NČLP - mutace, delece a varianty SARS-CoV-2
A.
Pro průkaz mutací a delecí viru a určení varianty jsou k dispozici
položky:
50785 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50807 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50787 RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50791 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50793 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50811 RNA viru SARS-CoV-2 - K417T (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50813 RNA viru SARS-CoV-2 - L452R (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50795 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50815 RNA viru SARS-CoV-2 - N501T (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50797 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50799 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50801 RNA viru SARS-CoV-2 - T716I (RNA; přítomnost [-] PCR)
50809 RNA viru SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] PCR)
50789 RNA viru SARS-CoV-2 - Del69-70
(RNA; přítomnost [-] PCR)
Výsledkem je formalizovaná textová hodnota dle MTV = KVAL (tj. jako u
průkazu přítomnosti viru).
Čili k jednomu ID pacienta a k jednomu času události může být
sdělováno jedno či více těchto provedených vyšetření (sděluje se celá
realizovaná paleta) a k nim je připojena interpretace v položce:
50783 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
Tato položka může být výjimečně zasílána i samostatně, bez výčtu
zjištěných mutací nebo delecí, například společně s průkazem přítomnosti
viru (např. s položkou 19935).
Položka 50783 má matici MTV = GTYPCOMD s výčtem současných
sledovaných (emergentních) variant a jejich kombinací, jak to jednotlivé
současné různé soupravy umožňují stanovit.
Pro ilustraci je připojen jen stručný obsah číselníku, je uveden „název
do sestav“ - „KLÍČ“:
britská varianta - VA
jihoafrická varianta - VJ
brazilská Manaus varianta - VB
česká varianta - VC
britská/jihoafrická varianta - VAJS
britská/jihoafrická/brazilská Manaus varianta - VAJBS
jihoafrická/brazilská Manaus varianta - VJBS
britská/brazilská Manaus varianta - VABS
britská/česká varianta - VACS
jihoafrická/česká varianta - VJCS
susp. britská varianta - VAS
susp. jihoafrická varianta - VJS
susp. brazilská Manaus varianta - VBS
susp. česká varianta - VCS
jiná varianta - VVVVVV
Poznámky:
Rozlišují se dvě
varianty označované jako „brazilská. Varianta P.1 = 20J/501Y.V3 = „brazilská
Manuas“,
varianta B.1.1.28
= „brazilská“ (tato zatím není do MTV zařazena).
„Jiná varianta“
znamená, že v číselníku není dosud k dispozici, uvádí se do poznámky -
položka 50817.
S přibývajícími variantami sledovaných mutací viru bude číselník
doplňován.
U variant „buď/nebo“ není uváděno slovo „suspektní“, jednalo by se o
nadbytečnou duplicitní informaci.
Pro sdělování dalších informací a poznámek (volným textem),
v návaznosti na stávající položku 50783, je k dispozici položka:
50817 RNA viru
SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
Touto položkou se také sdělují „jiné varianty“, které nebyly dosud
definované v číselníku GTYPCOMD.
B.
Pro sdělování sekvenačně zjištěné varianty viru jsou k dispozici
položky:
50805 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (RNA; vlastnost/popis [-] SEQ)
50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta „pango“ (RNA, SEQVAR [-] SEQ)
Položka 50805 má matici MTV = GTYPCOV, která obsahuje:
1.
Klíč = D614G
Název = D614G
Synonyma = 19B; A.27+ A.28
Poznámka = D614G (do ledna 2021 byla v ČR majoritní varianta)
2.
Klíč = VOC2020
Název = VOC 202012/01 (britská varianta)
Synonyma = VOC 202012/01; VUI 202012/01; VOI 202012/01; 20I/501Y.V1;
B.1.1.7; Brigita
3.
Klíč = CLUST5
Název = Cluster 5
Synonyma = nejsou známa
Poznámka = Cluster 5 - mutace objevená u zvířat v Dánsku, již bez
praktického významu
4.
Klíč = 501Y.V2
Název = 20H/501Y.V2 (jihoafrická varianta)
Synonyma = 20H/501Y.V2; B.1.351; JAR
5.
Klíč = P.1
Název = 20J/501Y.V3 (brazilská varianta „Manaus“)
Synonyma = P.1; 20J/501Y.V3; B.1.1.248; Manaus
Poznámka = rozlišuje se P.1 („brazilská Manaus“) a B.1.1.28 („brazilská“)!
6.
Klíč = 20A
Název = B.1.258 (česká varianta)
Synonyma = 20A; B.1.258
Poznámka = dosud neoficiální, ale v praxi již takto vyšetřovaná
7.
Klíč = JINAVAR
Název = jiná varianta
Poznámka = pokud byla určena varianta, která není definována v číselníku,
sděluje se prostřednictvím položky 50803 kódem dle Pangolin lineage.
Poznámky:
V číselníku
jsou na nezbytně nutnou dobu ponechány i původní suspektní varianty, které byly
využívány v původní provizorně připravené položce 50781 - jsou označené jako
obsoletní (následně budou označeny jako neaktuální).
Číselník bude
nadále sloužit ke sdělování sledovaných (emergentních) variant zjištěných
sekvenací.
Položka 50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta „pango“ (RNA, SEQVAR [-]
SEQ) je uváděna vždy, když je v položce 50805
sdělována „jiná varianta“.
Položka 50803 může být připojována
k položce 50805 obecně, pak v 50805 bude sdělení realizováno
formalizovaným textem a v 50803 bude odpovídající zápis prostřednictvím
kódu Pangolin lineage (informace musí být významově totožné!).
Sdělování pouze prostřednictvím položky 50803
je nevhodné, neboť pro další automatické zpracovávání nejednoznačné
(nepoužitelné).
C.
Původní provizorní položka 50781 je nahrazena výše uvedenými položkami
novými.
50781 RNA viru SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] PCR)
Matice MTV=GTYPCOV, která byla založena k položce 50781, je
připojena k položce 50805.