Laboratorní vyšetření používaná v mikrobiologii lze
z pohledu NČLP rozdělit do 4 základních skupin (toto dělení však vychází
z principu těchto vyšetření a je užitečné a životaschopné i mimo rámec
NČLP):
1. Kultivační vyšetření
(ať už všeobecná, speciální nebo selektivní) hledají živého
mikroba a jejich výsledek má (proti jiným typům vyšetření) složitou a
specifickou strukturu (žádný, jeden či více mikrobů, jejich vlastnosti, jejich
kvantita, citlivost na antimikrobní látky atd.). Tento typ výsledku je pro
mikrobiologická kultivační vyšetření specifický a kultivační vyšetření
neodpovídají přesně specifikaci IFCC.
Rozdíl mezi všeobecným a selektivním kultivačním vyšetřením
spočívá v tom, že u selektivního vyšetření („na konkrétního mikroba“) je
součástí výsledku (případně) i informace o nepřítomnosti hledaného mikroba
(výsledkem speciální kultivace na M. tuberculosis může být jen
„kvasinky“, ale výsledek musí obsahovat fakt, že M. tuberculosis nebylo
prokázáno).
Příklady:
Systém: punktát,
moč, sekret z tonsil…
Komponenta: agens
(obecná, víceméně formální položka)
Druh veličiny: popis
Jednotka: není
Procedura: kultivace
bakteriologická
kultivace
bakteriologická na mykobakteria
kultivace
virologická…
Začlenění kultivačních vyšetření do NČLP byl největší
problém, jejich struktura se vzpírala exaktnímu popisu (problém není uspokojivě
vyřešen ani v obdobných zahraničních systémech) a dosažený stav je
víceméně kompromisem mezi „šedou teorií“ a „zeleným stromem života“. Tyto
položky jsou v NČLP označeny jako „ne-IFCC“, jsou trochu výjimečné, autoři
se však domnívají, že toto řešení vyhovuje praktickým potřebám (přenos dat,
vypracování SOP, vypracování laboratorní příručky).
Zároveň při práci vyšlo najevo, že mikrobiologická
kultivační vyšetření a tzv. „přímé průkazy“ (viz dále) jsou metody, kde je více
než v jiných laboratorních oborech kladen důraz na přesný popis a
specifikaci systému („materiálu“). Do číselníku systému byla proto zavedena
celá řada nových položek, které jiné laboratorní obory nepoužívají (stěr
z tonsil…), zavedena specifikace systémů (tj. další dělení pro některé
systémy) a přibyla možnost přidat k popisu systému i způsob jeho získání.
Tyto změny byly pro strukturu NČLP dosti významné a bez nich by kultivační
metody nebyly popsány vyhovujícím způsobem.
Rozšířen musel být pochopitelně i číselník procedur, ale zde
změny z hlediska struktury NČLP nebyly podstatné a jednalo se o běžné
doplnění nových procedur.
Z hlediska datového standardu jsou položky tohoto typu
odlišné a zachází se s nimi jinak, než s „běžnými“ položkami NČLP (dále
v bodě 3. a 4.).
2. Mikroskopie
popisuje morfologii mikroskopického preparátu (leukocyty,
fagocytózu, G- diplokoky)
Příklady:
Systém: punktát,
moč, sekret z tonsil…
Komponenta: agens
(obecná, víceméně formální položka)
Druh veličiny: popis
Jednotka: není
Procedura: mikroskopie
optická, barvení dle Grama
mikroskopie
fluorescenční na průkaz mykobakterií
Oddělení mikroskopických a kultivačních metod (což bude
možná pro mikrobiologickou veřejnost trochu překvapivé) celou problematiku
paradoxně zjednodušuje. Kultivační a mikroskopické metody se sice většinou
provádějí paralelně (hlavně v bakteriologii, situace v parazitologii
je ale už poněkud odlišná), ale jinak se v řadě aspektů odlišují. Např. se
zcela liší jejich SOP. Pro systémy a procedury platí totéž, co bylo řečeno
v souvislosti s kultivačními metodami.
Z hlediska datového standardu jsou položky tohoto typu
odlišné a zachází se s nimi jinak, než s „běžnými“ položkami NČLP – viz
níže.
3. „Přímé průkazy“
jedná se o řadu metod, kterými prokazujeme různé součásti
konkrétního mikroba. Patří sem zejména imunochemické metody prokazující
antigeny a molekulárně-genetické metody prokazující nukleovou kyselinu.
V principu se tento typ metod zásadně odlišuje od kultivačních vyšetření,
metody jsou dobře popsatelné klasickým schématem Systém-komponenta-procedura,
jejich výsledek má jednoduchou strukturu (přítomno-nepřítomno, případně
množství). S kultivačními metodami však mají společný důraz na přesný
popis a specifikaci systému („materiálu“).
Příklady:
Systém: punktát,
moč, sekret z tonsil…
Komponenta: konkrétní
antigen konkrétního mikroba, sekvence NK konkrétního mikroba
druh veličiny: koncentrace
(kvantitativní metody) příp. detekce (kvalitativní metody
jednotka: µg/l,
počet kopií NK/ml, semikvantitativní
vyjádření („křížky“)
Procedura: mikroskopie
fluorescenční, EIA, latexaglutinace, PCR, LCR…
Tyto položky mají standardní strukturu a z hlediska
datového standardu nepředstavují žádnou výjimku.
4. Sérologie
zjišťuje protilátky, čili reakci makroorganizmu na infekci.
Jsou dobře popsatelné klasickým schématem Systém-komponenta-procedura, výsledek
má jednoduchou strukturu (přítomno-nepřítomno, případně množství). Řada (snad
dokonce většina) potřebných položek je již v NČLP vypracována.
Příklady:
Systém: sérum,
plazma (pro kompatibilitu s IFCC)
Komponenta: protilátky
proti konkrétnímu mikrobu
(možná
specifikace antigenu a třídy protilátek)
druh veličiny: koncentrace
(kvantitativní metody) příp. detekce (kvalitativní metody)
jednotka: titry,
semikvantitativní vyjádření („křížky“)
Procedura: mikroskopie
fluorescenční, EIA, KFR, aglutinace…
Tyto položky mají standardní strukturu a z hlediska
datového standardu nepředstavují žádnou výjimku.
Kultivační a mikroskopická
vyšetření z hlediska datového standardu
Následující text se týká pouze kultivačních a
mikroskopických vyšetření (body 1 a 2 v předchozím textu); tyto položky
jsou typické tím, že jejich komponentou je „agens“.
Objednávání těchto vyšetření se děje standardně pomocí
příslušných položek NČLP, jen zde opět připomínáme, že kultivační a
mikroskopická vyšetření jsou oddělena a je nutno je objednávat zvlášť. Tyto
položky NČLP slouží z hlediska DS pouze k objednávání a nelze
je používat pro sdělování výsledků. K objednávaným položkám NČLP lze
připojit ještě „specifikaci objednávky“, což je přídatná fakultativní informace o dalších požadavcích (typicky
např. „Zhotovení autovakcíny“).
Export výsledků těchto vyšetření je řešen specifickým
způsobem. Důvodem tohoto netypického řešení je snaha soustředit všechna
kultivační a mikroskopická vyšetření do jednoho bloku, což umožňuje vytvoření
logického celku a společnou interpretaci těchto vyšetření; bez významu není ani
to, že tento způsob lépe odpovídá tradičnímu pohledu mikrobiologie.
Základem pro sdělování výsledků je formální informatická
položka „Výsledek mikrobiologického kultivačního a mikroskopického vyšetření“,
která je vytvořena pro každý systém („materiál“), který je označen jako
používaný v mikrobiologii (ať již výhradně nebo sdílen s jinými
obory). V této položce se sumarizují výsledky všech vyšetření, která mají
stejný systém a komponentu (=AGENS). Sděluje se prostřednictvím
bloku vrk datového standardu.
Výsledky mikroskopických vyšetření jsou v elementu vrmmn,
který se může opakovat v případě, že bylo provedeno více mikroskopických
vyšetření (např. běžná mikroskopie a mikroskopie na průkaz acidorezistetntních
tyček).
Jednotlivé mikroby (obecně „agens“) izolované a identifikované
ze vzorku jsou popsány v bloku vrkpa, který se pochopitelně
může opakovat. V tomto bloku jsou obsaženy i výsledky citlivostí na
jednotlivé antimikrobní látky.
Celý způsob sdělování výsledků mikrobiologických vyšetření
bychom chtěli demonstrovat na následujících dvou příkladech. Jedná se jen o
vlastní sdělení nálezu, údaje o identifikaci vzorku (jméno pacienta, čas
odběru, čas sdělení) jsou záměrně opomenuty – jsou řešeny v obecných
částech DS a jsou stejná pro vyšetření ve všech oborech. Při přepisu výsledků
vyšetření není použit jazyk XML, ve kterém je DS implementován – pro laika je
poněkud nepřehledný a pro odborníka je přepis do XML triviální záležitostí.
Příklad
č. 1 – vyšetření stolice
Část výsledkového listu:
KULTIVACE A CÍLENÁ VYŠETŘENÍ:
Základní kultivační vyšetření:
1.
Escherichia
coli
2.
Salmonella
enteritidis
Kultivační průkaz kampylobakterů: negativní
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Citlivost k antibiotikům: konečný
výsledek
antibiotikum kmen
2
ampicilin C
chloramfenikol C
tetracyklin C
ko-trimoxazol C
ciprofloxacin X
Legenda: C - citlivý, I -
hraniční citlivost, R - rezistentní, X - výsledek
k dispozici po konzultaci
Poznámka: Terapeutická záměna
antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky.
Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace u nichž
laboratoř provádí stanovení MIC uvádí laboratorní příručka.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Závěr (klinicko mikrobiologické hodnocení nálezu): Nález odpovídá infekčnímu průjmu
salmonelové etiologie.
Doporučení: Při
nekomplikovaném průběhu není vhodná léčba antibiotiky.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Hodnocení validity vzorku: Plná klinická i technická validita.
Toto vyšetření bylo objednáno jako:
F_AGENS_CACABA (klíč NČLP:11892)
Bude sdělováno prostřednictvím položky:
F_AGENS_DTP (klíč NČLP: 20694)
Přepis výsledků do DS:
nazvy viz
popis DS
spec_kod F
spec_text prázdné
subspec_text prázdné
ziskmat_kod prázdné
ziskmat_text prázdné
lopok prázdné
stav_mat prázdné
stav_zprac A
vrmmn prázdné
vrkpa
agens_kod CAMPJEJE
agens_text Campylobacter
jejuni subsp. jejuni
dal_vys prázdné
pritomnost N
priznak prázdné
kvantita prázdné
druh_veliciny prázdné
jednotka prázdné
vrav prázdné
vrac prázdné
dourceni prázdné
vrmahn prázdné
vrmpln prázdné
vzmzhl prázdné
vrkpa
agens_kod ESCHCOLI
agens_text Escherichia coli
dal_vys prázdné
pritomnost P
priznak prázdné
kvantita prázdné
druh_veliciny prázdné
jednotka prázdné
vrav prázdné
vrac prázdné
dourceni prázdné
vrmahn prázdné
vrmpln prázdné
vzmzhl prázdné
vrkpa
agens_kod SALMENTE
agens_text Salmonella
enteritidis
dal_vys prázdné
pritomnost P
priznak prázdné
kvantita prázdné
druh_veliciny prázdné
jednotka prázdné
vrav prázdné
vrac
latka_kod AMP
latka_text ampicilin
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod CMP
latka_text chloramfenikol
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod TET
latka_text tetracyklin
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod COT
latka_text kotrimoxazol
hod_citlivosti C
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod CIP
latka_text ciprofloxacin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
dourceni prázdné
vrmahn prázdné
vrmpln prázdné
vzmzhl prázdné
vrmahn prázdné
vrmlpn Terapeutická záměna antibiotik
podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky (intranet:
http//:www.homolka.mbio.cz). Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři
na vyžádání. Indikace u nichž laboratoř provádí stanovení MIC uvádí laboratorní
příručka
vrmzhl Nález
odpovídá infekčnímu průjmu salmonelové etiologie.
Doporučení: Při nekomplikovaném průběhu není
vhodná léčba antibiotiky
Příklad
č. 2 – vyšetření bronchoalveolární laváže
Část výsledkového listu:
MIKROSKOPIE
Mikroskopické vyšetření - barvení podle Grama
dlaždicové epitelie: nenalezeno
cylindrické epitelie: +
hlenová vlákna: +
polymorfonukleální leukocyty: ++
grampozitivní koky ve shlucích ++
gramnegativní tyčinky ojediněle
Hodnocení: Purulentní obraz s převládajícím podílem grampozitivních koků ve
shlucích.
Mikroskopické hodnocení podílu infikovaných leukocytů - barvení podle
Giemsy
Podíl infikovaných leukocytů: 6/100
Morfologie fagocytovaných mikroorganismů: grampozitivní koky ve shlucích
Hodnocení: Nález je charakteristický pro bakteriální infekci dolních cest
dýchacích, mikrobiální morfotyp odpovídá stafylokokové etiologii
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
KULTIVACE A CÍLENÁ VYŠETŘENÍ:
Základní kvantitativní kultivační vyšetření
3.
Staphylococcus
aureus 106
4.
Pseudomonas
aeruginosa 102
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Citlivost k antibiotikům: konečný
výsledek
antibiotikum kmen
1 kmen 2
oxacilin C
piperacilin X
ceftazidim X
imipenem X
gentamicin C X
netilmicin X
tobramycin X
amikacin X
ciprofloxacin X X
erytromycin X
klindamycin C
vankomycin X
chloramfenikol X
tetracyklin X
kotrimoxazol X
rifampicin X
kolistin X
Legenda: C - citlivý, I -
hraniční citlivost, R - rezistentní, X - výsledek
k dispozici po konzultaci
Poznámka: Terapeutická záměna
antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky.
Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace u nichž
laboratoř provádí stanovení MIC uvádí laboratorní příručka.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Závěr (klinicko mikrobiologické hodnocení nálezu): Nález je suspektní pro infekci dolních cest
dýchacích vyvolanou Staphylococcus aureus, kmenem citlivým
k oxacilinu.
Doporučení:
Zhodnocení klinického významu nálezu a konzultace léčebného postupu.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Hodnocení validity vzorku: Plná klinická i technická validita.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Toto vyšetření bylo objednáno jako:
LABRAL_AGENS_CAGEN
LABRAL_AGENS_MAGEN
Bude sdělováno prostřednictvím položky:
LABRAL_AGENS_DTP
Přepis výsledků do DS:
nazvy viz
popis DS
spec_kod LABRAL
spec_text prázdné
subspec_text pravá
plíce
ziskmat_kod prázdné
ziskmat_text prázdné
lopok prázdné
stav_mat prázdné
stav_zprac A
vrmmn Mikroskopické
vyšetření - barvení podle Grama
dlaždicové epitelie: nenalezeno
cylindrické epitelie: +
hlenová vlákna: +
polymorfonukleální leukocyty: ++
grampozitivní koky ve shlucích ++
gramnegativní tyčinky ojediněle
Hodnocení: Purulentní obraz
s převládajícím podílem grampozitivních koků ve shlucích.
vrmmn Mikroskopické hodnocení podílu
infikovaných leukocytů - barvení podle Giemsy
Podíl infikovaných leukocytů: 6/100
Morfologie fagocytovaných mikroorganismů: grampozitivní koky ve shlucích
Hodnocení: Nález je charakteristický pro
bakteriální infekci dolních cest dýchacích, mikrobiální morfotyp odpovídá
stafylokokové etiologii
vrkpa
agens_kod STAPAUAU
agens_text Staphylococcus
aureus subsp. aureus
dal_vys prázdné
pritomnost P
priznak prázdné
kvantita 1000000
druh_veliciny prázdné
jednotka prázdné
vrav prázdné
vrac
latka_kod OXA
latka_text oxacilin
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod GEM
latka_text gentamicin
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod CIP
latka_text ciprofloxacin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod ERY
latka_text erytromycin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod CLI
latka_text klindamycin
hod_citlivosti C
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod VAN
latka_text vankomycin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod CMP
latka_text chloramfenikol
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod TET
latka_text tetracyklin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod COT
latka_text kotrimoxazol
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod RIF
latka_text rifampicin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
dourceni prázdné
vrmahn prázdné
vrmpln prázdné
vzmzhl prázdné
vrkpa
agens_kod PSEUAERU
agens_text Pseudomonas
aeruginosa
dal_vys prázdné
pritomnost P
priznak prázdné
kvantita 100
druh_veliciny prázdné
jednotka prázdné
vrav prázdné
vrac
latka_kod PIP
latka_text piperacilin
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod CTZ
latka_text ceftazidim
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod IMI
latka_text imipenem
hod_citlivosti L
priznak prázdné
kvantita prázdné
vrac
latka_kod GEN
latka_text gentamicin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod NET
latka_text netilmicin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod TOB
latka_text tobramycin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod AMI
latka_text amikacin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod CIP
latka_text ciprofloxacin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
vrac
latka_kod COL
latka_text kolistin
hod_citlivosti L
priznak prázdný
kvantita prázdný
dourceni prázdné
vrmahn prázdné
vrmpln prázdné
vzmzhl prázdné
vrmahn prázdné
vrmlpn Terapeutická
záměna antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní
příručky (intranet: http//:www.homolka.mbio.cz). Hodnota MIC je
k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace u nichž laboratoř
provádí stanovení MIC uvádí laboratorní příručka
vrmzhl Nález je suspektní pro infekci
dolních cest dýchacích vyvolanou Staphylococcus aureus, kmenem citlivým
k oxacilinu.
Doporučení: Zhodnocení klinického významu
nálezu a konzultace léčebného postupu.
.