Žádná část tohoto dokumentu nesmí být kopírována
žádným způsobem bez písemného souhlasu majitelů autorských práv.
Autorská a jiná díla odvozená z tohoto díla
podléhají ochraně autorských práv vlastníků.
Některé názvy produktů a společností citované
v tomto díle mohou být ochranné známky příslušných vlastníků.
Obsah
1 Rozsah _________________________________________________________
4
1.1 Identifikace systému_______________________________________________________ 4
1.2 Přehled systému___________________________________________________________ 4
1.3 Přehled dokumentu________________________________________________________ 4
2 Použité dokumenty______________________________________________________________ 5
3 Shrnutí údajů o programovém vybavení__________________________________________ 6
3.1 Použití programového vybavení____________________________________________ 6
3.2 Soupis souborů_____________________________________________________________ 6
3.3 Prostředí programového vybavení__________________________________________ 6
3.4 Přehled provozu____________________________________________________________ 6
3.5 Alternativní módy provozu__________________________________________________ 7
3.6 Bezpečnost a utajení_______________________________________________________ 7
3.7 Hlášení problému___________________________________________________________ 8
4 Přístup k programu______________________________________________________________ 9
4.1 Instalace a nastavení______________________________________________________ 9
4.1.2 Instalace pod Windows 95, 98, NT, 2000 9
4.2 Start sezení_______________________________________________________________ 10
4.3 Zastavení a přerušení práce______________________________________________ 14
5 Referenční příručka zpracování dat____________________________________________ 15
5.1 Dostupné operace________________________________________________________ 15
5.3 Procedury zpracování dat_________________________________________________ 15
5.3.1 Ověřování platnosti dat o pacientech 15
5.3.2 Transformace dat o pacientech podle šablon 21
5.4 Formát příkazu____________________________________________________________ 23
5.5 Řešení problémů__________________________________________________________ 24
Tato dokumentace se vztahuje k systému Ověření
platnosti dat o pacientech. Systém je níže též zaměnitelně nazýván Validátor.
Účelem systému Ověření platnosti dat o pacientech je
provádění kontroly formální správnosti souborů dat o pacientech (kontrola
formalismů XML (“well-formed dokument”) a kontrola struktury, obsahu a
úplnosti dat v dokumentu podle DTD (“valid document”), porovnání
s číselníky, kontrola přípustných rozsahů hodnot), včetně poskytnutí
údajů, které v případě přítomnosti chyb(y) pomohou lokalizovat zdroj
problému v souboru dat.
Tento systém je implementován v jazyce Java a
kromě standardních javovských komponent využívá komponenty validujícího XML
procesoru Xerces (viz [1]). Volba tohoto
vývojového prostředí vycházela z potřeby vyvinout pokud možno
přenositelnou aplikaci s využitím co možná nejrobustnějších volně
dostupných nástrojů. Za tím účelem byl na podzim 2001 sestaven seznam
využitelných nástrojů (viz [2])
a posléze byl proveden výběr implementačního prostředí.
Zadavatelem projektu, v jehož rámci vzniklo
popisované programové vybavení, je Ministerstvo zdravotnictví ČR. Uživatelem programu může
být:
·
lékař,
·
správce zdravotnických informačních systémů,
·
pracovník podílející se na vývoji programových děl.
Programové vybavení popsané v tomto dokumentu
je určeno k podpoře implementace verze 2.0 Datového standardu pro přenos
dat mezi zdravotnickými informačními systémy (viz [3]). Program Ověření platnosti dat o
pacientech by mohl být nasazen na těch pracovištích zdravotnických zařízení
nebo praktických lékařů, která přijímají či odesílají zprávy o pacientech,
tvořené podle Datového standardu. Tento program může být také instalován
na pracovištích tvůrců programového vybavení. Po nasazení programu na
těchto dvou typech míst bude urychlena a usnadněna lokalizace případných
nedostatků informačních systémů, týkajících se implementace Datového standardu.
Účelem této uživatelské příručky je poskytnout uživatelům
programu Ověření platnosti dat o pacientech informace o instalace,
funkčnosti a používání tohoto programu.
Kapitola 2. Použité dokumenty obsahuje seznam odkazů na
některé důležité informační zdroje.
Kapitola 3. Shrnutí údajů o programovém vybavení poskytuje
stručný popis zamýšlených použití programového vybavení. Jsou zde
identifikovány všechny soubory, které musejí být instalovány, aby bylo
programové vybavení provozuschopné. Jsou zde uvedeny požadavky
na prostředí, jejichž splnění umožňuje instalaci a provoz programu.
Kapitola 4. Přístup k programu obsahuje procedury,
které krok po kroku vysvětlují činnosti začínajícího/příležitostného uživatele.
Jsou zde popsány instalace,
nastavení, start programu a ukončení programu.
Kapitola 5. Referenční
příručka zpracování dat seznamuje uživatele s postupy při
používání programového vybavení.
Kapitola 6. Poznámky obsahuje abecedně
uspořádaný seznam všech akronymů, zkratek a jejich významů ta, jak jsou
použity v daném dokumentu a seznam pojmů a definic potřebných
k pochopení uživatelské příručky.
V Přílohách A. je uveden příklad XML dokumentu,
splňujícího Datový standard ([3]),
a příklad XSL šablony, sloužící k transformaci XML dokumentu do
formátu HTML.
·
[1] Xerces Parser, dostupné na http://xml.apache.org/xerces-c/index.html
(C++) a http://xml.apache.org/xerces2-j/index.html
(Java)
·
[3] Datový
standard MZ ČR – DS 2.00
3
Shrnutí údajů
o programovém vybavení
3.1
Použití
programového vybavení
Jak již bylo uvedeno v odstavci 1.2 Přehled systému, program Ověření
platnosti dat o pacientech je určen k provádění kontroly formální
správnosti souborů dat o pacientech (kontrola formalismů XML (“well-formed
dokument”) a kontrola struktury, obsahu a úplnosti dat v dokumentu
podle DTD (“valid document”), porovnání s číselníky, kontrola přípustných
rozsahů hodnot), včetně poskytnutí údajů, které v případě přítomnosti
chyb(y) pomohou lokalizovat zdroj problému v souboru dat.
Program dále umožňuje vizuální kontrolu dat. Tato
vizuální kontrola se provádí tak, že uživatel vybere kromě souboru
s daty o pacientovi též šablonu, pomocí které se vytvoří nový soubor dat
ve formátu HTML. Takto vytvořený dokument se prezentuje v okně webovského
prohlížeče. Uživatel pak může díky přehlednosti dokumentu snadno posoudit
smysluplnost zobrazených dat.
Kromě běhu programu v režimu s grafickým
uživatelským rozhraním je možno také program spouštět v dávkovém režimu,
kdy veškerá vstupní data jsou zadána jako parametry na příkazovém řádku.
Tato varianta použití je určena zejména pro automatizované provádění kontroly
většího množství souborů s daty.
Význam použití programu tkví v tom, že
případné hlášené chyby
·
indikují nebezpečí vzniku nedorozumění při sdělování zpráv ve formátu
definovaném Datovým standardem ([3]),
·
mohou sloužit pro organizaci vyvíjející programové vybavení jako podklad
pro úpravy svých programových produktů tak, aby byly generovány zprávy
odpovídající Datovému standardu.
Aby bylo programové vybavení provozuschopné,
musejí být instalovány následující soubory (dodávané na CD-ROM):
·
Prostředí
Java 2 Runtime Environment JRE v 1.3.1 (dostupné též na http://java.sun.com/j2se/1.3/jre ),
·
knihovna xerces.jar (validující XML procesor, dostupný též na http://xml.apache.org/xerces2-j/index.html ),
·
knihovna xalan.jar (procesor XSL šablon, dostupný též na http://xml.apache.org/xalan-j/index.html ),
·
knihovna dasta.jar (s programem Ověření platnosti dat o
pacientech),
·
soubory Texty_cs_CZ_ASCII.properties a Texty_cs_CZ_CP1250.properties , obsahující texty použité v aplikaci
pro různé kódování,
·
soubor nclppol.xml – Národní číselník laboratorních položek
(NČLP) ve formátu XML,
·
soubor ds2xxyy.dtd , v němž je definován typ dokumentu
odpovídajícího Datovému standardu verze 2.0,
·
soubor *.xsl – šablona pro transformaci dat
z formátu XML do formátu HTML,
·
soubory *.xml– ukázkové soubory s daty o
pacientovi.
3.3
Prostředí
programového vybavení
Programové vybavení zabírá po instalaci včetně JRE
necelých 40 MB.
Program může být instalován a provozován pod
následujícími operačními systémy: Linux, Windows 95, 98, NT, 2000.
Pro manipulaci (ukládání, kopírování, mazání)
s datovými soubory, šablonami a číselníky se předpokládá použití běžných
nástrojů operačního systému.
Pro zobrazení zpráv ve formátu HTML je nutno mít
k dispozici webovský prohlížeč (např. Internet Explorer). Cesta
k tomuto prohlížeči musí být nastavena v proměnné PATH .
Přijímané vstupy (odhad průměrných hodnot):
Typ |
Objem |
Četnost |
soubor s daty o pacientovi (formát XML) |
5 kB |
30 souborů / den |
šablona pro zobrazení (formát
XSL) |
10 kB |
20 neměnných šablon |
definice typu dokumentu (formát
DTD) |
30 kB |
1 soubor / verzi Datového standardu |
Produkované výstupy:
Typ |
Objem |
Četnost |
hlášení o shodě souboru se standardem |
1 kB |
30 hlášení / den |
prezentace dat o pacientovi
(formát HTML) |
5 kB |
30 souborů / den |
Typická doba odezvy a zpracování na PC 400 MHz,
128 MB RAM, Windows 2000 je:
·
spuštění aplikace v grafickém módu: 10 až 30 s
·
spuštění aplikace v dávkovém režimu: 1 s
·
kontrola vybraného souboru s daty o pacientovi bez kontroly vůči
číselníkovým hodnotám: 5 s
·
kontrola vybraného souboru s daty o pacientovi s kontrolou vůči
číselníkovým hodnotám: 10 s až několik minut, v závislosti na
typu a počtu kontrolovaných dat.
Program Ověření platnosti dat o pacientech
zpracovává data o pacientech (ve formátu XML), která si předávají zdravotnické
informační systémy – nemocniční informační systémy (NIS), laboratorní
informační systémy (LIS) anebo informační systémy pro praktické lékaře.
Program Ověření platnosti dat o pacientech
během zpracování dat o pacientech využívá definici typu dokumentu (ve formátu
DTD), která je distribuována Ministerstvem zdravotnictví ČR.
Program Ověření platnosti dat o pacientech používá
za účelem zobrazování dat o pacientech šablony (ve formátu XSL). Sada
základních šablon je distribuována Ministerstvem zdravotnictví ČR. Uživatelé
obeznámení s jazykem XSL (viz dokument XSL Transformations (XSLT),
dostupný na http://www.w3.org/TR/xslt ) a jazykem HTML (viz
HTML 4.01 Specification, dostupný na http://www.w3.org/TR/html4/ ) si mohou napsat
vlastní šablony nebo modifikovat šablony již existující tak, aby zohledňovaly
jejich požadavky na formu a obsah prezentovaných dat o pacientech.
Program Ověření platnosti dat o pacientech
poskytuje informace o tom, zda komunikovaná data o pacientech splňují požadavky
specifikované Datovým standardem [3].
Výsledky v případě chybných předávaných dat zahrnují popis chyb a
usnadňují jejich lokalizaci. Proto lze výsledky využít při jednáních
s tvůrcem systému, ze kterého nesprávná data pocházejí, za účelem
rychlé nápravy neuspokojivé situace.
Aplikace Ověření platnosti dat o pacientech
může být provozována ve dvou základních módech:
·
provoz s grafickým uživatelským rozhraním, během kterého uživatel
interaktivně řídí činnost programu prostřednictvím tlačítek a políček
v okně aplikace,
·
dávkový provoz, kdy jsou veškeré vstupní parametry programu zadávány jako
argumenty na příkazové řádce. Kromě výstupu na terminál se výsledek
kontroly projeví návratovým kódem aplikace – jestliže je tento kód “0”, nebyla nalezena
v souboru chyba, pokud je návratový kód “1”, je jím indikována
přítomnost chyby ve vstupních datech o pacientovi.
Spuštění programu v dávkovém režimu se
provádí tak, že se na příkazové řádce zadá jako argument volba “-d”. Chybí-li tato volba na
příkazovém řádku, program se spustí ve variantě s grafickým uživatelským
rozhraním.
Během provozu systému mohou být v adresáři,
ve kterém se nachází zpracovávaný XML dokument s daty o pacientovi,
vytvářeny soubory s příponami _SysIdTmp a html, které obsahují
přetransformovaná data o pacientech. Proto i s těmito soubory je nutno
stejně jako s původními XML soubory nakládat tak, aby nemohlo dojít
k jejich neautorizovanému použití.
Bude-li se
vyvíjet další verze programu, připomínky budou brány jako podněty ke
zdokonalením funkčnosti. Své připomínky směrujte prosím na adresu DS_Validator.bug@seznam.cz .
Instalace programového vybavení se provádí
různě v závislosti na systému, na kterém se aplikace instaluje. Procedura
instalace je proto popsána zvlášť pro jednotlivé typy systémů (Linux, Windows
95, 98 a Windows NT, 2000).
Program Validátor vyžaduje ke svému běhu
prostředí Java 2 Runtime Environment (JRE).
Instalační soubor JRE pro
Linux má název j2re-1.3.1_01-linux-i386.bin . Soubor je mj. dostupný na
URL http://java.sun.com/j2se/1.3/jre/download-linux.html . Jedná se o samorozbalovací soubor. Po
spuštění se vytvoří rpm balík, který se musí pomocí příkazu rpm nainstalovat a
pak zajistit, aby byl program java v
cestě (např. příkazem
ln -fs /usr/java/jre1.3.1_01/bin/java
/usr/bin/java )
Dále se musí provést instalace rpm balíku dasta-2.x-0.i386.rpm (x je celé číslo), např. příkazem rpm –ihv dasta-2.3-0.i386.rpm (příkaz budeme patrně muset provést jako superuživatel –
root). Tím se mj. v adresáři /usr
/bin vytvoří vykonavatelný soubor
nazvaný dasta s podobným obsahem, jaký je uveden zde:
export
CLASSPATH=/usr/lib/dasta/xalan.jar:/usr/lib/dasta/xerces.jar:/usr/lib/dasta/DASTA/dasta.jar:/usr/lib/dasta/DASTA/
java dasta.ZpravodajOChybach $*
Řetězec $* zajistí, že spustíme-li vykonavatelný soubor příkazem “dasta <argumenty> ”, budou argumenty (jejich popis viz odst. 5.4 Formát příkazu) předány dále ke
zpracování.
Odinstalování
programu Validátor se provede standardně příkazem rpm –e dasta-2.3-0.i386.rpm .
Podobně se provede v případě potřeby i odinstalování
prostředí Java 2 Runtime Environment.
4.1.2
Instalace pod
Windows 95, 98, NT, 2000
Spustí se soubor setup.exe . Tento soubor zajistí provedení
následujích úkonů:
·
instaluje se
JRE (Java Runtime Environment), nebo se určí, kde je JRE nainstalováno,
·
vytvoří se
adresář “DS_Validator”
(standardně do “Program
Files/DaSta/DS_Validator”),
·
pro JRE se
nastaví proměnné prostředí JREPATH, PATH, CLASSPATH,
·
do adresáře “DS_Validator” se zkopírují potřebné soubory (dasta.jar , xalan.jar
, xerces.jar),
·
vytvoří se
ikona reprezentující program Validátor jednak na ploše, a také v menu Start ->
Programy; další ikona umístěná do tohoto
menu slouží k odinstalování programu Validátor,
·
kvůli
aktualizaci proměnných prostředí je třeba v systémech Windows 95, 98 provést
restartování systému.
V nově vzniklé ikoně lze za účelem urychlení
uživatelovi práce s programem doplnit různé parametry, které jsou popsány
v odstavci 5.4 Formát
příkazu.
Chceme-li program odinstalovat, provedeme
následující kroky:
1. Spustíme přes menu Start ->
Programy -> DaSta program Validátor – Odinstalování.
2. Pokud již nebudeme používat žádné programy,
vyžadující prostředí Java, můžeme odinstalovat standardním postupem program Java
2 Runtime Environment (Start
-> Nastavení
-> Ovládací panely
-> Přidat nebo ubrat programy
-> Java 2 Runtime Environment Standard
Edition v1.3.1_01 -> Změnit nebo odebrat -> Ano -> OK).
3.
Pokud je
aplikace odinstalovávána ze systému Windows 98 nebo 95, je během kroku 1.
automaticky provedena úprava souboru autoexec.bat a
uživatel se nemusí o nic starat (pro případ nouze lze záložní kopii souboru
hledat pod názvem autexec.dsv.old).
V případě užívání systémů Windows NT, 2000 mohou uživatelé, kteří běžně pracují
s proměnnými prostředí, zrušit ta nastavení proměnných prostředí, která byla
provedena během instalace programu. Jedná se o tyto změny:
a.
JREPATH .. zrušit.
b.
z proměnné
PATH
odstanit cesty C:\Program Files\JavaSoft\JRE\1.3.1_01\; C:\Program
Files\JavaSoft\JRE\1.3.1_01\bin (provést pouze v případě odinstalování
programu Java
2 Runtime Environment – viz krok 2.).
c.
z proměnné
CLASSPATH
odstranit cesty vedoucí k souborům (dasta.jar,
…) v adresáři DS_Validator .
Ostatní uživatelé mohou ponechat nastavení proměnných
prostředí beze změny – kromě zkrácení a zpřehlednění hodnot proměnných by
neměla mít jejich úprava žádný význam.
Je-li program Ověření
platnosti dat o pacientovi úspěšně nainstalován, můžeme zahájit práci
s programem a využívání jeho funkcí. Samotné spuštění programu může být
realizováno dvojklikem na příslušnou ikonu na pracovní ploše. Abychom však
dovedli vhodně nastavit Vlastnosti této ikony, ukážeme si nejprve, jak
docílíme spuštění programu z příkazové řádky. Je k tomu třeba učinit
následující kroky:
1.
Zjištění toho, v jakém adresáři, říkejme mu adresarSXml , jsou umístěny soubory
s daty o pacientech. Tyto soubory jsou ve formátu XML, jejich
konvenční přípona je .xml .
2.
Určení adresáře adresarSDtd se souborem ds2xxyy.dtd , v němž je
obsažena tzv. definice typu dokumentu (DTD, Document Type Definition).
3. Stanovení adresáře adresarSXsl , v němž se
nacházejí šablony pro převod XML souborů do jiného formátu (HTML) za účelem
lidsky čitelného a přehledného zobrazení dat o pacientech. Šablony jsou soubory s typickou
příponou .xsl .
4. Vyhledání adresáře adresarSCiselniky , který je úložištěm číselníků NČLP.
V adresáři by se měly vyskytovat soubory s číselníky ve formátu XML
(např. soubor nclppol.xml obsahuje seznam řádově 10000 laboratorních
položek).
5. Spuštění terminálu s příkazovým řádkem
(v systému Windows 2000 se toto provede prostřednictvím voleb Start – Programy
– Příslušenství – Příkazový řádek).
6. Zadání a potvrzení (klávesou Enter) příkazu na spuštění programu Ověření platnosti dat
o pacientovi . Příkaz má
následující formát:
java.exe dasta.ZpravodajOChybach –X adresarSXML
–D adresarSDtd –S adresarSXsl –C adresarSCiselniky
, kde je třeba nahradit označení adresářů
za skutečné cesty k nim, nalezené během provádění kroků 1. až 4., a dále
je nutno dodržet uvedené rozlišení malých a velkých písmen. Konkrétní příklad
zadání příkazu vyhlíží takto:
Obr. 1. Zadání příkazu k odstartování programu.
7.
Výsledkem
předchozích kroků by mělo být spuštění aplikace v režimu s grafickým
uživatelským rozhraním. Vzhled okna, v němž program běží, bude vypadat
následovně:
Obr. 2. Úvodní okno aplikace spuštěné
v režimu s grafickým uživatelským rozhraním.
Nahlédneme-li na záložku Adresáře, spatříme,
jak se nám v aplikaci projeví argumenty zadané na příkazovém řádku:
Obr. 3. Parametry příkazu promítnuté do políček
v okně aplikace.
8.
Za účelem
jednoduššího a rychlejšího spouštění aplikace je doporučeno používat ikonu na pracovní ploše. Úprava vlastností
ikony Validátoru (název DSV) na
pracovní ploše může vypadat obdobně, jako v systému Windows 2000:
a) Klikneme pravým tlačítkem myši na ikonu a
z menu vybereme volbu Vlastnosti.
b)
V záložce
Zástupce můžeme do políčka Cíl doplnit parametry spouštění
programu (nalezené dříve v rámci kroků 1 až 4). Text v tomto políčku
může po úpravách vypadat např. takto:
"C:\Program
Files\JavaSoft\JRE\1.3.1\bin\javaw.exe" dasta.ZpravodajOChybach -S
"..\SABLONY" -D "..\DTD" -C "..\CISELNIKY" -X
"..\PRIKLADY" -x TLB10150.xml
Pozn.: Použijeme-li
místo příkazu javaw.exe příkaz java.exe , bude se při běhu programu zobrazovat kromě okna s
grafickým uživatelským rozhraním také okno s konzolou.
c)
Potvrdíme
změnu vlastností zástupce tlačítkem OK.
4.3
Zastavení a
přerušení práce
Práci s programem je možno zastavit
kliknutím na tlačítko Zavřít, které se nachází nad spodním okrajem okna
aplikace.
Práci programu během
kontroly dat nelze přerušit.
5
Referenční příručka
zpracování dat
Program Ověření platnosti dat o
pacientech má hlavní funkce
·
ověřování
platnosti dat o pacientech (tlačítko Kontrola) a
·
transformace
vstupních dat o pacientech ve formátu XML do formátu výstupního pomocí XSL
šablon (tlačítko HTML). Výstupním formátem bývá HTML.
Kromě kontroly toho, zda je soubor dat o
pacientovi dobře utvořeným XML dokumentem, a zda je platným XML
dokumentem, umožňuje též volitelně (ovládací prvek Kontrola vůči
číselníkovým hodnotám) ověřovat, zda některé položky souboru dat o
pacientovi obsahují skutečně pouze hodnotu z číselníku.
Pod záložkou Kontrola jsou dvě
plochy, z nichž v horní je zachycena struktura zpracovaného XML
souboru. V dolním oddíle jsou vypisovány komentáře o úspěšnosti kontroly
či o chybách, na které se během kontroly narazilo. Údaje slouží
k lokalizaci a identifikaci chyb v souborech s daty
o pacientech.
Kromě výše uvedených funkcí je možné provádět některé
další pomocné akce:
·
provést výběr
souboru dat o pacientovi (tlačítko XML),
·
provést výběr
XSL šablony (tlačítko XSL)
·
nastavit
adresáře pro hledání souborů (záložka Adresáře)
·
zvolit
velikost písma (výběr Velikost písma:)
Doporučená kódování XML dokumentů:
·
IBM852 (alias cp852, 852,
csPCp852)
·
ISO-8859-2 (ISO_8859-2:1987, alias iso-ir-101, ISO_8859-2,
latin2, l2, csISOLatin2)
·
windows-1250
·
ASCII (ANSI_X3.4-1968, iso-ir-6, ANSI_X3.4-1986, ISO_646.irv:1991, ISO646-US, US-ASCII, us, IMB367, cp367,
csASCII)
Pokud kontrola souboru s daty o
pacientovi proběhla bez nalezení chyb,
·
v režimu
s grafickým uživatelským rozhraním se vypíše hlášení o výsledku zelenou
barvou,
·
v režimu
dávkovém je návratová hodnota programu rovna nule (0).
Pokud během kontroly souboru byly nalezeny
chyby,
·
v grafickém
režimu se hlášení o výsledku objeví v červeném provedení,
·
v dávkovém
režimu je aplikací vrácena hodnota jedna (1).
V odstavcích 5.3.1 Ověřování platnosti dat o pacientech
a 5.3.2 Transformace dat o pacientech podle šablon
jsou popsány dvě základní procedury vykonávané pomocí popisovaného programu.
Obě procedury lze provádět nezávisle na sobě v libovolném pořadí.
5.3.1
Ověřování platnosti dat o pacientech
V dávkovém režimu bude ověření
provedeno typicky zadáním příkazu obdobného tomuto:
java
dasta.ZpravodajOChybach –d –D H:\DASTA\ -X H:\DASTA\data –x lab011213.xml
Podrobný popis příkazu a jeho volitelných
parametrů je uveden v odstavci 5.4 Formát
příkazu.
V režimu s grafickým uživatelským
rozhraním lze při ověřování dat o pacientech postupovat tímto způsobem:
Předpokládejme, že již byly provedeny kroky
1. až 4. (zjištění relevatních adresářů) a 8. (vytvoření zástupce na pracovní
ploše) popsané v odstavci 4.2 Start
sezení.
Levým tlačítkem myši vykonáme dvojklik na
zástupci programu Ověření platnosti dat o pacientech, čímž program
spustíme. Na obrazovce se objeví okno aplikace:
Obr. 4. Úvodní obrazovka
programu.
Objeví-li se
v horním políčku v okně vedle tlačítka XML název souboru, jak je tomu
na předchozím obrázku, pokračujeme bezprostředně provedením kontroly souboru,
tedy zmáčknutím tlačítka Kontrola vedle políčka s názvem souboru. Tlačítko
je po dobu provádění kontroly ztmavlé (tento stav může v závislosti na velikosti
souboru a náročnosti kontrol vůči číselníkům trvat i několik minut).
Po ukončení procesu
kontroly se pod záložkou Kontrola v horní ploše s textem
objeví výpis analyzovaného textu XML dokumentu. V případě, že kontrola
proběhla bez závad na dobré utvořenosti a platnosti dokumentu, končí tento
výpis textem “KONEC DOKUMENTU”. Pokud nějaké nedostatky byly odhaleny, zastaví
se výpis na místě, při jehož zpracování byla chyba identifikována.
Ukázky výpisů
zobrazovaných po kontrolách soborů jsou uvedeny zde:
Obr. 5. Kontrola proběhla bez
závad.
Obr. 6. Kontrola odhalila
závady.
Nevýhodou použitého
analyzátoru XML dokumentů je to, že ať se v XML souboru vyskytuje jedna, dvě
nebo více chyb, program je schopen nahlásit pouze chybu jedinou (neplatí pro
hlášení související s hledáním hodnot v číselnících – takovýchto hlášení je
možno obdržet po provedení jediné kontroly v podstatě neomezené množství).
Pozn: Existují analyzátory, které jsou schopny hlásit i několik chyb najednou,
ale tyto nástroje zase mohou chybně podat informaci o několika chybách v
souboru, ve kterém je ve skutečnosti chyba pouze jedna. Program bychom tedy měli
používat tak, že provedeme kontrolu souboru, opravíme odhalenou chybu,
provedeme kontrolu opraveného souboru, odstraníme další nalezený nedostatek a
takovýmto opakováním kontroly a opravy postupně přibližujeme soubor do žádoucí
podoby. K pořadí nalezení jednotlivých chyb se nelze vyjádřit v tom smyslu, že
chyba nacházející se blíže začátku souboru bude odhalena dříve, než chyba
nalézající se až dále v souboru, nebo naopak. Pro zájemce lze jen zmínit, že
použitý analyzátor patří do kategorie tzv. SAX parserů (které pracují na
odlišném přístupu, než tzv. DOM parsery).
Pokud máme zapnutou
kontrolu hodnot vůči číselníkům, může se ve výpisu objevit větší počet řádků s
popisem objevených nesrovnalostí. Abychom nemuseli výpisem vertikálně skrolovat
pomocí postranní lišty, lze posunout lištu oddělující výpis obsahu
kontrolovaného souboru a textové pole s hlášenými chybami. Posunutí se provede
tak, že najedeme myší na lištu, stiskneme levé tlačítko myši, přesuneme lištu
na vhodnou pozici a tlačítko myši uvolníme.
Chceme-li pokračovat
kontrolou dalšího souboru, buď přímo napíšeme jeho jméno do horního textového
pole, nacházejícího se vpravo od tlačítka XML, nebo stiskneme tlačítko XML.
Tím se nám otevře okno, jehož prostřednictvím můžeme prohledávat adresářovou
strukturu a zvolit soubor, jehož platnost chceme ověřit. Po vyznačení
patřičného souboru potvrdíme jeho výběr tlačítkem OK, případně provádění
výběru přerušíme tlačítkem Cancel.
Obr. 7. Výběr souboru. Potvrzujeme jej buď
dvojklikem na název souboru nebo zvýrazněním názvu souboru a stiskem tlačítka OK.
Kontrola nově vybraného souboru se provede
po zmáčknutí tlačítka Kontrola.
Pokud se nám v hlášení o průběhu
kontroly vypisuje chyba typu
java.io.FileNotFoundException:
H:\DASTA\dasta.dtd (Systém nemůže nalézt uvedený soubor)
, je třeba nastavit cestu k souboru
s definicí typu dokumentu (název takového souboru končí příponou .dtd). Nastavení adresáře, ve kterém je soubor
DTD obsažen, se provádí prostřednictvím záložky Adresáře. Po přepnutí do
této záložky
·
buď napíšeme
název adresáře do textového políčka vedle tlačítka Adresář s DTD
a potvrdíme název klávesou ENTER,
·
nebo
stiskneme tlačítko Adresář s DTD, vyznačíme v nově otevřeném
okně odpovídající adresář a potvrdíme výběr tlačítkem OK
(dvojklikem se v tomto případě pouze vnoříme do vybraného adresáře –
v tom případě dosáhneme žádoucího efektu dvojklikem na některý ze zobrazených
DTD souborů).
Obr. 8. Záložka Adresáře.
Chceme-li ověřit, že
hodnoty uváděné v souboru s daty o pacientovi odpovídají, tam kde je
to vyžadováno, číselníkům (např. číselníku laboratorních položek nclppol.xml ), zapneme tuto
funkcionalitu v zaškrtávacím políčku Kontrola vůči číselníkovým
hodnotám. Toto políčko se nachází v levé horní části aplikačního okna
pod tlačítkem XML. Pokud však dokument obsahuje mnoho kontrolovaných
hodnot, které musejí být vyhledány v rozsáhlých číselnících, může být
důsledkem zapnutí této kontroly i mnohonásobné prodloužení doby zpracování
souboru.
Pokud při kontrole vůči
číselníkovým hodnotám ve výpisu o průběhu kontroly stojí podobné hlášení, jako
Nenalezen
soubor H:\DASTA\nclppol.xml .
, musíme změnit nastavení cesty
k tomuto souboru. Tato změna se provede tak, že se přepneme
do záložky Adresáře a zde nastavíme správný adresář tak, že
·
buď napíšeme
název adresáře do textového políčka vedle tlačítka Adresář s číselníky
a potvrdíme název klávesou ENTER,
·
nebo
stiskneme tlačítko Adresář s číselníky, vyznačíme v nově
otevřeném okně odpovídající adresář a potvrdíme výběr tlačítkem OK
(dvojklikem se v tomto případě pouze vnoříme do vybraného adresáře, v
tom případě dvojklikem vybereme některý XML soubor a tím se nám provede
nastavení odpovídajícího adresáře).
V současnosti se provádí programem kontrola
následujících elementů a atributů (kontrola dalších atributů se provádí
prostřednictvím DTD, kde je uveden výčet povolených hodnot):
název elementu |
popis významu elementu |
číselník |
hodnota_kod |
hodnota výsledku kódem |
nclpmtv |
ks_rh |
krevní skupina v AB0 Rh(D) |
luksab0 |
název atributu |
popis významu
atributu |
číselník |
agens_kod |
přítomný agens – kód |
ncmpag |
algoritmus |
volba interpretační škály –
algoritmus |
nclpavis |
atribut |
volba
interpretační škály – atribut |
lvvisa |
hodnota1_klic |
hodnota výsledku
I. kódem |
nclpmtv |
hodnota2_klic |
hodnota výsledku
II. kódem |
nclpmtv |
klic_nclp |
kód položky z
Národního číselníku laboratorních položek (omezení na ”vznik” ošetřeno pro
elementy: lod, lop, lopk, lopz, lopr, lip) |
nclppol |
klic_nclp_o |
kód položky z
Národního číselníku laboratorních položek |
nclppol |
kod_atb |
kód antibiotika |
ncmpatml |
kod_firmy |
kód firmy, jejímž
programem byl vytvořen daný soubor (společný číselník pro elementy xx a
zdroj_is) |
tab_kf |
kolize |
typ kolize výsledku |
nclpmtv |
latka_kod |
antimikrobiální látka – kód |
ncmpatml |
material |
zasílaný materiál |
nclpmat |
obj_mv_kod |
specifikace
objednávky mikrobiologického vyšetření – kód |
ncmpobjk |
spec_kod |
specifikace k
systému – kód (společný číselník pro elementy lopk a vrk) |
ncmpspm |
stav_mat |
stav
mikrobiologického materiálu (vzorku) |
ncmpstm |
stav_zprac |
stav zpracování
mikrobiologického vzorku |
lmszmmn |
typ_obalu |
typ transportního
obalu a přídavku |
nclponp |
typ_oc_kod |
typ očkování –
kód |
locto |
typ_odesm |
typ odesílajícího
místa |
tab_to |
typ_nejistoty |
typ nejistoty
stanovení výsledku |
lvtnsv |
typpol_fh |
kód položky z
Národního číselníku laboratorních položek |
nclpfh |
udalost |
volba
interpretační škály – událost |
nclpuvis |
verze_ds |
verze datové struktury |
v_ds |
verze_nclp |
verze používaného NČLP |
v_nclp |
vl_kod |
testovaná
vlastnost – kód |
ncmpagv |
ziskmat_kod |
způsob získání materiálu – kód
(společný číselník pro elementy lopka vrk) |
ncmpzzm |
Procedury ověření platnosti dat o
pacientovi, popisované v tomto odstavci se ještě týká nastavování adresáře
s XML. Nastavený adresář slouží jako místo v adresářové struktuře, ve
kterém se ocitneme bezprostředně po stisknutí tlačítka XML, které slouží
k výběru XML dokumentu. Tím lze při zpracovávání více souborů urychlit
jejich výběr. Adresář s XML se nastavuje obdobně jako adresář s DTD
nebo adresář s číselníky (viz výše).
5.3.2
Transformace dat o pacientech podle šablon
Tato funkčnost není poskytována dávkovou
verzí programu.
Při použití verze s grafickým
uživatelským rozhraním je nutno před vytvářením HTML souboru kromě XML
dokumentu zadat také XSL šablonu. To se provede prostřednictvím tlačítka XSL,
nacházejícího se v levé horní části aplikačního okna, nebo jemu zprava
přilehlého textového políčka. Postup zadávání je obdobný způsobu zadávání XML
souboru, který je podrobně popsán v části 5.3.1 Ověřování platnosti dat o pacientech.
Po zadání XML dokumentu a XSL šablony je
možno tlačítkem HTML spustit transformaci dokumentu. Výsledek je uložen
v témže adresáři, v jakém se nachází zpracovávaný dokument. Oba
soubory se od sebe liší pouze příponami, které jsou .xml a .html .
Obr. 9. Obrazovka s ovládacími prvky, jejichž
pomocí se provádí transformace XML dokumentu.
Je-li dostupný prohlížeč HTML stránek
(Internet Explorer) a jeho spuštění je umožněno prostřednictvím nastavení
proměnné prostředí PATH (součástí hodnoty
této proměnné je např. řetězec “C:\Program Files\Internet Explorer”), otevře se okno prohlížeče a zobrazí se v něm
výsledný HTML soubor.
Obr. 10. Okno prohlížeče s výsledným dokumentem ve formátu HTML.
Příkaz, kterým na
příkazové řádce spouštíme program má následující tvar:
java
dasta.ZpravodajOChybach [volby] [xmlSoubor]
kde nepovinný název souboru xmlSoubor je XML dokument s daty o pacientovi a
kde nepovinné volby mají význam
popsaný níže:
volba |
význam |
-c |
Bude se provádět kontrola hodnot určitých
políček vůči číselníkům NČLP. |
-C adresarSCiselniky |
Nastaví se adresář s číselníky NČLP. |
-d |
Program se spustí v dávkovém režimu.
Pokud tato volba přítomna není, program poběží v režimu s grafickým
uživatelským rozhraním. |
-D adresarSDtd |
Definice typu dokumentu (např. ds20100.dtd) se bude hledat v uvedeném
adresáři. |
-s xslSablona |
Soubor s XSL šablonou. |
-S adresarSXsl |
Adresář, ve kterém se bude hledat XSL
šablona. |
-v # |
Velikost písma. Místo “#” může být
uvedeno číslo od 8 do 16. |
-x xmlSoubor |
XML dokument s daty o pacientovi. |
-X adresarSXml |
Adresář, v němž se budou hledat XML
dokumenty. |
Příklad příkazu:
java
dasta.ZpravodajOChybach –v 16 –c –D H:\DASTA\DS_20 –S H:\DASTA\sablony –C
H:\DASTA\ciselniky –X H:\DASTA\data –x Rlb1_2d.xml
Situace
Po stisknutí tlačítka HTML (transformace XML do HTML)
se objeví chybová hláška:
Došlo k chybě
související s XSL transformací.:
javax.xml.transform.TransformerException:
java.net.MalformedURLException: unknown protocol: d
Řešení
Je pravděpodobné, že v cestě k šabloně se
vyskytují znaky s diakritikou, např. D:\ProgramFiles\DaSta\Prohlížeč\sablony\zakladni.xsl
V tom případě je nutno šablony přemístit do
takového adresáře, jehož cesta nebude obsahovat znaky s diakritikou, tedy
např. D:\ProgramFiles\DaSta\Prohlizec\sablony\zakladni.xsl .