Mikrobiologická  vyšetření v NČLP a DS

 

Laboratorní vyšetření používaná v mikrobiologii lze z pohledu NČLP rozdělit do 4 základních skupin (toto dělení však vychází z principu těchto vyšetření a je užitečné a životaschopné i mimo rámec NČLP):

 

1. Kultivační vyšetření

(ať už všeobecná, speciální nebo selektivní) hledají živého mikroba a jejich výsledek má (proti jiným typům vyšetření) složitou a specifickou strukturu (žádný, jeden či více mikrobů, jejich vlastnosti, jejich kvantita, citlivost na antimikrobní látky atd.). Tento typ výsledku je pro mikrobiologická kultivační vyšetření specifický a kultivační vyšetření neodpovídají přesně specifikaci IFCC.

Rozdíl mezi všeobecným a selektivním kultivačním vyšetřením spočívá v tom, že u selektivního vyšetření („na konkrétního mikroba“) je součástí výsledku (případně) i informace o nepřítomnosti hledaného mikroba (výsledkem speciální kultivace na M. tuberculosis může být jen „kvasinky“, ale výsledek musí obsahovat fakt, že M. tuberculosis nebylo prokázáno).

 

Příklady:

Systém:            punktát, moč, sekret z tonsil…

Komponenta:     agens (obecná, víceméně formální položka)

Druh veličiny:     popis

Jednotka:          není

Procedura:        kultivace bakteriologická

                        kultivace bakteriologická na mykobakteria

                        kultivace virologická…

 

Začlenění kultivačních vyšetření do NČLP byl největší problém, jejich struktura se vzpírala exaktnímu popisu (problém není uspokojivě vyřešen ani v obdobných zahraničních systémech) a dosažený stav je víceméně kompromisem mezi „šedou teorií“ a „zeleným stromem života“. Tyto položky jsou v NČLP označeny jako „ne-IFCC“, jsou trochu výjimečné, autoři se však domnívají, že toto řešení vyhovuje praktickým potřebám (přenos dat, vypracování SOP, vypracování laboratorní příručky).

Zároveň při práci vyšlo najevo, že mikrobiologická kultivační vyšetření a tzv. „přímé průkazy“ (viz dále) jsou metody, kde je více než v jiných laboratorních oborech kladen důraz na přesný popis a specifikaci systému („materiálu“). Do číselníku systému byla proto zavedena celá řada nových položek, které jiné laboratorní obory nepoužívají (stěr z tonsil…), zavedena specifikace systémů (tj. další dělení pro některé systémy) a přibyla možnost přidat k popisu systému i způsob jeho získání. Tyto změny byly pro strukturu NČLP dosti významné a bez nich by kultivační metody nebyly popsány vyhovujícím způsobem.

Rozšířen musel být pochopitelně i číselník procedur, ale zde změny z hlediska struktury NČLP nebyly podstatné a jednalo se o běžné doplnění nových procedur.

Z hlediska datového standardu jsou položky tohoto typu odlišné a zachází se s nimi jinak, než s „běžnými“ položkami NČLP (dále v bodě 3. a 4.).

 

2. Mikroskopie

popisuje morfologii mikroskopického preparátu (leukocyty, fagocytózu, G- diplokoky)

 

Příklady:

Systém:            punktát, moč, sekret z tonsil…

Komponenta:     agens (obecná, víceméně formální položka)

Druh veličiny:     popis

Jednotka:          není

Procedura:        mikroskopie optická, barvení dle Grama

                        mikroskopie fluorescenční na průkaz mykobakterií

 

Oddělení mikroskopických a kultivačních metod (což bude možná pro mikrobiologickou veřejnost trochu překvapivé) celou problematiku paradoxně zjednodušuje. Kultivační a mikroskopické metody se sice většinou provádějí paralelně (hlavně v bakteriologii, situace v para­zi­tologii je ale už poněkud odlišná), ale jinak se v řadě aspektů odlišují. Např. se zcela liší jejich SOP. Pro systémy a procedury platí totéž, co bylo řečeno v souvislosti s kultivačními metodami.

Z hlediska datového standardu jsou položky tohoto typu odlišné a zachází se s nimi jinak, než s „běžnými“ položkami NČLP – viz níže.

 

3. „Přímé průkazy“

jedná se o řadu metod, kterými prokazujeme různé součásti konkrétního mikroba. Patří sem zejména imunochemické metody prokazující antigeny a molekulárně-genetické metody prokazující nukleovou kyselinu. V principu se tento typ metod zásadně odlišuje od kultivačních vyšetření, metody jsou dobře popsatelné klasickým schématem Systém-komponenta-procedura, jejich výsledek má jednoduchou strukturu (přítomno-nepřítomno, případně množství). S kultivačními metodami však mají společný důraz na přesný popis a specifikaci systému („materiálu“).

 

Příklady:

Systém:            punktát, moč, sekret z tonsil…

Komponenta:     konkrétní antigen konkrétního mikroba, sekvence NK konkrétního mikroba

druh veličiny:     koncentrace (kvantitativní metody) příp. detekce (kvalitativní metody

jednotka:           µg/l, počet kopií NK/ml,  semikvantitativní vyjádření („křížky“)

Procedura:        mikroskopie fluorescenční, EIA, latexaglutinace, PCR, LCR…

                       

Tyto položky mají standardní strukturu a z hlediska datového standardu nepředstavují žádnou výjimku.

 

4. Sérologie

zjišťuje protilátky, čili reakci makroorganizmu na infekci. Jsou dobře popsatelné klasickým schématem Systém-komponenta-procedura, výsledek má jednoduchou strukturu (přítomno-nepřítomno, případně množství). Řada (snad dokonce většina) potřebných položek je již v NČLP vypracována.

 

Příklady:

Systém:            sérum, plazma (pro kompatibilitu s IFCC)

Komponenta:     protilátky proti konkrétnímu mikrobu

                        (možná specifikace antigenu a třídy protilátek)

druh veličiny:     koncentrace (kvantitativní metody) příp. detekce (kvalitativní metody)

jednotka:           titry, semikvantitativní vyjádření („křížky“)

Procedura:        mikroskopie fluorescenční, EIA, KFR, aglutinace…

 

Tyto položky mají standardní strukturu a z hlediska datového standardu nepředstavují žádnou výjimku.

 

 

Kultivační a mikroskopická vyšetření z hlediska datového standardu

 

Následující text se týká pouze kultivačních a mikroskopických vyšetření (body 1 a 2 v předchozím textu); tyto položky jsou typické tím, že jejich komponentou je „agens“.

Objednávání těchto vyšetření se děje standardně pomocí příslušných položek NČLP, jen zde opět připomínáme, že kultivační a mikroskopická vyšetření jsou oddělena a je nutno je objednávat zvlášť. Tyto položky NČLP slouží z hlediska DS pouze k objednávání a nelze je používat pro sdělování výsledků. K objednávaným položkám NČLP lze připojit ještě „specifikaci objednávky“, což je přídatná fakultativní  informace o dalších požadavcích (typicky např. „Zhotovení autovakcíny“).

Export výsledků těchto vyšetření je řešen specifickým způsobem. Důvodem tohoto netypického řešení je snaha soustředit všechna kultivační a mikroskopická vyšetření do jednoho bloku, což umožňuje vytvoření logického celku a společnou interpretaci těchto vyšetření; bez významu není ani to, že tento způsob lépe odpovídá tradičnímu pohledu mikrobiologie.

Základem pro sdělování výsledků je formální informatická položka „Výsledek mikrobiologického kultivačního a mikroskopického vyšetření“, která je vytvořena pro každý systém („materiál“), který je označen jako používaný v mikrobiologii (ať již výhradně nebo sdílen s jinými obory). V této položce se sumarizují výsledky všech vyšetření, která mají stejný systém a komponentu (=AGENS). Sděluje se prostřednictvím bloku vrk datového standardu.

Výsledky mikroskopických vyšetření jsou v elementu vrmmn, který se může opakovat v případě, že bylo provedeno více mikroskopických vyšetření (např. běžná mikroskopie a mikroskopie na průkaz acidorezistetntních tyček).

Jednotlivé mikroby (obecně „agens“) izolované a identifikované ze vzorku jsou popsány v bloku vrkpa, který se pochopitelně může opakovat. V tomto bloku jsou obsaženy i výsledky citlivostí na jednotlivé antimikrobní látky.

Celý způsob sdělování výsledků mikrobiologických vyšetření bychom chtěli demonstrovat na následujících dvou příkladech. Jedná se jen o vlastní sdělení nálezu, údaje o identifikaci vzorku (jméno pacienta, čas odběru, čas sdělení) jsou záměrně opomenuty – jsou řešeny v obecných částech DS a jsou stejná pro vyšetření ve všech oborech. Při přepisu výsledků vyšetření není použit jazyk XML, ve kterém je DS implementován – pro laika je poněkud nepřehledný a pro odborníka je přepis do XML triviální záležitostí.

 

Viz též:  

informace k mikrobiologickým blokům

vrk

vrkpa

vrac

vrav

 

 

 

Příklad č. 1 – vyšetření stolice

 

Část výsledkového listu:

KULTIVACE A CÍLENÁ VYŠETŘENÍ:

 

Základní kultivační vyšetření:

 

1.       Escherichia coli

2.       Salmonella enteritidis

 

Kultivační průkaz kampylobakterů:     negativní

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Citlivost k antibiotikům:                       konečný výsledek

 

antibiotikum                   kmen 2

 

ampicilin                       C

chloramfenikol               C

tetracyklin                     C

ko-trimoxazol                 C

ciprofloxacin                  X

 

Legenda:         C - citlivý, I - hraniční citlivost, R - rezistentní, X - výsledek k dispozici po konzultaci

 

Poznámka:      Terapeutická záměna antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky. Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace u nichž laboratoř provádí stanovení MIC uvádí laboratorní příručka.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Závěr (klinicko mikrobiologické hodnocení nálezu): Nález odpovídá infekčnímu průjmu salmonelové etiologie.

Doporučení: Při nekomplikovaném průběhu není vhodná léčba antibiotiky.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Hodnocení validity vzorku: Plná klinická i technická validita.

 

Konec části výsledkového listu.

 

Toto vyšetření bylo objednáno jako:

F_AGENS_CACABA (klíč NČLP:11892)

 

Bude sdělováno prostřednictvím položky:

F_AGENS_DTP (klíč NČLP: 20694)

 

Přepis výsledků do DS:

 

nazvy                            viz popis DS

spec_kod                      F

spec_text                      prázdné

subspec_text                 prázdné

ziskmat_kod                  prázdné

ziskmat_text                 prázdné

lopok                            prázdné

stav_mat                       prázdné

stav_zprac                     A

vrmmn                           prázdné

vrkpa

            agens_kod                    CAMPJEJE

            agens_text                    Campylobacter jejuni subsp. jejuni

            dal_vys                         prázdné

            pritomnost                     N

            priznak                          prázdné

            kvantita                         prázdné

            druh_veliciny                  prázdné

            jednotka                        prázdné

            vrav                               prázdné

            vrac                              prázdné

            dourceni                        prázdné

            vrmahn                          prázdné

            vrmpln                           prázdné

            vzmzhl                          prázdné

vrkpa

            agens_kod                    ESCHCOLI

            agens_text                    Escherichia coli

            dal_vys                         prázdné

            pritomnost                     P

            priznak                          prázdné

            kvantita                         prázdné

            druh_veliciny                  prázdné

            jednotka                        prázdné

            vrav                               prázdné

            vrac                              prázdné

            dourceni                        prázdné

            vrmahn                          prázdné

            vrmpln                           prázdné

            vzmzhl                          prázdné

vrkpa

            agens_kod                    SALMENTE

            agens_text                    Salmonella enteritidis

            dal_vys                         prázdné

            pritomnost                     P

            priznak                          prázdné

            kvantita                         prázdné

            druh_veliciny                  prázdné

            jednotka                        prázdné

            vrav                               prázdné

            vrac

                        latka_kod                      AMP

                        latka_text                      ampicilin

                        hod_citlivosti                  C

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      CMP

                        latka_text                      chloramfenikol

                        hod_citlivosti                  C

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      TET

                        latka_text                      tetracyklin

                        hod_citlivosti                  C

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      COT

                        latka_text                      kotrimoxazol

                        hod_citlivosti                  C

                        priznak                          prázdný

                        kvantita                         prázdný

            vrac

                        latka_kod                      CIP

                        latka_text                      ciprofloxacin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdný

                        kvantita                         prázdný

            dourceni                        prázdné

            vrmahn                          prázdné

            vrmpln                           prázdné

            vzmzhl                          prázdné

vrmahn                          prázdné

vrmlpn                          Terapeutická záměna antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky (intranet: http//:www.homolka.mbio.cz). Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace u nichž laboratoř provádí stanovení MIC uvádí laboratorní příručka

vrmzhl                           Nález odpovídá infekčnímu průjmu salmonelové etiologie.

Doporučení: Při nekomplikovaném průběhu není vhodná léčba antibiotiky

 

 


 

Příklad č. 2 – vyšetření bronchoalveolární laváže

 

Část výsledkového listu:

MIKROSKOPIE

 

Mikroskopické vyšetření - barvení podle Grama

 

dlaždicové epitelie:                     nenalezeno

cylindrické epitelie:                     +

hlenová vlákna:                           +

polymorfonukleální leukocyty:      ++

grampozitivní koky ve shlucích     ++

gramnegativní tyčinky                 ojediněle

 

Hodnocení: Purulentní obraz s převládajícím podílem grampozitivních koků ve shlucích.

 

Mikroskopické hodnocení podílu infikovaných leukocytů - barvení podle Giemsy

 

Podíl infikovaných leukocytů:                               6/100

Morfologie fagocytovaných mikroorganismů:         grampozitivní koky ve shlucích

 

Hodnocení: Nález je charakteristický pro bakteriální infekci dolních cest dýchacích, mikrobiální morfotyp odpovídá stafylokokové etiologii

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

KULTIVACE A CÍLENÁ VYŠETŘENÍ:

 

Základní kvantitativní kultivační vyšetření

 

3.       Staphylococcus aureus                                106

4.       Pseudomonas aeruginosa                             102

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Citlivost k antibiotikům:                       konečný výsledek

 

antibiotikum                   kmen 1 kmen 2

 

oxacilin                         C

piperacilin                                  X

ceftazidim                                 X

imipenem                                  X

gentamicin                    C          X

netilmicin                                  X

tobramycin                                X

amikacin                                   X

ciprofloxacin                  X          X

erytromycin                   X

klindamycin                   C

vankomycin                   X

chloramfenikol               X

tetracyklin                     X

kotrimoxazol                  X

rifampicin                      X

kolistin                                      X

 

Legenda:         C - citlivý, I - hraniční citlivost, R - rezistentní, X - výsledek k dispozici po konzultaci

 

Poznámka:      Terapeutická záměna antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky. Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace u nichž laboratoř provádí stanovení MIC uvádí laboratorní příručka.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Závěr (klinicko mikrobiologické hodnocení nálezu): Nález je suspektní pro infekci dolních cest dýchacích vyvolanou Staphylococcus aureus, kmenem citlivým k oxacilinu.

Doporučení: Zhodnocení klinického významu nálezu a konzultace léčebného postupu.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Hodnocení validity vzorku: Plná klinická i technická validita.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Konec části výsledkového listu.

 

Toto vyšetření bylo objednáno jako:

LABRAL_AGENS_CAGEN

LABRAL_AGENS_MAGEN

 

Bude sdělováno prostřednictvím položky:

LABRAL_AGENS_DTP

 

Přepis výsledků do DS:

 

nazvy                            viz popis DS

spec_kod                      LABRAL

spec_text                      prázdné

subspec_text                 pravá plíce

ziskmat_kod                  prázdné

ziskmat_text                 prázdné

lopok                            prázdné

stav_mat                       prázdné

stav_zprac                     A

vrmmn                           Mikroskopické vyšetření - barvení podle Grama

 

dlaždicové epitelie:                     nenalezeno

cylindrické epitelie:                                 +

hlenová vlákna:                                       +

polymorfonukleální leukocyty:                  ++

grampozitivní koky ve shlucích     ++

gramnegativní tyčinky                             ojediněle

 

Hodnocení: Purulentní obraz s převládajícím podílem grampozitivních koků ve shlucích.

vrmmn                          Mikroskopické hodnocení podílu infikovaných leukocytů - barvení podle Giemsy

 

Podíl infikovaných leukocytů:                               6/100

Morfologie fagocytovaných mikroorganismů:          grampozitivní koky ve shlucích

 

Hodnocení: Nález je charakteristický pro bakteriální infekci dolních cest dýchacích, mikrobiální morfotyp odpovídá stafylokokové etiologii

vrkpa

            agens_kod                    STAPAUAU

            agens_text                    Staphylococcus aureus subsp. aureus

            dal_vys                         prázdné

            pritomnost                     P

            priznak                          prázdné

            kvantita                         1000000

            druh_veliciny                  prázdné

            jednotka                        prázdné

            vrav                               prázdné

            vrac

                        latka_kod                      OXA

                        latka_text                      oxacilin

                        hod_citlivosti                  C

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      GEM

                        latka_text                      gentamicin

                        hod_citlivosti                  C

                        priznak                          prázdné            

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      CIP

                        latka_text                      ciprofloxacin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      ERY

                        latka_text                      erytromycin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      CLI

                        latka_text                      klindamycin

                        hod_citlivosti                  C

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      VAN

                        latka_text                      vankomycin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      CMP

                        latka_text                      chloramfenikol

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      TET

                        latka_text                      tetracyklin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      COT

                        latka_text                      kotrimoxazol

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      RIF

                        latka_text                      rifampicin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            dourceni                        prázdné

            vrmahn                          prázdné

            vrmpln                           prázdné

            vzmzhl                          prázdné

vrkpa

            agens_kod                    PSEUAERU

            agens_text                    Pseudomonas aeruginosa

            dal_vys                         prázdné

            pritomnost                     P

            priznak                          prázdné

            kvantita                         100

            druh_veliciny                  prázdné

            jednotka                        prázdné

            vrav                               prázdné

            vrac

                        latka_kod                      PIP

                        latka_text                      piperacilin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      CTZ

                        latka_text                      ceftazidim

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      IMI

                        latka_text                      imipenem

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdné

                        kvantita                         prázdné

            vrac

                        latka_kod                      GEN

                        latka_text                      gentamicin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdný

                        kvantita                         prázdný

            vrac

                        latka_kod                      NET

                        latka_text                      netilmicin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdný

                        kvantita                         prázdný

            vrac

                        latka_kod                      TOB

                        latka_text                      tobramycin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdný

                        kvantita                         prázdný

            vrac

                        latka_kod                      AMI

                        latka_text                      amikacin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdný

                        kvantita                         prázdný

            vrac

                        latka_kod                      CIP

                        latka_text                      ciprofloxacin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdný

                        kvantita                         prázdný

            vrac

                        latka_kod                      COL

                        latka_text                      kolistin

                        hod_citlivosti                  L

                        priznak                          prázdný

                        kvantita                         prázdný

            dourceni                        prázdné

            vrmahn                          prázdné

            vrmpln                           prázdné

            vzmzhl                          prázdné

vrmahn                          prázdné

vrmlpn                          Terapeutická záměna antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky (intranet: http//:www.homolka.mbio.cz). Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace u nichž laboratoř provádí stanovení MIC uvádí laboratorní příručka

vrmzhl                          Nález je suspektní pro infekci dolních cest dýchacích vyvolanou Staphylococcus aureus, kmenem citlivým k oxacilinu.

Doporučení: Zhodnocení klinického významu nálezu a konzultace léčebného postupu.

 

.