Mimořádný upgrade NČLP 2.72.03 (17. 2. 2021)
v rámci upgrade DS 4.21.03,
informace k úpravám stávajících položek a k nově
založeným položkám
A.
Úprava a doplnění stávající položky NČLP 50781
s druhem veličiny SEQVAR
Položka s klíčem 50781 byla zavedena v lednu a
je již používána:
50781 RNA viru
SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] PCR)
Slouží pro objednání i sdělení vyšetření variant viru
SARS-CoV-2 sekvenací.
Vzhledem
k tomu, že bylo nutné začátkem ledna zajistit rychlé předávání dat do ÚZIS,
byla položka 50781 prozatímně rozšířena i pro sdělování mutací zjištěných jinou
cestou s tím, že tyto jsou uváděny vždy jen jako suspektní. Toto
prozatímní rozšíření bude nyní ukončeno a přesměrováno na vhodnější nově
založenou položku 50783. Viz dále.
Původní položka
50781 má MTV = GTYPCOV, která aktuálně obsahuje:
Toto
již bylo založeno v lednu 2021 - nyní upraveny nadpisy, synonyma, popisy:
1.
Klíč = D614G
Název = D614G
Synonyma = nejsou
známa
Poznámka = D614G (v lednu 2021 byla majoritní mutace)
2.
Klíč = VOC2020
Název = VOC 202012/01 (britská varianta)
Synonyma = VOC 202012/01; VUI 202012/01; VOI 202012/01;
20I/501Y.V1; B.1.1.7; Brigita
3.
Klíč = CLUST5
Název = Cluster 5
Synonyma = nejsou
známa
Poznámka = Cluster 5 - mutace objevená u zvířat
v Dánsku
4.
Klíč = 501Y.V2
Název = 20H/501Y.V2 (jihoafrická varianta)
Synonyma = 20H/501Y.V2; B.1.351
Poznámka:
Původně použitý
termín „mutace“ byl nyní u VOC2020 a 501Y.V2 změněn na „varianta“, aby
nekolidoval s pojmy pro konkrétní mutaci jednoho genu u nových přidávaných
položek - viz dále.
Toto
je nyní nově přidáno v únoru 2021:
5.
Klíč = P.1
Název = 20J/501Y.V3 (brazilská varianta „Manaus“)
Synonyma = P.1; 20J/501Y.V3; B.1.1.248
6.
Klíč = 20A
Název = B.1.258 (česká varianta)
Synonyma = 20A; B.1.258
Poznámka = dosud neoficiální, ale v praxi již takto
vyšetřovaná
B. zavedení položek zcela nového typu pro vyšetření
přítomnosti mutace či delece a jejich interpretace:
V současné době se vyšetřují tyto mutace a delece
(další budou přibývat):
N501Y, E484K, A570D, P681H, T716I, N439K, D614G, K417N,
Del69-70
Pro
ně byly založeny nové položky s druhem veličiny PRESENCE:
50785
RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA; přítomnost [-] PCR)
50787
RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA; přítomnost [-] PCR)
50789
RNA viru SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] PCR)
50791
RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA; přítomnost [-] PCR)
50793
RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA; přítomnost [-] PCR)
50795
RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA; přítomnost [-] PCR)
50797
RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA; přítomnost [-] PCR)
50799
RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA; přítomnost [-] PCR)
50801
RNA viru SARS-CoV-2 - T716I (RNA; přítomnost [-] PCR)
Výsledkem je
formalizovaná textová hodnota dle MTV = KVAL (tj. jako u průkazu přítomnosti viru).
Čili k jednomu ID pacienta a k jednomu času
události může být sdělováno jedno či více těchto vyšetření a k nim bude
připojena interpretace v položce s druhem veličiny DESCR =
vlastnost/popis:
50783 RNA viru SARS-CoV-2
- varianta (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
K položce
50783 je založena nová MTV = GTYPCOMD
s výčtem současných emergentních variant a jejich kombinací, jak to
jednotlivé současné soupravy umí stanovit:
britská varianta - VA
jihoafrická varianta - VJ
brazilská varianta - VB
česká varianta - VC
britská/jihoafrická varianta - VAJS
britská/jihoafrická/brazilská varianta - VAJBS
jihoafrická/brazilská varianta - VJBS
britská/brazilská varianta - VABS
britská/česká varianta - VACS
jihoafrická/česká varianta - VJCS
susp. britská varianta - VAS
susp. jihoafrická varianta - VJS
susp. brazilská varianta - VBS
susp. česká varianta - VCS
S přibývajícími
variantami mutací viru bude narůstat číselník.
U variant
„buď/nebo“ není uváděno slovo „suspektní“, jednalo by se o nadbytečnou
duplicitní informaci.