Nová položka pro sledování mutací SARS-CoV-2 a GARGTEST:

V mimořádném upgrade NČLP byla 25. 1. 2021 doplněna nová položka 50781 a k ní nová MTV

a dále nová specifikace GARGF k systému RESPORL. Součást NČLP 2.72.02.

RNA viru SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] PCR)

Klíč položky: 50781

Typ položky = F

Formát hodnoty = FR

Kategorie = NUCL

Systém = RNA (blíže neurčený subsystém)

Druh veličiny = sequence variation

Procedura = PCR (je vytvořena též položka s procedurou *, ale ta má minimální praktický význam, pouze respektuje pravidla NČLP - klíč 50780)

K položce je připojen pokyn, poznámka:

Pokud není výsledek určen sekvenací, smí být uváděn pouze jako poznámka s uvedením "susp." - viz MTV GTYPCOV.

K položce je vytvořena MTV GTYPCOV.

MTV „GTYPCOV“

Genotyp viru SARS CoV-2 - kódování dle WHO SARS-CoV-2 Variants

Klíč

Název do sestav

Plný název a popis

Pouze pro subjekty, které sekvenují (například NRL):

D614G

D614G

D614G - varianta SARS-CoV-2

Kód lze použít jen tehdy, bylo-li stanoveno sekvenací, jinak lze uvádět jen jako poznámku,

viz klíč D614GS.

Poznámka: v současné době majoritní mutace (leden 2021)

VOC2020

VOC 202012/01

VOC 202012/01 - varianta SARS-CoV-2 - „britská mutace“

(poznámka: v Německu značeno VUI 202012/01)

Kód lze použít jen tehdy, bylo-li stanoveno sekvenací, jinak lze uvádět jen jako poznámku,

viz klíč VOC2020S.

CLUST5

Cluster 5

Cluster 5 - varianta SARS-CoV-2

Kód lze použít jen tehdy, bylo-li stanoveno sekvenací, jinak lze uvádět jen jako poznámku,

viz klíč CLUST5S.

501Y.V2

501Y.V2

501Y.V2 - varianta SARS-CoV-2 - „jihoafrická mutace“

Kód lze použít jen tehdy, bylo-li stanoveno sekvenací, jinak lze uvádět jen jako poznámku,

viz klíč 501Y.V2S.

Pro ostatní laboratoře, které nesekvenují:

D614GS

susp. D614G

susp. D614G

Pokud nebylo určeno sekvenací, uvádí se jako poznámka "susp. D614G", nelze použít klíč D614G!

VOC2020S

susp. VOC 202012/01

susp. VOC 202012/01 - „britská mutace“

Pokud nebylo určeno sekvenací, uvádí se jako poznámka "susp. VOC 202012/01", nelze použít klíč VOC2020!

CLUST5S

susp. Cluster 5

susp. Cluster 5

Pokud nebylo určeno sekvenací, uvádí se jako poznámka "susp. Cluster 5", nelze použít klíč CLUST5!

501Y.V2S

susp. 501Y.V2

susp. 501Y.V2 - „jihoafrická mutace“

Pokud nebylo určeno sekvenací, uvádí se jako poznámka "susp. 501Y.V2", nelze použít klíč 501Y.V2!

Poznámka:

Tzv. „brazilská mutace“ nemá dosud přidělený kód dle WHO, bude doplněna v dalším upgrade.

Další nové vyšetření zavedené do praxe:

Pro nové PCR vyšetření „GARGTEST“ byla ke stávajícímu systému SPCORL doplněna nová specifikace GARGF = tekutina získaná kloktáním hltanu a dutiny ústní.

Jedná se o nové perspektivní PCR vyšetření zaváděné do praxe.

Využívá se stávající položka NČLP s klíčem 19935:

RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost [-] PCR)