Ověření platnosti dat o pacientech

Účelem systému Ověření platnosti dat o pacientech je provádění kontroly formální správnosti souborů dat o pacientech (kontrola formalismů XML (“well-formed dokument”) a kontrola struktury, obsahu a úplnosti dat v dokumentu podle DTD (“valid document”), porovnání s číselníky, kontrola přípustných rozsahů hodnot), včetně poskytnutí údajů, které v případě přítomnosti chyb(y) pomohou lokalizovat zdroj problému v souboru dat.

Tento systém je implementován v jazyce Java a kromě standardních javovských komponent využívá komponenty validujícího XML procesoru Xerces (viz [1]). Volba tohoto vývojového prostředí vycházela z potřeby vyvinout pokud možno přenositelnou aplikaci s využitím co možná nejrobustnějších volně dostupných nástrojů. Za tím účelem byl na podzim 2001 sestaven seznam využitelných nástrojů (viz [2]) a posléze byl proveden výběr implementačního prostředí.

Zadavatelem projektu, v jehož rámci vzniklo popisované programové vybavení, je Ministerstvo zdravotnictví ČR. Uživatelem programu může být:

· lékař,

· správce zdravotnických informačních systémů,

· pracovník podílející se na vývoji programových děl.

Programové vybavení popsané v tomto dokumentu je určeno k podpoře implementace verze 2.0 Datového standardu pro přenos dat mezi zdravotnickými informačními systémy (viz [3]). Program Ověření platnosti dat o pacientech by mohl být nasazen na těch pracovištích zdravotnických zařízení nebo praktických lékařů, která přijímají či odesílají zprávy o pacientech, tvořené podle Datového standardu. Tento program může být také instalován na pracovištích tvůrců programového vybavení. Po nasazení programu na těchto dvou typech míst bude urychlena a usnadněna lokalizace případných nedostatků informačních systémů, týkajících se implementace Datového standardu.

1.3 Přehled dokumentu

Účelem této uživatelské příručky je poskytnout uživatelům programu Ověření platnosti dat o pacientech informace o instalace, funkčnosti a používání tohoto programu.

Kapitola 2. Použité dokumenty obsahuje seznam odkazů na některé důležité informační zdroje.

Kapitola 3. Shrnutí údajů o programovém vybavení poskytuje stručný popis zamýšlených použití programového vybavení. Jsou zde identifikovány všechny soubory, které musejí být instalovány, aby bylo programové vybavení provozuschopné. Jsou zde uvedeny požadavky na prostředí, jejichž splnění umožňuje instalaci a provoz programu.

Kapitola 4. Přístup k programu obsahuje procedury, které krok po kroku vysvětlují činnosti začínajícího/příležitostného uživatele. Jsou zde popsány instalace, nastavení, start programu a ukončení programu.

Kapitola 5. Referenční příručka zpracování dat seznamuje uživatele s postupy při používání programového vybavení.

Kapitola 6. Poznámky obsahuje abecedně uspořádaný seznam všech akronymů, zkratek a jejich významů ta, jak jsou použity v daném dokumentu a seznam pojmů a definic potřebných k pochopení uživatelské příručky.

V Přílohách A. je uveden příklad XML dokumentu, splňujícího Datový standard ([3]), a příklad XSL šablony, sloužící k transformaci XML dokumentu do formátu HTML.

2 Použité dokumenty

· [1] Xerces Parser, dostupné na http://xml.apache.org/xerces-c/index.html (C++) a http://xml.apache.org/xerces2-j/index.html (Java)

· [2] Princip jazyka XML

· [3] Datový standard MZ ČR – DS 2.00

3 Shrnutí údajů o programovém vybavení

3.1 Použití programového vybavení

Jak již bylo uvedeno v odstavci 1.2 Přehled systému, program Ověření platnosti dat o pacientech je určen k provádění kontroly formální správnosti souborů dat o pacientech (kontrola formalismů XML (“well-formed dokument”) a kontrola struktury, obsahu a úplnosti dat v dokumentu podle DTD (“valid document”), porovnání s číselníky, kontrola přípustných rozsahů hodnot), včetně poskytnutí údajů, které v případě přítomnosti chyb(y) pomohou lokalizovat zdroj problému v souboru dat.

Program dále umožňuje vizuální kontrolu dat. Tato vizuální kontrola se provádí tak, že uživatel vybere kromě souboru s daty o pacientovi též šablonu, pomocí které se vytvoří nový soubor dat ve formátu HTML. Takto vytvořený dokument se prezentuje v okně webovského prohlížeče. Uživatel pak může díky přehlednosti dokumentu snadno posoudit smysluplnost zobrazených dat.

Kromě běhu programu v režimu s grafickým uživatelským rozhraním je možno také program spouštět v dávkovém režimu, kdy veškerá vstupní data jsou zadána jako parametry na příkazovém řádku. Tato varianta použití je určena zejména pro automatizované provádění kontroly většího množství souborů s daty.

Význam použití programu tkví v tom, že případné hlášené chyby

· indikují nebezpečí vzniku nedorozumění při sdělování zpráv ve formátu definovaném Datovým standardem ([3]),

· mohou sloužit pro organizaci vyvíjející programové vybavení jako podklad pro úpravy svých programových produktů tak, aby byly generovány zprávy odpovídající Datovému standardu.

3.2 Soupis souborů

Aby bylo programové vybavení provozuschopné, musejí být instalovány následující soubory (dodávané na CD-ROM):

· Prostředí Java 2 Runtime Environment JRE v 1.3.1 (dostupné též na http://java.sun.com/j2se/1.3/jre ),

· knihovna xerces.jar (validující XML procesor, dostupný též na http://xml.apache.org/xerces2-j/index.html ),

· knihovna xalan.jar (procesor XSL šablon, dostupný též na http://xml.apache.org/xalan-j/index.html ),

· knihovna dasta.jar (s programem Ověření platnosti dat o pacientech),

· soubory Texty_cs_CZ_ASCII.properties a Texty_cs_CZ_CP1250.properties , obsahující texty použité v aplikaci pro různé kódování,

· soubor nclppol.xml – Národní číselník laboratorních položek (NČLP) ve formátu XML,

· soubor ds2xxyy.dtd , v němž je definován typ dokumentu odpovídajícího Datovému standardu verze 2.0,

· soubor *.xsl – šablona pro transformaci dat z formátu XML do formátu HTML,

· soubory *.xml– ukázkové soubory s daty o pacientovi.

3.3 Prostředí programového vybavení

Programové vybavení zabírá po instalaci včetně JRE necelých 40 MB.

Program může být instalován a provozován pod následujícími operačními systémy: Linux, Windows 95, 98, NT, 2000.

Pro manipulaci (ukládání, kopírování, mazání) s datovými soubory, šablonami a číselníky se předpokládá použití běžných nástrojů operačního systému.

Pro zobrazení zpráv ve formátu HTML je nutno mít k dispozici webovský prohlížeč (např. Internet Explorer). Cesta k tomuto prohlížeči musí být nastavena v proměnné PATH .

3.4 Přehled provozu

Přijímané vstupy (odhad průměrných hodnot):

Typ	Objem	Četnost
soubor s daty o pacientovi (formát XML)	5 kB	30 souborů / den
šablona pro zobrazení (formát XSL)	10 kB	20 neměnných šablon
definice typu dokumentu (formát DTD)	30 kB	1 soubor / verzi Datového standardu

Produkované výstupy:

Typ	Objem	Četnost
hlášení o shodě souboru se standardem	1 kB	30 hlášení / den
prezentace dat o pacientovi (formát HTML)	5 kB	30 souborů / den

Typická doba odezvy a zpracování na PC 400 MHz, 128 MB RAM, Windows 2000 je:

· spuštění aplikace v grafickém módu: 10 až 30 s

· spuštění aplikace v dávkovém režimu: 1 s

· kontrola vybraného souboru s daty o pacientovi bez kontroly vůči číselníkovým hodnotám: 5 s

· kontrola vybraného souboru s daty o pacientovi s kontrolou vůči číselníkovým hodnotám: 10 s až několik minut, v závislosti na typu a počtu kontrolovaných dat.

Program Ověření platnosti dat o pacientech zpracovává data o pacientech (ve formátu XML), která si předávají zdravotnické informační systémy – nemocniční informační systémy (NIS), laboratorní informační systémy (LIS) anebo informační systémy pro praktické lékaře.

Program Ověření platnosti dat o pacientech během zpracování dat o pacientech využívá definici typu dokumentu (ve formátu DTD), která je distribuována Ministerstvem zdravotnictví ČR.

Program Ověření platnosti dat o pacientech používá za účelem zobrazování dat o pacientech šablony (ve formátu XSL). Sada základních šablon je distribuována Ministerstvem zdravotnictví ČR. Uživatelé obeznámení s jazykem XSL (viz dokument XSL Transformations (XSLT), dostupný na http://www.w3.org/TR/xslt ) a jazykem HTML (viz HTML 4.01 Specification, dostupný na http://www.w3.org/TR/html4/ ) si mohou napsat vlastní šablony nebo modifikovat šablony již existující tak, aby zohledňovaly jejich požadavky na formu a obsah prezentovaných dat o pacientech.

Program Ověření platnosti dat o pacientech poskytuje informace o tom, zda komunikovaná data o pacientech splňují požadavky specifikované Datovým standardem [3]. Výsledky v případě chybných předávaných dat zahrnují popis chyb a usnadňují jejich lokalizaci. Proto lze výsledky využít při jednáních s tvůrcem systému, ze kterého nesprávná data pocházejí, za účelem rychlé nápravy neuspokojivé situace.

3.5 Alternativní módy provozu

Aplikace Ověření platnosti dat o pacientech může být provozována ve dvou základních módech:

· provoz s grafickým uživatelským rozhraním, během kterého uživatel interaktivně řídí činnost programu prostřednictvím tlačítek a políček v okně aplikace,

· dávkový provoz, kdy jsou veškeré vstupní parametry programu zadávány jako argumenty na příkazové řádce. Kromě výstupu na terminál se výsledek kontroly projeví návratovým kódem aplikace – jestliže je tento kód “0”, nebyla nalezena v souboru chyba, pokud je návratový kód “1”, je jím indikována přítomnost chyby ve vstupních datech o pacientovi.

Spuštění programu v dávkovém režimu se provádí tak, že se na příkazové řádce zadá jako argument volba “-d”. Chybí-li tato volba na příkazovém řádku, program se spustí ve variantě s grafickým uživatelským rozhraním.

3.6 Bezpečnost a utajení

Během provozu systému mohou být v adresáři, ve kterém se nachází zpracovávaný XML dokument s daty o pacientovi, vytvářeny soubory s příponami _SysIdTmp a html, které obsahují přetransformovaná data o pacientech. Proto i s těmito soubory je nutno stejně jako s původními XML soubory nakládat tak, aby nemohlo dojít k jejich neautorizovanému použití.

3.7 Hlášení problému

Bude-li se vyvíjet další verze programu, připomínky budou brány jako podněty ke zdokonalením funkčnosti. Své připomínky směrujte prosím na adresu DS_Validator.bug@seznam.cz .

4 Přístup k programu

4.1 Instalace a nastavení

Instalace programového vybavení se provádí různě v závislosti na systému, na kterém se aplikace instaluje. Procedura instalace je proto popsána zvlášť pro jednotlivé typy systémů (Linux, Windows 95, 98 a Windows NT, 2000).

4.1.1 Instalace pod Linux

Program Validátor vyžaduje ke svému běhu prostředí Java 2 Runtime Environment (JRE). Instalační soubor JRE pro Linux má název j2re-1.3.1_01-linux-i386.bin . Soubor je mj. dostupný na URL http://java.sun.com/j2se/1.3/jre/download-linux.html . Jedná se o samorozbalovací soubor. Po spuštění se vytvoří rpm balík, který se musí pomocí příkazu rpm nainstalovat a pak zajistit, aby byl program java v cestě (např. příkazem

ln -fs /usr/java/jre1.3.1_01/bin/java /usr/bin/java )

Dále se musí provést instalace rpm balíku dasta-2.x-0.i386.rpm (x je celé číslo), např. příkazem rpm –ihv dasta-2.3-0.i386.rpm (příkaz budeme patrně muset provést jako superuživatel – root). Tím se mj. v adresáři /usr /bin vytvoří vykonavatelný soubor nazvaný dasta s podobným obsahem, jaký je uveden zde:

export CLASSPATH=/usr/lib/dasta/xalan.jar:/usr/lib/dasta/xerces.jar:/usr/lib/dasta/DASTA/dasta.jar:/usr/lib/dasta/DASTA/

java dasta.ZpravodajOChybach $*

Řetězec $* zajistí, že spustíme-li vykonavatelný soubor příkazem “dasta <argumenty> ”, budou argumenty (jejich popis viz odst. 5.4 Formát příkazu) předány dále ke zpracování.

Odinstalování programu Validátor se provede standardně příkazem rpm –e dasta-2.3-0.i386.rpm .

Podobně se provede v případě potřeby i odinstalování prostředí Java 2 Runtime Environment.

4.1.2 Instalace pod Windows 95, 98, NT, 2000

Spustí se soubor setup.exe . Tento soubor zajistí provedení následujích úkonů:

· instaluje se JRE (Java Runtime Environment), nebo se určí, kde je JRE nainstalováno,

· vytvoří se adresář “DS_Validator” (standardně do “Program Files/DaSta/DS_Validator”),

· pro JRE se nastaví proměnné prostředí JREPATH, PATH, CLASSPATH,

· do adresáře “DS_Validator” se zkopírují potřebné soubory (dasta.jar , xalan.jar , xerces.jar),

· vytvoří se ikona reprezentující program Validátor jednak na ploše, a také v menu Start -> Programy; další ikona umístěná do tohoto menu slouží k odinstalování programu Validátor,

· kvůli aktualizaci proměnných prostředí je třeba v systémech Windows 95, 98 provést restartování systému.

V nově vzniklé ikoně lze za účelem urychlení uživatelovi práce s programem doplnit různé parametry, které jsou popsány v odstavci 5.4 Formát příkazu.

Chceme-li program odinstalovat, provedeme následující kroky:

1. Spustíme přes menu Start -> Programy -> DaSta program Validátor – Odinstalování.

2. Pokud již nebudeme používat žádné programy, vyžadující prostředí Java, můžeme odinstalovat standardním postupem program Java 2 Runtime Environment (Start -> Nastavení -> Ovládací panely -> Přidat nebo ubrat programy -> Java 2 Runtime Environment Standard Edition v1.3.1_01 -> Změnit nebo odebrat -> Ano -> OK).

3. Pokud je aplikace odinstalovávána ze systému Windows 98 nebo 95, je během kroku 1. automaticky provedena úprava souboru autoexec.bat a uživatel se nemusí o nic starat (pro případ nouze lze záložní kopii souboru hledat pod názvem autexec.dsv.old). V případě užívání systémů Windows NT, 2000 mohou uživatelé, kteří běžně pracují s proměnnými prostředí, zrušit ta nastavení proměnných prostředí, která byla provedena během instalace programu. Jedná se o tyto změny:

a. JREPATH .. zrušit.

b. z proměnné PATH odstanit cesty C:\Program Files\JavaSoft\JRE\1.3.1_01\; C:\Program Files\JavaSoft\JRE\1.3.1_01\bin (provést pouze v případě odinstalování programu Java 2 Runtime Environment – viz krok 2.).

c. z proměnné CLASSPATH odstranit cesty vedoucí k souborům (dasta.jar, …) v adresáři DS_Validator .

Ostatní uživatelé mohou ponechat nastavení proměnných prostředí beze změny – kromě zkrácení a zpřehlednění hodnot proměnných by neměla mít jejich úprava žádný význam.

4.2 Start sezení

Je-li program Ověření platnosti dat o pacientovi úspěšně nainstalován, můžeme zahájit práci s programem a využívání jeho funkcí. Samotné spuštění programu může být realizováno dvojklikem na příslušnou ikonu na pracovní ploše. Abychom však dovedli vhodně nastavit Vlastnosti této ikony, ukážeme si nejprve, jak docílíme spuštění programu z příkazové řádky. Je k tomu třeba učinit následující kroky:

1. Zjištění toho, v jakém adresáři, říkejme mu adresarSXml , jsou umístěny soubory s daty o pacientech. Tyto soubory jsou ve formátu XML, jejich konvenční přípona je .xml .

2. Určení adresáře adresarSDtd se souborem ds2xxyy.dtd , v němž je obsažena tzv. definice typu dokumentu (DTD, Document Type Definition).

3. Stanovení adresáře adresarSXsl , v němž se nacházejí šablony pro převod XML souborů do jiného formátu (HTML) za účelem lidsky čitelného a přehledného zobrazení dat o pacientech. Šablony jsou soubory s typickou příponou .xsl .

4. Vyhledání adresáře adresarSCiselniky , který je úložištěm číselníků NČLP. V adresáři by se měly vyskytovat soubory s číselníky ve formátu XML (např. soubor nclppol.xml obsahuje seznam řádově 10000 laboratorních položek).

5. Spuštění terminálu s příkazovým řádkem (v systému Windows 2000 se toto provede prostřednictvím voleb Start – Programy – Příslušenství – Příkazový řádek).

6. Zadání a potvrzení (klávesou Enter) příkazu na spuštění programu Ověření platnosti dat o pacientovi . Příkaz má následující formát:

java.exe dasta.ZpravodajOChybach –X adresarSXML –D adresarSDtd –S adresarSXsl –C adresarSCiselniky

, kde je třeba nahradit označení adresářů za skutečné cesty k nim, nalezené během provádění kroků 1. až 4., a dále je nutno dodržet uvedené rozlišení malých a velkých písmen. Konkrétní příklad zadání příkazu vyhlíží takto:

Obr. 1. Zadání příkazu k odstartování programu.

7. Výsledkem předchozích kroků by mělo být spuštění aplikace v režimu s grafickým uživatelským rozhraním. Vzhled okna, v němž program běží, bude vypadat následovně:

Obr. 2. Úvodní okno aplikace spuštěné v režimu s grafickým uživatelským rozhraním.

Nahlédneme-li na záložku Adresáře, spatříme, jak se nám v aplikaci projeví argumenty zadané na příkazovém řádku:

Obr. 3. Parametry příkazu promítnuté do políček v okně aplikace.

8. Za účelem jednoduššího a rychlejšího spouštění aplikace je doporučeno používat ikonu na pracovní ploše. Úprava vlastností ikony Validátoru (název DSV) na pracovní ploše může vypadat obdobně, jako v systému Windows 2000:

a) Klikneme pravým tlačítkem myši na ikonu a z menu vybereme volbu Vlastnosti.

b) V záložce Zástupce můžeme do políčka Cíl doplnit parametry spouštění programu (nalezené dříve v rámci kroků 1 až 4). Text v tomto políčku může po úpravách vypadat např. takto:

"C:\Program Files\JavaSoft\JRE\1.3.1\bin\javaw.exe" dasta.ZpravodajOChybach -S "..\SABLONY" -D "..\DTD" -C "..\CISELNIKY" -X "..\PRIKLADY" -x TLB10150.xml

Pozn.: Použijeme-li místo příkazu javaw.exe příkaz java.exe , bude se při běhu programu zobrazovat kromě okna s grafickým uživatelským rozhraním také okno s konzolou.

c) Potvrdíme změnu vlastností zástupce tlačítkem OK.

4.3 Zastavení a přerušení práce

Práci s programem je možno zastavit kliknutím na tlačítko Zavřít, které se nachází nad spodním okrajem okna aplikace.

Práci programu během kontroly dat nelze přerušit.

5 Referenční příručka zpracování dat

5.1 Dostupné operace

Program Ověření platnosti dat o pacientech má hlavní funkce

· ověřování platnosti dat o pacientech (tlačítko Kontrola) a

· transformace vstupních dat o pacientech ve formátu XML do formátu výstupního pomocí XSL šablon (tlačítko HTML). Výstupním formátem bývá HTML.

Kromě kontroly toho, zda je soubor dat o pacientovi dobře utvořeným XML dokumentem, a zda je platným XML dokumentem, umožňuje též volitelně (ovládací prvek Kontrola vůči číselníkovým hodnotám) ověřovat, zda některé položky souboru dat o pacientovi obsahují skutečně pouze hodnotu z číselníku.

Pod záložkou Kontrola jsou dvě plochy, z nichž v horní je zachycena struktura zpracovaného XML souboru. V dolním oddíle jsou vypisovány komentáře o úspěšnosti kontroly či o chybách, na které se během kontroly narazilo. Údaje slouží k lokalizaci a identifikaci chyb v souborech s daty o pacientech.

Kromě výše uvedených funkcí je možné provádět některé další pomocné akce:

· provést výběr souboru dat o pacientovi (tlačítko XML),

· provést výběr XSL šablony (tlačítko XSL)

· nastavit adresáře pro hledání souborů (záložka Adresáře)

· zvolit velikost písma (výběr Velikost písma:)

Doporučená kódování XML dokumentů:

· IBM852 (alias cp852, 852, csPCp852)

· ISO-8859-2 (ISO_8859-2:1987, alias iso-ir-101, ISO_8859-2, latin2, l2, csISOLatin2)

· windows-1250

· ASCII (ANSI_X3.4-1968, iso-ir-6, ANSI_X3.4-1986, ISO_646.irv:1991, ISO646-US, US-ASCII, us, IMB367, cp367, csASCII)

5.2 Konvence

Pokud kontrola souboru s daty o pacientovi proběhla bez nalezení chyb,

· v režimu s grafickým uživatelským rozhraním se vypíše hlášení o výsledku zelenou barvou,

· v režimu dávkovém je návratová hodnota programu rovna nule (0).

Pokud během kontroly souboru byly nalezeny chyby,

· v grafickém režimu se hlášení o výsledku objeví v červeném provedení,

· v dávkovém režimu je aplikací vrácena hodnota jedna (1).

5.3 Procedury zpracování dat

V odstavcích 5.3.1 Ověřování platnosti dat o pacientech a 5.3.2 Transformace dat o pacientech podle šablon jsou popsány dvě základní procedury vykonávané pomocí popisovaného programu. Obě procedury lze provádět nezávisle na sobě v libovolném pořadí.

5.3.1 Ověřování platnosti dat o pacientech

V dávkovém režimu bude ověření provedeno typicky zadáním příkazu obdobného tomuto:

java dasta.ZpravodajOChybach –d –D H:\DASTA\ -X H:\DASTA\data –x lab011213.xml

Podrobný popis příkazu a jeho volitelných parametrů je uveden v odstavci 5.4 Formát příkazu.

V režimu s grafickým uživatelským rozhraním lze při ověřování dat o pacientech postupovat tímto způsobem:

Předpokládejme, že již byly provedeny kroky 1. až 4. (zjištění relevatních adresářů) a 8. (vytvoření zástupce na pracovní ploše) popsané v odstavci 4.2 Start sezení.

Levým tlačítkem myši vykonáme dvojklik na zástupci programu Ověření platnosti dat o pacientech, čímž program spustíme. Na obrazovce se objeví okno aplikace:

Obr. 4. Úvodní obrazovka programu.

Objeví-li se v horním políčku v okně vedle tlačítka XML název souboru, jak je tomu na předchozím obrázku, pokračujeme bezprostředně provedením kontroly souboru, tedy zmáčknutím tlačítka Kontrola vedle políčka s názvem souboru. Tlačítko je po dobu provádění kontroly ztmavlé (tento stav může v závislosti na velikosti souboru a náročnosti kontrol vůči číselníkům trvat i několik minut).

Po ukončení procesu kontroly se pod záložkou Kontrola v horní ploše s textem objeví výpis analyzovaného textu XML dokumentu. V případě, že kontrola proběhla bez závad na dobré utvořenosti a platnosti dokumentu, končí tento výpis textem “KONEC DOKUMENTU”. Pokud nějaké nedostatky byly odhaleny, zastaví se výpis na místě, při jehož zpracování byla chyba identifikována.

Ukázky výpisů zobrazovaných po kontrolách soborů jsou uvedeny zde:

Obr. 5. Kontrola proběhla bez závad.

Obr. 6. Kontrola odhalila závady.

Nevýhodou použitého analyzátoru XML dokumentů je to, že ať se v XML souboru vyskytuje jedna, dvě nebo více chyb, program je schopen nahlásit pouze chybu jedinou (neplatí pro hlášení související s hledáním hodnot v číselnících – takovýchto hlášení je možno obdržet po provedení jediné kontroly v podstatě neomezené množství). Pozn: Existují analyzátory, které jsou schopny hlásit i několik chyb najednou, ale tyto nástroje zase mohou chybně podat informaci o několika chybách v souboru, ve kterém je ve skutečnosti chyba pouze jedna. Program bychom tedy měli používat tak, že provedeme kontrolu souboru, opravíme odhalenou chybu, provedeme kontrolu opraveného souboru, odstraníme další nalezený nedostatek a takovýmto opakováním kontroly a opravy postupně přibližujeme soubor do žádoucí podoby. K pořadí nalezení jednotlivých chyb se nelze vyjádřit v tom smyslu, že chyba nacházející se blíže začátku souboru bude odhalena dříve, než chyba nalézající se až dále v souboru, nebo naopak. Pro zájemce lze jen zmínit, že použitý analyzátor patří do kategorie tzv. SAX parserů (které pracují na odlišném přístupu, než tzv. DOM parsery).

Pokud máme zapnutou kontrolu hodnot vůči číselníkům, může se ve výpisu objevit větší počet řádků s popisem objevených nesrovnalostí. Abychom nemuseli výpisem vertikálně skrolovat pomocí postranní lišty, lze posunout lištu oddělující výpis obsahu kontrolovaného souboru a textové pole s hlášenými chybami. Posunutí se provede tak, že najedeme myší na lištu, stiskneme levé tlačítko myši, přesuneme lištu na vhodnou pozici a tlačítko myši uvolníme.

Chceme-li pokračovat kontrolou dalšího souboru, buď přímo napíšeme jeho jméno do horního textového pole, nacházejícího se vpravo od tlačítka XML, nebo stiskneme tlačítko XML. Tím se nám otevře okno, jehož prostřednictvím můžeme prohledávat adresářovou strukturu a zvolit soubor, jehož platnost chceme ověřit. Po vyznačení patřičného souboru potvrdíme jeho výběr tlačítkem OK, případně provádění výběru přerušíme tlačítkem Cancel.

Obr. 7. Výběr souboru. Potvrzujeme jej buď dvojklikem na název souboru nebo zvýrazněním názvu souboru a stiskem tlačítka OK.

Kontrola nově vybraného souboru se provede po zmáčknutí tlačítka Kontrola.

Pokud se nám v hlášení o průběhu kontroly vypisuje chyba typu

java.io.FileNotFoundException: H:\DASTA\dasta.dtd (Systém nemůže nalézt uvedený soubor)

, je třeba nastavit cestu k souboru s definicí typu dokumentu (název takového souboru končí příponou .dtd). Nastavení adresáře, ve kterém je soubor DTD obsažen, se provádí prostřednictvím záložky Adresáře. Po přepnutí do této záložky

· buď napíšeme název adresáře do textového políčka vedle tlačítka Adresář s DTD a potvrdíme název klávesou ENTER,

· nebo stiskneme tlačítko Adresář s DTD, vyznačíme v nově otevřeném okně odpovídající adresář a potvrdíme výběr tlačítkem OK (dvojklikem se v tomto případě pouze vnoříme do vybraného adresáře – v tom případě dosáhneme žádoucího efektu dvojklikem na některý ze zobrazených DTD souborů).

Obr. 8. Záložka Adresáře.

Chceme-li ověřit, že hodnoty uváděné v souboru s daty o pacientovi odpovídají, tam kde je to vyžadováno, číselníkům (např. číselníku laboratorních položek nclppol.xml ), zapneme tuto funkcionalitu v zaškrtávacím políčku Kontrola vůči číselníkovým hodnotám. Toto políčko se nachází v levé horní části aplikačního okna pod tlačítkem XML. Pokud však dokument obsahuje mnoho kontrolovaných hodnot, které musejí být vyhledány v rozsáhlých číselnících, může být důsledkem zapnutí této kontroly i mnohonásobné prodloužení doby zpracování souboru.

Pokud při kontrole vůči číselníkovým hodnotám ve výpisu o průběhu kontroly stojí podobné hlášení, jako

Nenalezen soubor H:\DASTA\nclppol.xml .

, musíme změnit nastavení cesty k tomuto souboru. Tato změna se provede tak, že se přepneme do záložky Adresáře a zde nastavíme správný adresář tak, že

· buď napíšeme název adresáře do textového políčka vedle tlačítka Adresář s číselníky a potvrdíme název klávesou ENTER,

· nebo stiskneme tlačítko Adresář s číselníky, vyznačíme v nově otevřeném okně odpovídající adresář a potvrdíme výběr tlačítkem OK (dvojklikem se v tomto případě pouze vnoříme do vybraného adresáře, v tom případě dvojklikem vybereme některý XML soubor a tím se nám provede nastavení odpovídajícího adresáře).

V současnosti se provádí programem kontrola následujících elementů a atributů (kontrola dalších atributů se provádí prostřednictvím DTD, kde je uveden výčet povolených hodnot):

název elementu	popis významu elementu	číselník
hodnota_kod	hodnota výsledku kódem	nclpmtv
ks_rh	krevní skupina v AB0 Rh(D)	luksab0

název atributu	popis významu atributu	číselník
agens_kod	přítomný agens – kód	ncmpag
algoritmus	volba interpretační škály – algoritmus	nclpavis
atribut	volba interpretační škály – atribut	lvvisa
hodnota1_klic	hodnota výsledku I. kódem	nclpmtv
hodnota2_klic	hodnota výsledku II. kódem	nclpmtv
klic_nclp	kód položky z Národního číselníku laboratorních položek (omezení na ”vznik” ošetřeno pro elementy: lod, lop, lopk, lopz, lopr, lip)	nclppol
klic_nclp_o	kód položky z Národního číselníku laboratorních položek	nclppol
kod_atb	kód antibiotika	ncmpatml
kod_firmy	kód firmy, jejímž programem byl vytvořen daný soubor (společný číselník pro elementy xx a zdroj_is)	tab_kf
kolize	typ kolize výsledku	nclpmtv
latka_kod	antimikrobiální látka – kód	ncmpatml
material	zasílaný materiál	nclpmat
obj_mv_kod	specifikace objednávky mikrobiologického vyšetření – kód	ncmpobjk
spec_kod	specifikace k systému – kód (společný číselník pro elementy lopk a vrk)	ncmpspm
stav_mat	stav mikrobiologického materiálu (vzorku)	ncmpstm
stav_zprac	stav zpracování mikrobiologického vzorku	lmszmmn
typ_obalu	typ transportního obalu a přídavku	nclponp
typ_oc_kod	typ očkování – kód	locto
typ_odesm	typ odesílajícího místa	tab_to
typ_nejistoty	typ nejistoty stanovení výsledku	lvtnsv
typpol_fh	kód položky z Národního číselníku laboratorních položek	nclpfh
udalost	volba interpretační škály – událost	nclpuvis
verze_ds	verze datové struktury	v_ds
verze_nclp	verze používaného NČLP	v_nclp
vl_kod	testovaná vlastnost – kód	ncmpagv
ziskmat_kod	způsob získání materiálu – kód (společný číselník pro elementy lopka vrk)	ncmpzzm

Procedury ověření platnosti dat o pacientovi, popisované v tomto odstavci se ještě týká nastavování adresáře s XML. Nastavený adresář slouží jako místo v adresářové struktuře, ve kterém se ocitneme bezprostředně po stisknutí tlačítka XML, které slouží k výběru XML dokumentu. Tím lze při zpracovávání více souborů urychlit jejich výběr. Adresář s XML se nastavuje obdobně jako adresář s DTD nebo adresář s číselníky (viz výše).

5.3.2 Transformace dat o pacientech podle šablon

Tato funkčnost není poskytována dávkovou verzí programu.

Při použití verze s grafickým uživatelským rozhraním je nutno před vytvářením HTML souboru kromě XML dokumentu zadat také XSL šablonu. To se provede prostřednictvím tlačítka XSL, nacházejícího se v levé horní části aplikačního okna, nebo jemu zprava přilehlého textového políčka. Postup zadávání je obdobný způsobu zadávání XML souboru, který je podrobně popsán v části 5.3.1 Ověřování platnosti dat o pacientech.

Po zadání XML dokumentu a XSL šablony je možno tlačítkem HTML spustit transformaci dokumentu. Výsledek je uložen v témže adresáři, v jakém se nachází zpracovávaný dokument. Oba soubory se od sebe liší pouze příponami, které jsou .xml a .html .

Obr. 9. Obrazovka s ovládacími prvky, jejichž pomocí se provádí transformace XML dokumentu.

Je-li dostupný prohlížeč HTML stránek (Internet Explorer) a jeho spuštění je umožněno prostřednictvím nastavení proměnné prostředí PATH (součástí hodnoty této proměnné je např. řetězec “C:\Program Files\Internet Explorer”), otevře se okno prohlížeče a zobrazí se v něm výsledný HTML soubor.

Obr. 10. Okno prohlížeče s výsledným dokumentem ve formátu HTML.

5.4 Formát příkazu

Příkaz, kterým na příkazové řádce spouštíme program má následující tvar:

java dasta.ZpravodajOChybach [volby] [xmlSoubor]

kde nepovinný název souboru xmlSoubor je XML dokument s daty o pacientovi a kde nepovinné volby mají význam popsaný níže:

volba	význam
-c	Bude se provádět kontrola hodnot určitých políček vůči číselníkům NČLP.
-C adresarSCiselniky	Nastaví se adresář s číselníky NČLP.
-d	Program se spustí v dávkovém režimu. Pokud tato volba přítomna není, program poběží v režimu s grafickým uživatelským rozhraním.
-D adresarSDtd	Definice typu dokumentu (např. ds20100.dtd) se bude hledat v uvedeném adresáři.
-s xslSablona	Soubor s XSL šablonou.
-S adresarSXsl	Adresář, ve kterém se bude hledat XSL šablona.
-v #	Velikost písma. Místo “#” může být uvedeno číslo od 8 do 16.
-x xmlSoubor	XML dokument s daty o pacientovi.
-X adresarSXml	Adresář, v němž se budou hledat XML dokumenty.

Příklad příkazu:

java dasta.ZpravodajOChybach –v 16 –c –D H:\DASTA\DS_20 –S H:\DASTA\sablony –C H:\DASTA\ciselniky –X H:\DASTA\data –x Rlb1_2d.xml

5.5 Řešení problémů

Situace

Po stisknutí tlačítka HTML (transformace XML do HTML) se objeví chybová hláška:

Došlo k chybě související s XSL transformací.:

javax.xml.transform.TransformerException: java.net.MalformedURLException: unknown protocol: d

Řešení

Je pravděpodobné, že v cestě k šabloně se vyskytují znaky s diakritikou, např. D:\ProgramFiles\DaSta\Prohlížeč\sablony\zakladni.xsl

V tom případě je nutno šablony přemístit do takového adresáře, jehož cesta nebude obsahovat znaky s diakritikou, tedy např. D:\ProgramFiles\DaSta\Prohlizec\sablony\zakladni.xsl .