Hydroxyprolin je součástí kolagenu a dalších proteinových struktur. Využívá se pro posouzení stupně degradace kolagenu.

4-hydroxyprolin vzniká posttranslační hydroxylací prolinu v pozici 4. Je přítomen ve všech typech kolagenu, v moči se vyskytuje jako volný (1 – 5 %) nebo vázaný na malé peptidy (90 – 95 %), část na větší proteinové fragmenty, jako je např. propeptid prokolagenu I N-terminální (PINP).

Hydroxyprolin se uvolňuje při rezorpci kosti, ale část pochází z kolagenu syntetizovaného de-novo (z N-terminálního propeptidu). Reutilizace hydroxyprolinu pro syntézu neexistuje. Kolem 10 - 20 % se eliminuje močí, 80 – 90 % je metabolizováno v játrech. Profiltrovaný hydroxyprolin je rezorbován v tubulech a transportován do jater, kde je katabolizován.