Návrh změn k datovým blokům a číselníkům

pro strukturované mikrobiologické vyšetření - stav k 12/2013

Problematika je nyní řešena pouze pro DS4 a pouze pro objednávkové bloky (KU_O) a pro bloky pro sdělování výsledků (KU_Z). V dalším kole bude dořešena také pro předávání rozpracovaných vyšetření mezi dvojicí mikrobiologických laboratoří. (To, zda bude řešeno ještě pro původní verzi DS3 bude diskutováno.)

Návrh je předložen k připomínkování a případnému dalšímu doplnění.

Seznam stávajících datových bloků DS4, kterých se týkají navrhované změny:

1. objednávky vyšetření

ku_o_lab

loi

lopok

2.sdělování vyšetření

Seznam stávajících samostatných číselníků, kterých se týkají navrhované změny:

[NCLPPOL] včetně z NČLP generovaného [NCMPSPM]

Popisy navrhovaných změn v číselnících:

Číselník NČLP:

Číselník "NČLP", který obsahuje již z DS2 položky pro mikrobiologická kultivační vyšetření, bude nadále využíván, leč pouze po linii položek typu SYST_AGENS_DTP, kde na úrovni komponenty je zástupné "AGENS", na úrovni procedury je zástupné "DTP", na úrovni druhu veličiny je zástupné „MICROORG“ a jednotka není uváděna ("-"). Rozlišení položek je tedy na úrovni „SYST“. Počet položek NČLP tedy odpovídá počtu systémů užívaných v mikrobiologii. Na tyto systémy jsou v NČLP bezprostředně navázány specifikace k mikrobiologickým systémům, které mohou být dle potřeb praxe dále doplňované. Ostatní položky NČLP typu "AGENS" (tj. vypracované pro konkrétní procedury s výjimkou výše uvedené "DTP") budou označeny jako neaktuální. Podle potřeb praxe budou výše zmíněné položky SYST_AGENS_DTP doplněné o ty systémy, které budou pro praxi ještě potřebné.

Součástí NČLP je mimo jiné číselník systémů, jehož součástí je číselník specifikací systémů pro potřebu mikrobiologie - viz: [NCLPPOL] - [NCLPSYST] - [NCMPSPM].

Tyto položky SYST_AGENS_DTP nesou informaci o zasílaném materiálu a sjednocují přístup k jednotlivým typům laboratoří v rámci DASTA.

Číselník Agens:

Číselník "Agens pro mikrobiologii" [NCMPAG] bude zachován, paralelně k němu bude k dispozici nový mezinárodní číselník "NCBI". Přepínání bude řešeno nově přidaným přepínačem v bloku vrkpa. Připomínáme, že ve stávajícím číselníku jsou k dispozici mimo jiné také obecné texty, které v "NCBI" nejsou.

Zdroj: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdmp.zip (zde soubor: names.dmp).

Autorita: NCBI (PubMed).

Forma distribuce pro DASTA: externí číselník

Struktura / sloupce:

NCBI_ID	STRAIN_NAME	RECORD_TYPE
Int	Varchar(255)	Varchar(25)

Popis: NCBI_ID je ID kmene, které není v tabulce unikátní – ke stejnému ID se mohou vázat synonyma, či alternativní názvy kmene. Ke každému NCBI_ID náleží právě jeden výraz „scientific name“ ve sloupci RECORD_TYPE; Jejich kombinace je unikátní a výsledný záznam ve sloupci STRAIN_NAME je korektním vědeckým označením daného kmene. Sloupec odkazovaný v paketech DASTA: NCBI_ID

Číselník Vlastností agens:

Číselník "Vlastností agens" [NCMPAGV] bude zachován, struktura se nemění, jeho obsah bude naplněn obsahem číselníku níže uvedeného. Může být dále doplňován.

Navrhovaný obsah - do číselníku bude doplněn klíč a plný název:

SHORTCUT	NAME
-----------------------------------------------------------
AmpB	AmpB
AmpB-MBL	AmpB-MBL
cAmpC	c AmpC
cMLSB	c-MLSB
CPE	CPE
CTXM	CTX-M
CTXM15	CTX-M-15
CTXM3	CTX-M-3
eMLSB	Eflux MLSB
ESBL	ESBL
GIS C	GIS C
GISA C	GISA C
GRS A	GRS A
GRS B	GRS B
GRSA A	GRSA A
GRSA B	GRSA B
iAmpC	i AmpC
iMLSB	i-MLSB
K1	K1
KarbaRes	CPE
KarbaResMBL	MBL
KarbaResPSE	karbapenem rez.
KPC/CPE	KPC/CPE
MLSB	MLSB
MRCNS	MRCNS
MRSA	MRSA
PRSP	PRSP
Qnr	Qnr
SHV 1-10	SHV 1-10
TEM-1	TEM-1
VRE	VRE
VRE Van A	VRE Van A
VRE Van B	VRE Van B
VRE Van C	VRE Van C

Upozornění - poznámka: Oficiální číselník fenotypů zatím nespravuje žádná světová autorita. Proto je vhodnější použít vlastní ID pro komunikaci a udržovat číselník na národní úrovni. Jméno je celý název fenotypu a popis (volitelně) může nést poznámky k terapii vyplývající z identifikace toho kterého fenotypu.

Číselník Antimikrobiálních látek - číselník antiinfektiv:

Číselník "Antimikrobiálních látek" [NCMPATML] bude zrušen a nahrazen novým externím mezinárodním číselníkem antiinfektiv "DRGLIST":

Zdroj: WHONET5 software / EUCAST 12 guidelines (http://www.whonet.org/DNN/)

Autorita: WHONET (WHO)

Forma distribuce pro DASTA: externí číselník -viz antiinfektiva.xls

Struktura / sloupce:

ABX_NUMBER	NAME	POTENCY
Int	Varchar(25)	Real

Popis: ABX_NUMBER je unikátní identifikátor, NAME je celý název antiinfektiva, POTENCY jeho síla (většinou v ug, nepovinný údaj).

Číselník Objednávek mikrobiologických vyšetření:

Číselník "Objednávek mikrobiologických vyšetření" [NCMPOBJK] bude zachován, obsah bude přepracován a rozšířen. Prosíme o sdělení vašich požadavků - námětů.

Poznámka: Obsah číselníku bude předmětem delší odborné diskuse, struktura však zřejmě nebude měněna. Zda se jedná o vyšetření (respektive postup, kontejner obsahující více metod včetně struktury), nebo o konkrétní test schopný nést samostatný výsledek je určeno strukturou paketu.

Číselník Způsobů získání mikrob. mat.:

Číselník "Způsobů získání mikrobiologických materiálů" [NCMPZZM] bude zachován, pouze bude doplněn.

Prosíme o sdělení vašich požadavků - námětů.

Číselník Stavů mikrobiologických materiálů:

Číselník "Stavů mikrobiologických materiálů" [NCMPSTM] bude zachován, pouze bude mírně doplněn.

Prosíme o sdělení vašich požadavků - námětů.

Popisy navrhovaných změn v datových blocích:

Změny a aktualizace číselníků jsou popsány výše, u bloků, kde jsou používané, již nekomentujeme.

ku_z_lab

Struktura se nemění (pouze drobně komentáře).

vrk

Je možné připojit sdělování mikroskopického nálezu strukturovaně. Prosíme, vyjádřete se, zda má být řešeno nebo ponechán stávající volný text.

vrkpa

Bude připojena referenční knihovna NCBI a přidán přepínač mezi novou NCBI a stávající NCMPAG. (NCMPAG bude využíván zejména pro výběr obecných textů, např. negativní nález, tyčky atd.)

Druh veličiny a jednotka (viz modrý text v tabulce - návrh) se zatím neřeší, nedošlo dosud ke společně sdílené dohodě.

vrav

Do číselníku LMHPUVN bude přidána hodnota "suspektní".

vrac

Do číselníku LMHCN budou přidány hodnoty "přirozená rezistence" a "nehodnoceno".

ku_o_lab

Struktura se nemění (pouze drobně komentáře).

loi

Struktura se nemění (pouze drobně komentáře).

lopk

Struktura se nemění (pouze komentáře).

lopok

Struktura se nemění (pouze komentáře).

Prosíme o připomínkování tohoto návrhu nejpozději do konce ledna 2014, aby mohlo být vše zpracováno do DS4 během roku 2014.

Připomínky realizujte cestou konference DASTA_VYVOJ.