NČLP - mutace, delece a varianty SARS-CoV-2
V následujícím seznamu uvádíme vždy jen položky s procedurou
PCR, nejsou uváděné pomocné položky s procedurou *, které slouží pouze
k realizaci vazeb na mezinárodní položky (kódy) NPU.
A.
Pro průkaz mutací a delecí viru a určení varianty jsou k dispozici
položky:
50785 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50807 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50787 RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50791 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA;
přítomnost [-] PCR)
51339 RNA
viru SARS-CoV-2 - E484Q (RNA; přítomnost [-] PCR)
50839 RNA viru SARS-CoV-2 - F888L (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50793 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50811 RNA viru SARS-CoV-2 - K417T (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50813 RNA viru SARS-CoV-2 - L452R (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50795 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50815 RNA viru SARS-CoV-2 - N501T (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50797 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50799 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50801 RNA viru SARS-CoV-2 - T716I (RNA; přítomnost [-] PCR)
50837 RNA viru
SARS-CoV-2 - V1176F (RNA; přítomnost [-] PCR)
50809 RNA viru SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] PCR)
50789 RNA viru SARS-CoV-2 - Del69-70
(RNA; přítomnost [-] PCR)
50907 RNA viru SARS-CoV-2 - Del141-143
(RNA; přítomnost [-] PCR)
Výsledkem je formalizovaná textová hodnota dle MTV = KVAL (tj. jako u
průkazu přítomnosti viru).
Čili k jednomu ID pacienta a k jednomu času události může být
sdělováno jedno či více těchto provedených vyšetření (sděluje se celá
realizovaná paleta) a k nim může být připojena interpretace
v položce:
50783 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
Tato položka byla vytvořena pro potřeby sdělování emergentních
sledovaných variant do registru ÚZIS,
který ale postupně přechází na sledování samotných průkazů mutací a
delecí - časem bude tato položka 50783 upozaděna a MTV GTYPCOMD již nebude doplňována
(březen 2021).
Položka 50783 má nyní matici MTV = GTYPCOMD s výčtem současných
sledovaných (emergentních) variant a jejich kombinací, jak to jednotlivé
současné různé soupravy umožňují stanovit.
Pro ilustraci je připojen jen stručný obsah číselníku, je uveden „název
do sestav“ - „KLÍČ“:
britská varianta - VA
jihoafrická varianta - VJ
brazilská Manaus varianta - VB
česká varianta - VC
britská/jihoafrická varianta - VAJS
britská/jihoafrická/brazilská Manaus varianta - VAJBS
jihoafrická/brazilská Manaus varianta - VJBS
britská/brazilská Manaus varianta - VABS
britská/česká varianta - VACS
jihoafrická/česká varianta - VJCS
susp. britská varianta - VAS
susp. jihoafrická varianta - VJS
susp. brazilská Manaus varianta - VBS
susp. česká varianta - VCS
jiná varianta - VVVVVV
Poznámky:
Rozlišují se dvě
varianty označované jako „brazilská. Varianta P.1 = 20J/501Y.V3 = „brazilská
Manuas“,
varianta B.1.1.28
= „brazilská“ (tato zatím není do MTV zařazena).
„Jiná varianta“
znamená, že v číselníku není k dispozici, uvádí se do poznámky - viz
položka 50817.
U variant „buď/nebo“ není uváděno slovo „suspektní“, jednalo by se o
nadbytečnou duplicitní informaci.
Pro sdělování dalších informací a poznámek (volným textem),
v návaznosti na stávající položku 50783,
je k dispozici položka:
50817 RNA viru
SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
Touto položkou se také sdělují „jiné varianty“, které nebyly definované
v číselníku GTYPCOMD.
Pokud je třeba sdělit (volným textem) vlastnosti zjištěné varianty nebo
zjištěných mutací / delecí, použije se položka:
50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnost - popis (RNA;
vlastnost/popis [-] PCR)
B.
Pro sdělování sekvenačně zjištěné varianty viru jsou k dispozici
položky:
50805 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (RNA; vlastnost/popis [-] SEQ)
50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta „pango“ (RNA, SEQVAR [-] SEQ)
Položka 50805 má matici MTV = GTYPCOV, která je průběžně doplňována.
Dále uvádíme, jak byla postupně rozšiřována.
a.
K 1. 3. 2021 obsahovala:
1.
Klíč = D614G
Název = D614G
Synonyma = 19B; A.27+ A.28
Poznámka = D614G (do ledna 2021 byla v ČR majoritní varianta)
2.
Klíč = VOC2020
Název = VOC 202012/01 (britská varianta)
Synonyma = VOC 202012/01; VUI 202012/01; VOI 202012/01; 20I/501Y.V1;
B.1.1.7; Brigita
Poznámka: VOI je označení
pro zkoumané varianty, VOC pro mutace vyvolávající obavy = vývoj, postupné
přeznačení…
3.
Klíč = CLUST5
Název = Cluster 5
Synonyma = nejsou známa
Poznámka = Cluster 5 - mutace objevená u zvířat v Dánsku, již bez
praktického významu
4.
Klíč = 501Y.V2
Název = 20H/501Y.V2 (jihoafrická varianta)
Synonyma = 20H/501Y.V2; B.1.351; JAR
5.
Klíč = P.1
Název = 20J/501Y.V3 (brazilská varianta „Manaus“)
Synonyma = P.1; 20J/501Y.V3; B.1.1.248; Manaus
Poznámka = rozlišuje se P.1 („brazilská Manaus“) a B.1.1.28
(„brazilská“)!
6.
Klíč = 20A
Název = B.1.258 (česká varianta)
Synonyma = 20A; B.1.258
Poznámka = dosud neoficiální, ale v praxi již takto vyšetřovaná
7.
Klíč = JINAVAR
Název = jiná varianta
Poznámka = pokud byla určena varianta, která není definována
v číselníku, sděluje se prostřednictvím položky 50803 kódem dle Pangolin
lineage.
Poznámky:
V číselníku
jsou na nezbytně nutnou dobu ponechány i původní suspektní varianty, které byly
využívány v původní provizorně připravené položce 50781 - jsou označené
jako obsoletní (následně budou označeny jako neaktuální).
Číselník bude
nadále sloužit ke sdělování sledovaných (emergentních) variant zjištěných
sekvenací.
b.
K 15. 3. 2021 byly
doplněny varianty a provedeny úpravy názvů:
Úpravy názvů u klíčů:
VOC2020, 501Y.V2, P.1, 20A,
Plné názvy nových položek:
A.27 (19B - D614)
A.28 (19B - D614)
B.1.1.28 (brazilská varianta)
P.2 (brazilská varianta)
Upozornění: rozlišuje se
P.1 ("brazilská Manaus") a P.2 (brazilská) a B.1.1.28
("brazilská")!
B.1.1.526 (Jižní Amerika)
B.1.429 (Kalifornie)
A.23.1 (Liverpool)
B.1.525 (UK/Nigerie)
B.1.207 (Nigerie)
Dosud neoficiální označení
(březen 2021).
B.1.1.318
Zatím bez dalšího označení
(březen 2021).
c.
K 1. 4. 2021 byly
doplněny varianty:
Plné názvy nových položek:
P.3 (Filipíny)
B.1.324.1 (UK Antigua)
d.
K 20. 4. 2021
byly doplněny varianty:
B.1.427
„Kalifornie“ (pozor, jsou dvě s pojmenováním „Kalifornie“)
B.1.617
„Indie“
B.1.1.318
doplněno pojmenování „Florida“
Upozornění:
Varianta P.3 byla původně založena jako B.3 - původní
klíč nyní ponechán, vše upraveno na P.3 (NRL uvádí chybně jako P3 bez tečky (!)
- duben 2021). Omyl při prvotním sdělení kódu.
Aktuální obsah číselníku MTV = GTYPCOV nejdete
v NČLP v soupisu matic MTV, v programu ČLP, SLP
a v exportovaných datech NČLP, viz též zde:
https://www.dastacr.cz/dasta/hypertext/_MTV2_GTYPCOV.htm
Položka 50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta „pango“ (RNA, SEQVAR [-]
SEQ) je uváděna vždy, když je v položce 50805
sdělována „jiná varianta“.
Položka 50803 může být připojována
k položce 50805 obecně, pak v 50805 bude sdělení realizováno
formalizovaným textem a v 50803 bude odpovídající zápis prostřednictvím
kódu Pangolin lineage (informace musí být významově totožné!).
Sdělování pouze prostřednictvím položky 50803
je nevhodné, neboť pro další automatické zpracovávání nejednoznačné
(nepoužitelné).
Pokud je třeba sdělit (volným textem) vlastnosti zjištěné varianty,
použije se položka:
50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnost - popis (RNA;
vlastnost/popis [-] PCR)
C.
Původní provizorní položka 50781 je nahrazena výše uvedenými položkami
novými.
Původní položky 50781 a pomocná 50780 jsou již označené jako
„neaktuální“, nepoužívat!
50781 RNA viru SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] PCR)
50780 RNA viru SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] *)
Matice MTV=GTYPCOV, která byla založena k položce 50781, je
připojena k položce 50805.
Poznámka:
Položka 50781 byla urgentně zavedena v lednu 2021, když bylo nutné
rychle a zjednodušeně zahájit sledování nových variant viru. Následně byly
doplněny další finální položky a tato původní zanikla.
(Položka 50780 byla doprovodná pomocná položka s procedurou * - ty
jsou vytvářené s ohledem na vazby na mezinárodní položky NPU.)
D.
Aktuální přehled variant mutací viru SARS-CoV-2:
Stav k 20. 4. 2021 - vše zapracováno do položek NČLP a
MTV = GTYPCOV.