a pro odborníka je přepis do XML triviální
záležitostí.
Příklad č. 1 – vyšetření stolice
Část výsledkového listu:
KULTIVACE A CÍLENÁ VYŠETŘENÍ:
Základní kultivační vyšetření:
1.
Escherichia
coli
2.
Salmonella
enteritidis
Kultivační průkaz kampylobakterů: negativní
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Citlivost k antibiotikům: konečný
výsledek
antibiotikum kmen
2
ampicilin C
chloramfenikol C
tetracyklin C
ko-trimoxazol C
ciprofloxacin X
Legenda: C - citlivý, I -
hraniční citlivost, R - rezistentní, X - výsledek
k dispozici po konzultaci
Poznámka: Terapeutická záměna antibiotik podle
výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky. Hodnota MIC je
k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace, u nichž laboratoř
provádí stanovení MIC, uvádí laboratorní příručka.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Závěr (klinicko mikrobiologické hodnocení nálezu): Nález odpovídá infekčnímu průjmu
salmonelové etiologie.
Doporučení: Při
nekomplikovaném průběhu není vhodná léčba antibiotiky.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Hodnocení validity vzorku: Plná klinická i technická validita.
Toto vyšetření bylo objednáno jako:
F_AGENS_CACABA (klíč NČLP:11892)
Bude sdělováno prostřednictvím položky:
F_AGENS_DTP (klíč NČLP: 20694)
Přepis výsledků do DS:
nazvy viz
popis DS
spec_kod F
spec_text prázdné
subspec_text prázdné
ziskmat_kod prázdné
ziskmat_text prázdné
lopok prázdné
stav_mat prázdné
stav_zprac A
vrmmn prázdné
vrkpa
agens_kod CAMPJEJE
agens_text Campylobacter jejuni
subsp. jejuni
dal_vys prázdné
pritomnost N
priznak prázdné
kvantita prázdné
druh_veliciny prázdné
jednotka prázdné
vrav prázdné
vrac prázdné
dourceni prázdné
vrmahn prázdné
vrmpln prázdné
vzmzhl prázdné
vrkpa
agens_kod ESCHCOLI
agens_text Escherichia coli
dal_vys prázdné
pritomnost P
priznak prázdné
kvantita prázdné
druh_veliciny prázdné
jednotka prázdné
vrav prázdné
vrac prázdné
dourceni prázdné
vrmahn prázdné
vrmpln prázdné
vzmzhl prázdné
vrkpa
agens_kod SALMENTE
agens_text Salmonella enteritidis
dal_vys prázdné
pritomnost P
priznak prázdné
kvantita prázdné
druh_veliciny prázdné
jednotka prázdné
vrav prázdné
vrac
latka_kod AMP
latka_text ampicilin
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod CMP
latka_text chloramfenikol
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod TET
latka_text tetracyklin
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod COT
latka_text kotrimoxazol
hod_citlivosti C
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod CIP
latka_text ciprofloxacin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
dourceni prázdné
vrmahn prázdné
vrmpln prázdné
vzmzhl prázdné
vrmahn prázdné
vrmlpn Terapeutická záměna antibiotik podle
výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky. Hodnota MIC je
k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace, u nichž laboratoř
provádí stanovení MIC, uvádí laboratorní příručka
vrmzhl Nález
odpovídá infekčnímu průjmu salmonelové etiologie.
Doporučení: Při nekomplikovaném průběhu není
vhodná léčba antibiotiky
Příklad č. 2 – vyšetření bronchoalveolární laváže
Část výsledkového listu:
MIKROSKOPIE
Mikroskopické vyšetření - barvení podle Grama
dlaždicové epitelie: nenalezeno
cylindrické epitelie: +
hlenová vlákna: +
polymorfonukleální leukocyty: ++
grampozitivní koky ve shlucích ++
gramnegativní tyčinky ojediněle
Hodnocení: Purulentní obraz s převládajícím podílem grampozitivních koků ve
shlucích.
Mikroskopické hodnocení podílu infikovaných leukocytů - barvení podle
Giemsy
Podíl infikovaných leukocytů: 6/100
Morfologie fagocytovaných mikroorganismů: grampozitivní koky ve shlucích
Hodnocení: Nález je charakteristický pro bakteriální infekci dolních cest
dýchacích, mikrobiální morfotyp odpovídá stafylokokové etiologii
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
KULTIVACE A CÍLENÁ VYŠETŘENÍ:
Základní kvantitativní kultivační vyšetření
3.
Staphylococcus
aureus 106
4.
Pseudomonas
aeruginosa 102
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Citlivost k antibiotikům: konečný
výsledek
antibiotikum kmen
1 kmen 2
oxacilin C
piperacilin X
ceftazidim X
imipenem X
gentamicin C X
netilmicin X
tobramycin X
amikacin X
ciprofloxacin X X
erytromycin X
klindamycin C
vankomycin X
chloramfenikol X
tetracyklin X
kotrimoxazol X
rifampicin X
kolistin X
Legenda: C - citlivý, I -
hraniční citlivost, R - rezistentní, X - výsledek
k dispozici po konzultaci
Poznámka: Terapeutická záměna antibiotik podle
výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky. Hodnota MIC je
k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace, u nichž laboratoř
provádí stanovení MIC, uvádí laboratorní příručka.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Závěr (klinicko mikrobiologické hodnocení nálezu): Nález je suspektní pro infekci dolních cest
dýchacích vyvolanou Staphylococcus aureus, kmenem citlivým
k oxacilinu.
Doporučení:
Zhodnocení klinického významu nálezu a konzultace léčebného postupu.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Hodnocení validity vzorku: Plná klinická i technická validita.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Toto vyšetření bylo objednáno jako:
LABRAL_AGENS_CAGEN
LABRAL_AGENS_MAGEN
Bude sdělováno prostřednictvím položky:
LABRAL_AGENS_DTP
Přepis výsledků do DS:
nazvy viz
popis DS
spec_kod LABRAL
spec_text prázdné
subspec_text pravá
plíce
ziskmat_kod prázdné
ziskmat_text prázdné
lopok prázdné
stav_mat prázdné
stav_zprac A
vrmmn Mikroskopické
vyšetření - barvení podle Grama
dlaždicové epitelie: nenalezeno
cylindrické epitelie: +
hlenová vlákna: +
polymorfonukleální leukocyty: ++
grampozitivní koky ve shlucích ++
gramnegativní tyčinky ojediněle
Hodnocení: Purulentní obraz
s převládajícím podílem grampozitivních koků ve shlucích.
vrmmn Mikroskopické hodnocení podílu
infikovaných leukocytů - barvení podle Giemsy
Podíl infikovaných leukocytů: 6/100
Morfologie fagocytovaných mikroorganismů: grampozitivní koky ve shlucích
Hodnocení: Nález je charakteristický pro
bakteriální infekci dolních cest dýchacích, mikrobiální morfotyp odpovídá
stafylokokové etiologii
vrkpa
agens_kod STAPAUAU
agens_text Staphylococcus aureus
subsp. aureus
dal_vys prázdné
pritomnost P
priznak prázdné
kvantita 1000000
druh_veliciny prázdné
jednotka prázdné
vrav prázdné
vrac
latka_kod OXA
latka_text oxacilin
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod GEM
latka_text gentamicin
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod CIP
latka_text ciprofloxacin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod ERY
latka_text erytromycin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod CLI
latka_text klindamycin
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod VAN
latka_text vankomycin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod CMP
latka_text chloramfenikol
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod TET
latka_text tetracyklin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod COT
latka_text kotrimoxazol
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod RIF
latka_text rifampicin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
dourceni prázdné
vrmahn prázdné
vrmpln prázdné
vzmzhl prázdné
vrkpa
agens_kod PSEUAERU
agens_text Pseudomonas aeruginosa
dal_vys prázdné
pritomnost P
priznak prázdné
kvantita 100
druh_veliciny prázdné
jednotka prázdné
vrav prázdné
vrac
latka_kod PIP
latka_text piperacilin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod CTZ
latka_text ceftazidim
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod IMI
latka_text imipenem
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod GEN
latka_text gentamicin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod NET
latka_text netilmicin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod TOB
latka_text tobramycin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod AMI
latka_text amikacin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod CIP
latka_text ciprofloxacin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod COL
latka_text kolistin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
dourceni prázdné
vrmahn prázdné
vrmpln prázdné
vzmzhl prázdné
vrmahn prázdné
vrmlpn Terapeutická
záměna antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní
příručky. Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání.
Indikace, u nichž laboratoř provádí stanovení MIC, uvádí laboratorní příručka
vrmzhl Nález je suspektní pro infekci
dolních cest dýchacích vyvolanou Staphylococcus aureus, kmenem citlivým
k oxacilinu.
Doporučení: Zhodnocení klinického významu
nálezu a konzultace léčebného postupu.
Poslední aktualizace v roce 2015,
dokument již nebude dále aktualizován.