Aktuální
přehled vyšetření SARS-CoV-2 v NČLP (k 1. 4. 2022):
V následujících
seznamech uvádíme položky pro vyšetření týkající se SAS-CoV-2 s konkrétní
procedurou. Neuvádíme položky s procedurou *, které slouží především
k realizaci vazeb na mezinárodní položky (např. NPU); v tuzemské
praxi používejte především položky s konkrétní procedurou.
Názvy položek
jsou uvedené tak, jak jsou nyní aktuálně v NČLP.
A1. „PCR vyšetření“ (detekce RNA)
50376 RNA viru SARS-CoV-2 (Likvor; přítomnost [-] PCR)
50699 RNA viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-]
LAMP)
50700 RNA viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] PCR)
50701 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí
"ORL"; přítomnost [-] LAMP)
19935 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost [-]
PCR)
50702 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí
"ORL"; přítomnost [-] PCRM)
19937 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z cest dýchacích; přítomnost [-] PCR)
50703 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z cest
dýchacích; přítomnost [-] PCRM)
Položky pro průkaz přítomnosti pracují
s maticí MTV = KVAL - podrobněji v části „G“.
(Položky pro průkaz mutací / delecí a pro
sdělení varianty viru - viz popis níže v části „E“.)
A2. „PCRQ vyšetření“ (detekce RNA - kvantitativně)
50705 RNA viru SARS-CoV-2 (P; arb. látková konc. [kU/l] PCRQ)
52916 RNA viru
SARS-CoV-2 (S; arb. látková konc. [kU/l] PCRQ)
Upozornění:
Pro mikrobiologická vyšetření ze systémů SPCORL
(Vzorek z oblasti „ORL“), SPCRESP (Vzorek z cest dýchacích) a CSF
(Likvor) se uvádí upřesnění systému - tzv. „specifikace“ (viz DASTA, datový
blok ku_z_lab, atributy: syst_sp_klic a syst_sp_text a případně subsp_text).
Pro SPCORL
(horní cesty dýchací) to jsou specifikace: LANTH, LASIN, PUMEAR, PUSIN, SWEAR,
SWGIN, SWLAR (výtěr z laryngu),
SWMEAR, SWMOU, SWNAS (výtěr
z nosu), SWNTH (výtěr
z nosohltanu), SWTHR (výtěr
z hrdla), SWTON (výtěr z tonsil),GARF (tekutina získaná
kloktáním hltanu a dutiny ústní).
Pro SPCRESP
(dolní cesty dýchací) jsou specifikace: ASBRO, ASTRA, BRBRC, ENDOTRAC, EXSOPNT (sputum vykašlané), EXINDUK (sputum indukované), LABRAL,
LABRALC, LABRO, LUNG(BI), PLF.
Pro CSF
(likvor) jsou specifikace: KOMORY, PATKANAL.
Pro SAL
(sliny) nejsou žádné další specifikace (systém je samostatný, není součástí
SPCORL).
Položky s procedurou * jsou pouze pro výjimečné situace, kdy nelze
proceduru zjistit, používejte výjimečně! Jsou připravené pro předávání
informací ze zahraničních informačních systémů.
Poznámky:
Pro vyšetření z běžných výtěrů pro vyšetření RNA
viru SARS-CoV-2 slouží položka 19935.
Pokud IS dosud neumí pracovat se specifikacemi
mikrobiologických systémů, lze ji při sdělování (zejména do ÚZIS) provizorně
dočasně uvádět volným textem do položky 20898 - viz níže v části „H“.
Procedura
LAMP je nově a dočasně zavedena od prosincového upgrade 2020, následovně bude
zařazena pod proceduru INAA.
Procedura
PCRQ je nově a dočasně zavedena od prosincového upgrade 2020 pro kvantitativní
stanovení.
Procedura PCRM je zavedena jen výjimečně pro vyšetření
SARS-CoV-2 na základě požadavků ÚZIS.
Běžně se PCRM v NČLP nerozlišuje, pracuje se pouze
s PCR. Zavedeno dočasně pouze pro SARS-CoV-2.
B. „antigen“ (detekce antigenu)
50371 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-] IA)
19931 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-] Imunochromatografie) *
50372 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-] IA)
19933 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-] Imunochromatografie) *
50778 Antigen viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] IA)
50697 Antigen viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] Imunochromatografie)
50779 Antigen viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost
[-] IA)
50374 Antigen viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost
[-] Imunochromatografie) *
51341 Antigen viru SARS-CoV-2 (Stolice; přítomnost [-] IA)
51342 Antigen viru SARS-CoV-2 (Stolice; přítomnost [-] Imunochromatografie)
*
51337 Antigen-N viru SARS-CoV-2 (S; hmot. konc. [ng/l] IA)
52622 Antigen-N
viru SARS-CoV-2 (P; hmot. konc. [ng/l] IA)
Položky označené * jsou nyní již označené jako obsoletní, ale nebyly
zrušeny, neboť je ještě takto rozlišuje ÚZIS. Následně budou ponechány jen
položky s procedurou IA, pod níž tyto správně patří.
Položky pro průkaz přítomnosti pracují
s maticí MTV = KVAL - podrobněji v část „G“.
Při vydávání
výsledků těchto antigenních vyšetření je nutné v bloku ku_z_lab
vyplnit informace o setu použitém k vyšetření dle číselníku JRC (EU)! Při sdělování
ÚZIS nebo pro oficiální dokumenty a potvrzení o bezinfekčnosti (covid
negativita) je povinné.
Viz též: ku_z_lab - odkaz na JRC seznam firem a setů.
Upozornění:
Pro vyšetření ze systému SPCORL (Vzorek z oblasti „ORL“), se uvádí upřesnění systému -
tzv. „specifikace“ (viz DASTA, datový blok ku_z_lab,
atributy: syst_sp_klic a syst_sp_text a případně subsp_text).
Pro SPCORL
(horní cesty dýchací) to jsou specifikace: LANTH, LASIN, PUMEAR, PUSIN, SWEAR,
SWGIN, SWLAR (výtěr z laryngu),
SWMEAR, SWMOU, SWNAS (výtěr
z nosu), SWNTH (výtěr
z nosohltanu), SWTHR (výtěr
z hrdla), SWTON (výtěr z tonsil),GARF (tekutina získaná
kloktáním hltanu a dutiny ústní).
Pro SAL
(sliny) nejsou žádné další specifikace (systém je samostatný, není součástí
SPCORL).
Položky s procedurou * jsou pouze pro výjimečné situace, kdy nelze
proceduru zjistit, používejte výjimečně! Jsou připravené pro předávání
informací ze zahraničních informačních systémů.
Stanovení
procedurou IA (například CLIA, ELISA aj.), nebo ICHR (imunochromatografie -
rychlotest) jsou kvalitativně velmi odlišná, nutno rozlišovat!
Procedura ICHR
patří pod proceduru IA, ale v prvních měsících pandemie bylo vhodné její
odlišení. Nyní jsou již tyto položky označeny jako obsoletní a budou používány
především odpovídající položky s procedurou IA. Po ukončení pandemie budou
zcela zrušeny.
K proceduře
IA se sděluje upřesnění - specifikace (např. CLIA, ECLIA, ELISA aj.), zasílá se
v datovém bloku DASTA ku_z_lab
v atributu spec_proc!
C. „protilátky proti SARS-CoV-2“
U položek s druhem veličiny ARBC
(arb. konc.) jsou sdělované textové výsledky dle matice MTV = KVAL.
U položek s druhem veličiny RODIP
(relativní optická denzita) jsou
vždy sdělované textové výsledky dle matice MTV = KVAL a současně mohou být
zasílané naměřené hodnoty jako tzv. „index pozitivity“.
U položek s druhem veličiny ARBSC
(arbitrární látková koncentrace) jsou sdělované numerické výsledky
v jednotkách kU/l (kIU/l) či kBAU/l vždy společně s referenčními
mezemi (škálami).
Původní sady položek (2020 -
2021):
51316 Anti-SARS-CoV-2 (P; arb. konc. [arb.j.]
IA)
51318 Anti-SARS-CoV-2 (S; arb. konc. [arb.j.]
IA)
50356 Anti-SARS-CoV-2 IgA (B; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) - zrušeno
50358 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50581 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; rel. opt. denzita [-] IA)
50819 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kU/l]
IA)
51790 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kBAU/l]
IA)
50359 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) *
50361 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50583 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; rel. opt. denzita [-] IA)
50821 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kU/l]
IA)
51792 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kBAU/l]
IA)
50362 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) *
50378 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50380 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50364 Anti-SARS-CoV-2 IgG (B; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) - zrušeno
19938 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50585 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; rel. opt. denzita [-] IA)
50823 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kU/l]
IA)
51794 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kBAU/l]
IA)
50365 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) *
19939 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50587 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; rel. opt. denzita [-] IA)
50825 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kU/l]
IA)
51796 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kBAU/l]
IA)
50366 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) *
51320 Anti-SARS-CoV-2 IgG+IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
51322 Anti-SARS-CoV-2 IgG+IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50368 Anti-SARS-CoV-2 IgM (B; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) - zrušeno
19940 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50589 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; rel. opt. denzita [-] IA)
50827 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kU/l]
IA)
51798 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kBAU/l]
IA) ?
50369 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) *
19941 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50591 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; rel. opt. denzita [-] IA)
50829 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. látková konc. [kU/l]
IA)
51800 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. látková konc. [kBAU/l]
IA) ?
50370 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) *
50381 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (B; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) - zrušeno
51333 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50382 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (P; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) *
51335 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50383 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (S; arb. konc. [arb.j.]
Imunochromatografie) *
Položky označené * jsou
nyní již označené jako obsoletní, ale nebyly zrušeny, neboť je ještě takto
rozlišuje ÚZIS. Následně budou ponechány jen položky s procedurou IA, pod
níž tyto správně patří.
Poznámky k vyšetření protilátek
k původním položkám „Anti-SARS-CoV-2…“:
Položky pro
vyšetření protilátek jsou připravené obecně - jak pro průkaz přítomnosti, tak i
pro následné kvalitativní vyšetření. Jsou svázané s MTV = KVAL. Viz též
v části „G“.
Stanovení
procedurou IA (například CLIA, ECLIA, ELISA aj.), nebo ICHR
(imunochromatografie - rychlotest) jsou kvalitativně velmi odlišná, nutno nyní
rozlišovat!
Procedura ICHR
patří pod proceduru IA, ale v prvních měsících pandemie bylo vhodné její
odlišení. Nyní jsou již tyto položky označeny jako obsoletní a budou používány
především odpovídající položky s procedurou IA. Po ukončení pandemie budou
zcela zrušeny.
K proceduře
IA se sděluje upřesnění - specifikace (např. CLIA, ECLIA, ELISA aj.), zasílá se
v datovém bloku DASTA ku_z_lab
v atributu spec_proc!
Jednotky AU/ml
nejsou v NČLP zavedené, výsledky se sdělují pouze jako formalizované texty
prostřednictvím položek s druhem veličiny ARBC (arb. konc.) v
[arb.j.].
Nové sady položek (2022):
52631 Anti
n-SARS-CoV-2 (titr) (P; arb. konc. (titr) [arb.j.] Test virus-neutralizační)
52633 Anti
n-SARS-CoV-2 (titr) (S; arb. konc. (titr) [arb.j.] Test virus-neutralizační)
53792 Anti
n-SARS-CoV-2 (titr) (P; arb. konc. (titr) [arb.j.] Komplement-fixační reakce)
53793 Anti
n-SARS-CoV-2 (titr) (S; arb. konc. (titr) [arb.j.] Komplement-fixační reakce)
51324 Anti-N-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb.
konc. [arb.j.] IA)
51326 Anti-N-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb.
konc. [arb.j.] IA)
Oproti původním obecným položkám Anti-SARS-CoV-2 IgG je
zde zdůrazněno,
že se vyšetřuje S-antigen (ve vazbě na již existující
položky „Anti_N-antigen…“):
52731
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
52733
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
52735
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)
52737
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)
51328 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc.
[arb.j.] IA)
51330 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc.
[arb.j.] IA)
52739
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)
52741
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)
52725
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)
52727
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)
52743
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
52745
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
52747
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)
52749
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)
D. vyšetření specifických
T-lymfocytů (vyšetření „buněčné imunity“)
51610 Interferon gama
(SARS-CoV-2) (Lymfocyty T(B); arb. látková konc. [kU/l] IA)
E1. „mutace / delece viru
SARS-CoV-2“ - stanovení PCR
Tabulka variant a mutací SARS-CoV-2, je provázána na
aktuální položky NČLP k příslušným průkazům mutací a delecí uvedeným níže.
Viz web www.dactacr.cz
v nabídce „SARS-CoV-2“.
Mutace:
51577 RNA viru
SARS-CoV-2 - A222V (RNA; přítomnost [-] PCR)
50785 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA;
přítomnost [-] PCR)
52634 RNA viru
SARS-CoV-2 - A653V (RNA; přítomnost [-] PCR)
50807 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50787 RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA; přítomnost
[-] PCR)
52636 RNA viru
SARS-CoV-2 - E484A (RNA; přítomnost [-] PCR)
50791 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA;
přítomnost [-] PCR)
51339 RNA viru SARS-CoV-2 - E484Q (RNA;
přítomnost [-] PCR)
53318 RNA viru
SARS-CoV-2 - E486V (RNA; přítomnost [-] PCR)
52638 RNA viru
SARS-CoV-2 - E516Q (RNA; přítomnost [-] PCR)
52639 RNA viru
SARS-CoV-2 - F490R (RNA; přítomnost [-] PCR)
52640 RNA viru
SARS-CoV-2 - F490S (RNA; přítomnost [-] PCR)
50839 RNA viru
SARS-CoV-2 - F888L (RNA; přítomnost [-] PCR)
52641 RNA viru
SARS-CoV-2 - G699S (RNA; přítomnost [-] PCR)
51346 RNA viru
SARS-CoV-2 - H655Y (RNA; přítomnost [-] PCR)
50793 RNA viru
SARS-CoV-2 - K417N (RNA; přítomnost [-] PCR)
50811 RNA viru
SARS-CoV-2 - K417T (RNA; přítomnost [-] PCR)
52642 RNA viru
SARS-CoV-2 - L452Q (RNA; přítomnost [-] PCR)
50813 RNA viru
SARS-CoV-2 - L452R (RNA; přítomnost [-] PCR)
50795 RNA viru
SARS-CoV-2 - N439K (RNA; přítomnost [-] PCR)
52643 RNA viru
SARS-CoV-2 - N450K (RNA; přítomnost [-] PCR)
50815 RNA viru
SARS-CoV-2 - N501T (RNA; přítomnost [-] PCR)
50797 RNA viru
SARS-CoV-2 - N501Y (RNA; přítomnost [-] PCR)
52644 RNA viru
SARS-CoV-2 - N679K (RNA; přítomnost [-] PCR)
52645 RNA viru
SARS-CoV-2 - P384V (RNA; přítomnost [-] PCR)
50799 RNA viru
SARS-CoV-2 - P681H (RNA; přítomnost [-] PCR)
51348 RNA viru
SARS-CoV-2 - P681R (RNA; přítomnost [-] PCR)
52646 RNA viru
SARS-CoV-2 - Q414K (RNA; přítomnost [-] PCR)
52647 RNA viru
SARS-CoV-2 - Q613H (RNA; přítomnost [-] PCR)
51358 RNA viru
SARS-CoV-2 - Q677H (RNA; přítomnost [-] PCR)
52648 RNA viru SARS-CoV-2
- R346K (RNA; přítomnost [-] PCR)
52879 RNA viru
SARS-CoV-2 - R346S (RNA; přítomnost [-] PCR)
52653 RNA viru
SARS-CoV-2 - S373P (RNA; přítomnost [-] PCR)
52882 RNA viru
SARS-CoV-2 - S371F (RNA; přítomnost [-] PCR)
52650 RNA viru
SARS-CoV-2 - S371L (RNA; přítomnost [-] PCR)
51356 RNA viru
SARS-CoV-2 - S477N (RNA; přítomnost [-] PCR)
52655 RNA viru
SARS-CoV-2 - S494P (RNA; přítomnost [-] PCR)
51350 RNA viru
SARS-CoV-2 - T478K (RNA; přítomnost [-] PCR)
51352 RNA viru
SARS-CoV-2 - T478R (RNA; přítomnost [-] PCR)
52659 RNA viru
SARS-CoV-2 - T547K (RNA; přítomnost [-] PCR)
52656 RNA viru
SARS-CoV-2 - V367F (RNA; přítomnost [-] PCR)
52657 RNA viru
SARS-CoV-2 - V483A (RNA; přítomnost [-] PCR)
50837 RNA viru
SARS-CoV-2 - V1176F (RNA; přítomnost [-] PCR)
52662 RNA viru
SARS-CoV-2 - Y505H (RNA; přítomnost [-] PCR)
51354 RNA viru
SARS-CoV-2 - W152C (RNA; přítomnost [-] PCR)
52885 RNA viru
SARS-CoV-2 - W152L (RNA; přítomnost [-] PCR)
Delece:
50907 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del141-143 (RNA; přítomnost [-] PCR)
50809 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] PCR)
51344 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del145-146 (RNA; přítomnost [-] PCR)
51580 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del157-158 (RNA; přítomnost [-] PCR)
50789 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] PCR)
Položky pro průkaz přítomnosti pracují
s maticí MTV = KVAL - podrobněji v část „G“.
Sdělení a interpretace:
Při sdělování mutací a delecí zjištěných PCR
stanovením je vždy nutné sdělovat celou paletu provedených vyšetření
přítomnosti/nepřítomnosti testovaných mutací a delecí (nikoli jen průkazů
přítomnosti!); pracuje se se sadou položek s procedurou PCR (nepoužívat
procedury SEQS, ani *).
Může být připojena interpretace i další poznámky
(vše jen volným textem) prostřednictvím položky:
50817 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-]
PCR)
Pokud bude sdělována varianta dle „Pango“, uvádí se jako „suspektní“
(„susp.“) a kód dle Pangolin lineage!
Pokud je požadováno sdělení vlastností zjištěné
suspektní varianty (volným textem), lze využít položku:
50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnosti - popis (RNA; vlastnost/popis [-]
PCR)
Dočasně
bylo možné použít již neaktuální položku pro formalizované sdělení varianty -
původně bylo zavedeno pro ÚZIS:
50783
RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (PCR) (RNA; vlastnost/popis [-] PCR);
k položce
byla k dispozici MTV = GTYPCOMD.
Tato
položka je již označena jako neaktuální.
E2. „mutace / delece viru
SARS-CoV-2“ - stanovení SEQS (Sanger)
Mutace:
51578 RNA viru
SARS-CoV-2 - A222V (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51371 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51373 RNA viru SARS-CoV-2 - A653V (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51374 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
52637 RNA viru
SARS-CoV-2 - E484A (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51379 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51380 RNA viru SARS-CoV-2 - E484Q (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
53319 RNA viru
SARS-CoV-2 - E486V (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51382 RNA viru SARS-CoV-2 - E516Q (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51384 RNA viru SARS-CoV-2 - F490S (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
52629 RNA viru SARS-CoV-2 - F490R (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51385 RNA viru SARS-CoV-2 - F888L (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51387 RNA viru SARS-CoV-2 - G699S (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51388 RNA viru SARS-CoV-2 - H655Y (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51389 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51390 RNA viru SARS-CoV-2 - K417T (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51392 RNA viru SARS-CoV-2 - L452Q (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51393 RNA viru SARS-CoV-2 - L452R (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51394 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51396 RNA viru SARS-CoV-2 - N450K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51397 RNA viru SARS-CoV-2 - N501T (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51398 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51400 RNA viru SARS-CoV-2 - N679K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51402 RNA viru SARS-CoV-2 - P384V (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51403 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51404 RNA viru SARS-CoV-2 - P681R (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51406 RNA viru SARS-CoV-2 - Q414K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51408 RNA viru SARS-CoV-2 - Q613H (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51409 RNA viru SARS-CoV-2 - Q677H (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51411 RNA viru SARS-CoV-2 - R346K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
52880 RNA viru
SARS-CoV-2 - R346S (RNA; přítomnost [-] SEQS)
52883 RNA viru
SARS-CoV-2 - S371F (RNA; přítomnost [-] SEQS)
52651 RNA viru
SARS-CoV-2 - S371L (RNA; přítomnost [-] SEQS)
52654 RNA viru
SARS-CoV-2 - S373P (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51412 RNA viru SARS-CoV-2 - S477N (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51414 RNA viru SARS-CoV-2 - S494P (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51415 RNA viru SARS-CoV-2 - T478K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51416 RNA viru SARS-CoV-2 - T478R (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
52660 RNA viru
SARS-CoV-2 - T547K (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51370 RNA viru SARS-CoV-2 - V1176F (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51418 RNA viru SARS-CoV-2 - V367F (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51420 RNA viru SARS-CoV-2 - V483A (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
52663 RNA viru
SARS-CoV-2 - Y505H (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51421 RNA viru SARS-CoV-2 - W152C (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51608 RNA viru
SARS-CoV-2 - W152L (RNA; přítomnost [-] SEQS)
Delece:
51375 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del141-143 (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51376 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51377 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del145-146 (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51581 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del157-158 (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51378 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] SEQS)
Položky pro průkaz přítomnosti pracují
s maticí MTV = KVAL - podrobněji v části „G“.
Sdělení a interpretace:
Při sdělování mutací a delecí zjištěných
parciální sekvenací (SEQS) se pracuje s paletou položek s procedurou
SEQS (nepoužívat položky s procedurou PCR, ani *).
Může být připojena interpretace (volný text)
prostřednictvím položky:
50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "Pango" (RNA; seq. var. [-]
SEQ)
případně i položkou:
51360 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "WHO/Nextstrain" (RNA; seq.
var. [-] SEQ)
Pokud bude sdělována varianta dle „Pango“, uvádí se jako „PROBABLE“
a kód dle Pangolin lineage!
Pokud je požadováno sdělení vlastností zjištěné
varianty (volný text), lze využít položku:
50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnosti - popis (RNA; vlastnost/popis [-]
PCR)
případně poznámkovou položku:
50817 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka
(RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
E3. „varianta viru SARS-CoV-2
určená sekvenačně“ - stanovení SEQ
Sděluje se (formalizovaně) zjištěná varianta
prostřednictvím položky:
50805 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (sekvenace) (RNA; vlastnost/popis [-]
SEQ)
Viz
matice MTV = GTYPCOV (k položce 50805),
v níž jsou definované aktuální sledované varianty.
Pokud
zjištěná varianta nebude dosud k dispozici v MTV = GTYPCOV, zadá se
do položky 50805 „JINAVAR“ (klíč) a konkrétní zjištěná varianta se sdělí
neformalizovaně položkou:
50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "Pango" (RNA; seq. var. [-]
SEQ)
případně (i) položkou:
51360 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "WHO/Nextstrain" (RNA; seq.
var. [-] SEQ)
Pokud
by bylo požadováno sdělení vlastností zjištěné varianty (volný text), lze
využít položku:
50910
RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnosti - popis (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
případně
poznámkovou položku:
50817
RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
Aktuální přehled variant mutací viru SARS-CoV-2:
Podrobný přehled variant významných pro sledování
v ČR ve vazbě na mutace a delece byl k dispozici v tabulce,
kterou vydala NRL SZÚ a která je vyvěšena na webu DASTACR v menu
SARS-CoV-2:
https://www.dastacr.cz/doc/SARS_PCR_matice.pdf
Zde jsou k dispozici další podrobnější
informace a dokumenty:
https://www.dastacr.cz/doc/SEKVENACE_A_PCR_podrobne.pdf
Tabulka byla v roce 2021 průběžně aktualizována, od
roku 2022 není doplňována.
Je provázána na položky NČLP a MTV=GTYPCOV (k položce
50805).
F: „Výpočty, skóre“
51361 COVID skóre (Pt; skóre [1] Výpočet)
Prognostické COVID skóre je vypočtené z
parametrů získávaných při měření KO s diferenciálním rozpočtem leukocytů a
retikulocytů. Význam stanovení tohoto prognostického skóre COVID-19 je možnost
predikce rizika závažného klinického průběhu onemocnění COVID-19 v rané fázi
onemocnění, tedy v době vyhledání lékařské péče.
Celý výpočet skóre a jeho interpretace jsou
vedeny v režimu RUO (Research Use Only) – VÝZKUMNÝ!!!
Linssen J., Ermens A., Berrevoets M et al.:
A novel haemocytometric COVID-19 prognostic score developer and
validated in an observational multicentre European Hospital-based study,
e-Life 2020; 9: e63195, published online 2020 Nov 26: PMC7732342
PMID: 3324199 https://elifesciences.org/articles/63195
G: „Matice MTV = KVAL“
U položek, kde
je výsledkem formalizovaný text z matice MTV=KVAL, se pracuje
s těmito klíči:
NEGAT
POZIT
HRANICNI
NEPROKAZ
PROKAZ
NELZE
NEPROVED
K uvedeným
klíčům jsou definované názvy i plné názvy - viz obsah MTV:
Vzhledem
k tomu, že některé LIS používají spíše NEPROKAZ/PROKAZ a jiné NEGAT/POZIT,
jsou přípustné obě možnosti, při zpracovávání dat je nutné ošetřit, že
v tomto případě odpovídá POZIT=PROKAZ a NEGAT=NEPROKAZ.
Klíče jsou
sdělované povinně, textové vyjádření pro nález bývá přebíráno z národní
nebo lokální části MTV.
V případě
průkazu mutací / delecí je nutné uvádět všechna vyšetření mutací / delecí
z příslušného pacientova vzorku, včetně těch, která patří do spektra, ale
nebyla provedena (NEPROVED).
H: „Informatické položky pro potřeby sdělování vyšetření
SARS-CoV-2“
Zavedeno v březnu 2020 pro dočasné používání po dobu
pandemie COVID-19, využívá ÚZIS.
20897 SARS-CoV-2 -
zpráva k vyšetření (Blok interpretační, sdělení; TYPE [-] Datový přenos)
Prostor pro vkládání dalších informací k vyšetřením
SARS-CoV-2 dle pokynů ÚZIS.
Připojuje se k hlášení ÚZIS aj.
Pomocná položka pro potřeby mimořádných epidemiologických
opatření. Její obsah si určuje ÚZIS.
20898 SARS-CoV-2 -
specifikace procedury (Blok interpretační, sdělení; TYPE [-] Datový přenos)
Prostor pro vkládání doplňujících informací k vyšetřením
SARS-CoV-2, které IS odesílatele dosud nesděluje formalizovaně. Patří sem
především podrobnější specifikace procedury (dle pokynů ÚZIS). Dočasně také
specifikace systému a subsystému případně odběru, pokud toto neumí IS
odesílatele sdělovat prostřednictvím DS 4.20.01 a výše.
Krátký text. Položka dočasného významu. Její obsah si
určuje ÚZIS.
Aktualizováno 25. 3. 2022