Aktuální
přehled vyšetření SARS-CoV-2 v NČLP (k 12. 2. 2022):
V následujících
seznamech uvádíme položky pro vyšetření týkající se SAS-CoV-2 s konkrétní
procedurou. Neuvádíme položky s procedurou *, které slouží především
k realizaci vazeb na mezinárodní položky (např. NPU); v tuzemské
praxi používejte především položky s konkrétní procedurou.
Názvy položek
jsou uvedené tak, jak jsou nyní aktuálně v NČLP.
A1. „PCR vyšetření“ (detekce RNA)
50376 RNA viru SARS-CoV-2 (Likvor; přítomnost [-] PCR)
50699 RNA viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] LAMP)
50700 RNA viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] PCR)
50701 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost [-]
LAMP)
19935 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost [-]
PCR)
50702 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost [-]
PCRM)
19937 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z cest dýchacích; přítomnost [-] PCR)
50703 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z cest dýchacích; přítomnost [-] PCRM)
Položky pro průkaz přítomnosti pracují
s maticí MTV = KVAL - podrobněji v část „G“.
(Položky pro průkaz mutací / delecí a pro
sdělení varianty viru - viz popis níže v části „E“.)
A2. „PCRQ vyšetření“ (detekce RNA - kvantitativně)
50705 RNA viru SARS-CoV-2 (P; arb. látková konc. [kU/l] PCRQ)
Upozornění:
Pro mikrobiologická vyšetření ze systémů SPCORL
(Vzorek z oblasti „ORL“), SPCRESP (Vzorek z cest dýchacích) a CSF
(Likvor) se uvádí upřesnění systému - tzv. „specifikace“ (viz DASTA, datový
blok ku_z_lab, atributy: syst_sp_klic a syst_sp_text a případně subsp_text).
Pro SPCORL
(horní cesty dýchací) to jsou specifikace: LANTH, LASIN, PUMEAR, PUSIN, SWEAR,
SWGIN, SWLAR (výtěr z laryngu),
SWMEAR, SWMOU, SWNAS (výtěr
z nosu), SWNTH (výtěr
z nosohltanu), SWTHR (výtěr
z hrdla), SWTON (výtěr z tonsil),GARF (tekutina získaná
kloktáním hltanu a dutiny ústní).
Pro SPCRESP
(dolní cesty dýchací) jsou specifikace: ASBRO, ASTRA, BRBRC, ENDOTRAC, EXSOPNT (sputum vykašlané), EXINDUK (sputum indukované), LABRAL,
LABRALC, LABRO, LUNG(BI), PLF.
Pro CSF
(likvor) jsou specifikace: KOMORY, PATKANAL.
Pro SAL
(sliny) nejsou žádné další specifikace (systém je samostatný, není součástí
SPCORL).
Položky s procedurou * jsou pouze pro výjimečné situace, kdy nelze
proceduru zjistit, používejte výjimečně! Jsou připravené pro předávání
informací ze zahraničních informačních systémů.
Poznámky:
Pro vyšetření z běžných výtěrů pro vyšetření RNA
viru SARS-CoV-2 slouží položka 19935.
Pokud IS dosud neumí pracovat se specifikacemi mikrobiologických
systémů, lze ji při sdělování (zejména do ÚZIS) provizorně dočasně uvádět
volným textem do položky 20898 - viz níže v části „H“.
Procedura
LAMP je nově zavedena od prosincového upgrade 2020.
Procedura
PCRQ je nově zavedena od prosincového upgrade 2020 pro kvantitativní stanovení.
Procedura PCRM je zavedena jen výjimečně pro vyšetření
SARS-CoV-2 na základě požadavků ÚZIS.
Běžně se PCRM v NČLP nerozlišuje, pracuje se pouze
s PCR. Zavedeno pouze pro SARS-CoV-2.
B. „antigen“ (detekce antigenu)
50371 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-] IA)
19931 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-] Imunochromatografie)
50372 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-] IA)
19933 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-] Imunochromatografie)
50778 Antigen viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] IA)
50697 Antigen viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] Imunochromatografie)
50779 Antigen viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost
[-] IA)
50374 Antigen viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost
[-] Imunochromatografie)
51341 Antigen viru SARS-CoV-2 (Stolice; přítomnost [-] IA)
51342 Antigen viru SARS-CoV-2 (Stolice; přítomnost [-] Imunochromatografie)
51337 Antigen-N viru SARS-CoV-2 (S; hmot. konc. [ng/l] IA)
52622 Antigen-N
viru SARS-CoV-2 (P; hmot. konc. [ng/l] IA)
Položky pro průkaz přítomnosti pracují
s maticí MTV = KVAL - podrobněji v část „G“.
Při vydávání
výsledků těchto antigenních vyšetření je nutné v bloku ku_z_lab
vyplnit informace o setu použitém k vyšetření dle číselníku JRC (EU)! Při sdělování
ÚZIS nebo pro oficiální dokumenty a potvrzení o bezinfekčnosti (covid
negativita) je povinné.
Viz též: ku_z_lab - odkaz na JRC seznam firem a setů.
Upozornění:
Pro vyšetření ze systému SPCORL (Vzorek z oblasti „ORL“), se uvádí upřesnění systému -
tzv. „specifikace“ (viz DASTA, datový blok ku_z_lab,
atributy: syst_sp_klic a syst_sp_text a případně subsp_text).
Pro SPCORL
(horní cesty dýchací) to jsou specifikace: LANTH, LASIN, PUMEAR, PUSIN, SWEAR,
SWGIN, SWLAR (výtěr z laryngu),
SWMEAR, SWMOU, SWNAS (výtěr
z nosu), SWNTH (výtěr
z nosohltanu), SWTHR (výtěr
z hrdla), SWTON (výtěr z tonsil),GARF (tekutina získaná
kloktáním hltanu a dutiny ústní).
Pro SAL
(sliny) nejsou žádné další specifikace (systém je samostatný, není součástí
SPCORL).
Položky s procedurou * jsou pouze pro výjimečné situace, kdy nelze
proceduru zjistit, používejte výjimečně! Jsou připravené pro předávání
informací ze zahraničních informačních systémů.
Stanovení
procedurou IA (například CLIA, ELISA aj.), nebo ICHR (imunochromatografie -
rychlotest) jsou kvalitativně velmi odlišná, nutno rozlišovat!
Procedura ICHR
patří pod proceduru IA, ale v prvních měsících pandemie bylo vhodné její
odlišení. Následně bude tato položka označena jako obsoletní a bude používána
jen odpovídající položka s procedurou IA.
K proceduře
IA lze sdělovat upřesnění (specifikaci - např. CLIA, ELISA aj.), zasílá se
v datovém bloku DASTA ku_z_lab
v atributu spec_proc.
C. „protilátky proti SARS-CoV-2“
U položek s druhem veličiny ARBC
(arb. konc.) jsou sdělované textové výsledky dle matice MTV = KVAL.
U položek s druhem veličiny RODIP
(relativní optická denzita) jsou
vždy sdělované textové výsledky dle matice MTV = KVAL a současně mohou být
zasílané naměřené hodnoty jako tzv. „index pozitivity“.
U položek s druhem veličiny ARBSC
(arbitrární látková koncentrace) jsou sdělované numerické výsledky
v jednotkách kU/l (kIU/l) či kBAU/l vždy společně s referenčními
mezemi (škálami).
Původní sady položek (2020 -
2021):
51316 Anti-SARS-CoV-2 (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
51318 Anti-SARS-CoV-2 (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50356
Anti-SARS-CoV-2 IgA (B; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
50358
Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50581 Anti-SARS-CoV-2
IgA (P; rel. opt. denzita [-] IA)
50819
Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)
51790
Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kBAU/l] IA) ?
50359
Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
50361
Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50583
Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; rel. opt. denzita [-] IA)
50821
Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)
51792
Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kBAU/l] IA) ?
50362
Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
50378
Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50380
Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50364
Anti-SARS-CoV-2 IgG (B; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
19938
Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50585
Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; rel. opt. denzita [-] IA)
50823
Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)
51794
Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)
50365
Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
19939
Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50587
Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; rel. opt. denzita [-] IA)
50825
Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)
51796
Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)
50366
Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
51320
Anti-SARS-CoV-2 IgG+IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
51322
Anti-SARS-CoV-2 IgG+IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50368
Anti-SARS-CoV-2 IgM (B; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
19940
Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50589
Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; rel. opt. denzita [-] IA)
50827
Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)
51798
Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kBAU/l] IA) ?
50369
Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
19941
Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50591
Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; rel. opt. denzita [-] IA)
50829
Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)
51800 Anti-SARS-CoV-2
IgM (S; arb. látková konc. [kBAU/l] IA) ?
50370
Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
50381
Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (B; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
51333
Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50382
Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (P; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
51335
Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50383
Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (S; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie)
Poznámky k vyšetření protilátek k původním
položkám „Anti-SARS-CoV-2…“:
Položky pro
vyšetření protilátek jsou připravené obecně - jak pro průkaz přítomnosti, tak i
pro následné kvalitativní vyšetření. Jsou svázané s MTV = KVAL. Viz též
v části „G“.
Stanovení
procedurou IA (například CLIA, ECLIA, ELISA aj.), nebo ICHR
(imunochromatografie - rychlotest) jsou kvalitativně velmi odlišná, nutno
rozlišovat!
Procedura ICHR
patří pod proceduru IA, ale v prvních měsících pandemie bylo vhodné její
odlišení. Následně bude tato položka označena jako obsoletní a bude používána
jen odpovídající položka s procedurou IA.
K proceduře
IA lze sdělovat upřesnění (specifikaci - např. CLIA, ECLIA, ELISA aj.), zasílá
se v datovém bloku DASTA ku_z_lab
v atributu spec_proc.
Jednotky AU/ml
nejsou v NČLP zavedené, výsledky se sdělují pouze jako formalizované texty
prostřednictvím položek s druhem veličiny ARBC (arb. konc.) v
[arb.j.].
Nové sady položek (2022):
52631 Anti
n-SARS-CoV-2 (titr) (P; arb. konc. (titr) [arb.j.] Test virus-neutralizační)
52633 Anti
n-SARS-CoV-2 (titr) (S; arb. konc. (titr) [arb.j.] Test virus-neutralizační)
51324 Anti-N-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb.
konc. [arb.j.] IA)
51326 Anti-N-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb.
konc. [arb.j.] IA)
Oproti původním obecným položkám Anti-SARS-CoV-2 IgG je
zde zdůrazněno,
že se vyšetřuje S-antigen (ve vazbě na již existující
položky „Anti_N-antigen…“):
52731
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
52733
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
52735
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)
52737
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)
51328 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc.
[arb.j.] IA)
51330 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc.
[arb.j.] IA)
52739 Anti-S-antigen
SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)
52741
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)
52725
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)
52727
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)
52743
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
52745
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
52747
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)
52749
Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)
D. vyšetření specifických
T-lymfocytů (vyšetření „buněčné imunity“)
51610 Interferon gama
(SARS-CoV-2) (Lymfocyty T(B); arb. látková konc. [kU/l] IA)
E1. „mutace / delece viru
SARS-CoV-2“ - stanovení PCR
Mutace:
51577 RNA viru
SARS-CoV-2 - A222V (RNA; přítomnost [-] PCR)
50785 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA;
přítomnost [-] PCR)
52634 RNA viru
SARS-CoV-2 - A653V (RNA; přítomnost [-] PCR)
50807 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA;
přítomnost [-] PCR)
50787 RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA;
přítomnost [-] PCR)
52636 RNA viru
SARS-CoV-2 - E484A (RNA; přítomnost [-] PCR)
50791 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA;
přítomnost [-] PCR)
51339 RNA viru SARS-CoV-2 - E484Q (RNA;
přítomnost [-] PCR)
52638 RNA viru SARS-CoV-2
- E516Q (RNA; přítomnost [-] PCR)
52639 RNA viru
SARS-CoV-2 - F490R (RNA; přítomnost [-] PCR)
52640 RNA viru
SARS-CoV-2 - F490S (RNA; přítomnost [-] PCR)
50839 RNA viru
SARS-CoV-2 - F888L (RNA; přítomnost [-] PCR)
52641 RNA viru
SARS-CoV-2 - G699S (RNA; přítomnost [-] PCR)
51346 RNA viru
SARS-CoV-2 - H655Y (RNA; přítomnost [-] PCR)
50793 RNA viru
SARS-CoV-2 - K417N (RNA; přítomnost [-] PCR)
50811 RNA viru
SARS-CoV-2 - K417T (RNA; přítomnost [-] PCR)
52642 RNA viru
SARS-CoV-2 - L452Q (RNA; přítomnost [-] PCR)
50813 RNA viru
SARS-CoV-2 - L452R (RNA; přítomnost [-] PCR)
50795 RNA viru
SARS-CoV-2 - N439K (RNA; přítomnost [-] PCR)
52643 RNA viru
SARS-CoV-2 - N450K (RNA; přítomnost [-] PCR)
50815 RNA viru
SARS-CoV-2 - N501T (RNA; přítomnost [-] PCR)
50797 RNA viru
SARS-CoV-2 - N501Y (RNA; přítomnost [-] PCR)
52644 RNA viru
SARS-CoV-2 - N679K (RNA; přítomnost [-] PCR)
52645 RNA viru
SARS-CoV-2 - P384V (RNA; přítomnost [-] PCR)
50799 RNA viru
SARS-CoV-2 - P681H (RNA; přítomnost [-] PCR)
51348 RNA viru
SARS-CoV-2 - P681R (RNA; přítomnost [-] PCR)
52646 RNA viru
SARS-CoV-2 - Q414K (RNA; přítomnost [-] PCR)
52647 RNA viru
SARS-CoV-2 - Q613H (RNA; přítomnost [-] PCR)
51358 RNA viru
SARS-CoV-2 - Q677H (RNA; přítomnost [-] PCR)
52648 RNA viru
SARS-CoV-2 - R346K (RNA; přítomnost [-] PCR)
52653 RNA viru
SARS-CoV-2 - S373P (RNA; přítomnost [-] PCR)
52650 RNA viru
SARS-CoV-2 - S371L (RNA; přítomnost [-] PCR)
51356 RNA viru
SARS-CoV-2 - S477N (RNA; přítomnost [-] PCR)
52655 RNA viru SARS-CoV-2
- S494P (RNA; přítomnost [-] PCR)
51350 RNA viru
SARS-CoV-2 - T478K (RNA; přítomnost [-] PCR)
51352 RNA viru
SARS-CoV-2 - T478R (RNA; přítomnost [-] PCR)
52659 RNA viru
SARS-CoV-2 - T547K (RNA; přítomnost [-] PCR)
52656 RNA viru
SARS-CoV-2 - V367F (RNA; přítomnost [-] PCR)
52657 RNA viru
SARS-CoV-2 - V483A (RNA; přítomnost [-] PCR)
50837 RNA viru
SARS-CoV-2 - V1176F (RNA; přítomnost [-] PCR)
52662 RNA viru
SARS-CoV-2 - Y505H (RNA; přítomnost [-] PCR)
51354 RNA viru
SARS-CoV-2 - W152C (RNA; přítomnost [-] PCR)
Delece:
50907 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del141-143 (RNA; přítomnost [-] PCR)
50809 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] PCR)
51344 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del145-146 (RNA; přítomnost [-] PCR)
51580 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del157-158 (RNA; přítomnost [-] PCR)
50789 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] PCR)
Položky pro průkaz přítomnosti pracují
s maticí MTV = KVAL - podrobněji v část „G“.
Sdělení a interpretace:
Při sdělování mutací a delecí zjištěných PCR
stanovením je vždy nutné sdělovat celou paletu provedených vyšetření
přítomnosti/nepřítomnosti testovaných mutací a delecí (nikoli jen průkazů
přítomnosti!); pracuje se se sadou položek s procedurou PCR (nepoužívat
procedury SEQS, ani *).
Může být připojena interpretace i další poznámky
(vše jen volným textem) prostřednictvím položky:
50817 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-]
PCR)
Pokud bude sdělována varianta dle „Pango“, uvádí se jako „suspektní“
(„susp.“) a kód dle Pangolin lineage!
Pokud je požadováno sdělení vlastností zjištěné
suspektní varianty (volným textem), lze využít položku:
50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnosti - popis (RNA; vlastnost/popis [-]
PCR)
Dočasně
lze ještě použít již obsoletní položku pro formalizované sdělení varianty -
bylo zavedeno pro ÚZIS, nyní již upozaděno:
50783
RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (PCR) (RNA; vlastnost/popis [-] PCR);
k položce
byla k dispozici MTV = GTYPCOMD.
E2. „mutace / delece viru
SARS-CoV-2“ - stanovení SEQS (Sanger)
Mutace:
51578 RNA viru
SARS-CoV-2 - A222V (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51371 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51373 RNA viru SARS-CoV-2 - A653V (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51374 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
52637 RNA viru SARS-CoV-2
- E484A (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51379 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51380 RNA viru SARS-CoV-2 - E484Q (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51382 RNA viru SARS-CoV-2 - E516Q (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51384 RNA viru SARS-CoV-2 - F490S (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
52629 RNA viru SARS-CoV-2 - F490R (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51385 RNA viru SARS-CoV-2 - F888L (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51387 RNA viru SARS-CoV-2 - G699S (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51388 RNA viru SARS-CoV-2 - H655Y (RNA; přítomnost
[-] SEQS)
51389 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51390 RNA viru SARS-CoV-2 - K417T (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51392 RNA viru SARS-CoV-2 - L452Q (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51393 RNA viru SARS-CoV-2 - L452R (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51394 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51396 RNA viru SARS-CoV-2 - N450K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51397 RNA viru SARS-CoV-2 - N501T (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51398 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51400 RNA viru SARS-CoV-2 - N679K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51402 RNA viru SARS-CoV-2 - P384V (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51403 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51404 RNA viru SARS-CoV-2 - P681R (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51406 RNA viru SARS-CoV-2 - Q414K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51408 RNA viru SARS-CoV-2 - Q613H (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51409 RNA viru SARS-CoV-2 - Q677H (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51411 RNA viru SARS-CoV-2 - R346K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
52651 RNA viru
SARS-CoV-2 - S371L (RNA; přítomnost [-] SEQS)
52654 RNA viru
SARS-CoV-2 - S373P (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51412 RNA viru SARS-CoV-2 - S477N (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51414 RNA viru SARS-CoV-2 - S494P (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51415 RNA viru SARS-CoV-2 - T478K (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51416 RNA viru SARS-CoV-2 - T478R (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
52660 RNA viru
SARS-CoV-2 - T547K (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51370 RNA viru SARS-CoV-2 - V1176F (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51418 RNA viru SARS-CoV-2 - V367F (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
51420 RNA viru SARS-CoV-2 - V483A (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
52663 RNA viru
SARS-CoV-2 - Y505H (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51421 RNA viru SARS-CoV-2 - W152C (RNA;
přítomnost [-] SEQS)
Delece:
51375 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del141-143 (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51376 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51377 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del145-146 (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51581 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del157-158 (RNA; přítomnost [-] SEQS)
51378 RNA viru
SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] SEQS)
Položky pro průkaz přítomnosti pracují
s maticí MTV = KVAL - podrobněji v části „G“.
Sdělení a interpretace:
Při sdělování mutací a delecí zjištěných
parciální sekvenací (SEQS) se pracuje s paletou položek s procedurou
SEQS (nepoužívat položky s procedurou PCR, ani *).
Může být připojena interpretace (volný text)
prostřednictvím položky:
50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "Pango" (RNA; seq. var. [-]
SEQ)
případně i položkou:
51360 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "WHO/Nextstrain" (RNA; seq.
var. [-] SEQ)
Pokud bude sdělována varianta dle „Pango“, uvádí se jako „PROBABLE“
a kód dle Pangolin lineage!
Pokud je požadováno sdělení vlastností zjištěné varianty
(volný text), lze využít položku:
50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnosti - popis (RNA; vlastnost/popis [-]
PCR)
případně poznámkovou položku:
50817 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka
(RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
E3. „varianta viru SARS-CoV-2
určená sekvenačně“ - stanovení SEQ
Sděluje se (formalizovaně) zjištěná varianta
prostřednictvím položky:
50805 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (sekvenace) (RNA; vlastnost/popis [-]
SEQ)
Viz
matice MTV = GTYPCOV (k položce 50805),
v níž jsou definované aktuální sledované varianty.
Pokud
zjištěná varianta nebude dosud k dispozici v MTV = GTYPCOV, zadá se
do položky 50805 „JINAVAR“ (klíč) a konkrétní zjištěná varianta se sdělí
neformalizovaně položkou:
50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "Pango" (RNA; seq. var. [-]
SEQ)
případně (i) položkou:
51360 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "WHO/Nextstrain" (RNA; seq.
var. [-] SEQ)
Pokud
by bylo požadováno sdělení vlastností zjištěné varianty (volný text), lze
využít položku:
50910
RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnosti - popis (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
případně
poznámkovou položku:
50817
RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
Aktuální přehled variant mutací viru SARS-CoV-2:
Podrobný přehled variant významných pro sledování
v ČR ve vazbě na mutace a delece byl k dispozici v tabulce,
kterou vydala NRL SZÚ a která je vyvěšena na webu DASTACR v menu
SARS-CoV-2:
https://www.dastacr.cz/doc/SARS_PCR_matice.pdf
Zde jsou k dispozici další podrobnější
informace a dokumenty:
https://www.dastacr.cz/doc/SEKVENACE_A_PCR_podrobne.pdf
Tabulka byla v roce 2021 průběžně aktualizována, od
roku 2022 není doplňována.
Je provázána na položky NČLP a MTV=GTYPCOV (k položce
50805).
F: „Výpočty, skóre“
51361 COVID skóre (Pt; skóre [1] Výpočet)
Prognostické COVID skóre je vypočtené z parametrů
získávaných při měření KO s diferenciálním rozpočtem leukocytů a retikulocytů.
Význam stanovení tohoto prognostického skóre COVID-19 je možnost predikce
rizika závažného klinického průběhu onemocnění COVID-19 v rané fázi onemocnění,
tedy v době vyhledání lékařské péče.
Celý výpočet skóre a jeho interpretace jsou
vedeny v režimu RUO (Research Use Only) – VÝZKUMNÝ!!!
Linssen J., Ermens A., Berrevoets M et al.:
A novel haemocytometric COVID-19 prognostic score developer and
validated in an observational multicentre European Hospital-based study,
e-Life 2020; 9: e63195, published online 2020 Nov 26: PMC7732342
PMID: 3324199 https://elifesciences.org/articles/63195
G: „Matice MTV = KVAL“
U položek, kde
je výsledkem formalizovaný text z matice MTV=KVAL, se pracuje
s těmito klíči:
NEGAT
POZIT
HRANICNI
NEPROKAZ
PROKAZ
NELZE
NEPROVED
K uvedeným
klíčům jsou definované názvy i plné názvy - viz obsah MTV:
Vzhledem k tomu,
že některé LIS používají spíše NEPROKAZ/PROKAZ a jiné NEGAT/POZIT, jsou
přípustné obě možnosti, při zpracovávání dat je nutné ošetřit, že v tomto
případě odpovídá POZIT=PROKAZ a NEGAT=NEPROKAZ.
Klíče jsou
sdělované povinně, textové vyjádření pro nález bývá přebíráno z národní
nebo lokální části MTV.
V případě
průkazu mutací / delecí je nutné uvádět všechna vyšetření mutací / delecí
z příslušného pacientova vzorku, včetně těch, která patří do spektra, ale
nebyla provedena (NEPROVED).
H: „Informatické položky pro potřeby sdělování vyšetření
SARS-CoV-2“
Zavedeno v březnu 2020 pro dočasné používání po dobu
pandemie COVID-19, využívá ÚZIS.
20897 SARS-CoV-2 -
zpráva k vyšetření (Blok interpretační, sdělení; TYPE [-] Datový přenos)
Prostor pro vkládání dalších informací k vyšetřením
SARS-CoV-2 dle pokynů ÚZIS.
Připojuje se k hlášení ÚZIS aj.
Pomocná položka pro potřeby mimořádných epidemiologických
opatření. Její obsah si určuje ÚZIS.
20898 SARS-CoV-2 -
specifikace procedury (Blok interpretační, sdělení; TYPE [-] Datový přenos)
Prostor pro vkládání doplňujících informací k vyšetřením
SARS-CoV-2, které IS odesílatele dosud nesděluje formalizovaně. Patří sem
především podrobnější specifikace procedury (dle pokynů ÚZIS). Dočasně také
specifikace systému a subsystému případně odběru, pokud toto neumí IS
odesílatele sdělovat prostřednictvím DS 4.20.01 a výše.
Krátký text. Položka dočasného významu. Její obsah si
určuje ÚZIS.
Aktualizováno 10. 2. 2022