Mikrobiologická vyšetření v NČLP a DS

(původní dokument z roku 2002 aktualizovaný v roce 2015)

 

Laboratorní vyšetření používaná v mikrobiologii lze z pohledu NČLP rozdělit do 4 základních skupin (toto dělení však vychází z principu těchto vyšetření a je užitečné a životaschopné i mimo rámec NČLP):

 

1. Kultivační vyšetření

(ať už všeobecná, speciální nebo selektivní) hledají živého mikroba a jejich výsledek má (proti jiným typům vyšetření) složitou a specifickou strukturu (žádný, jeden či více mikrobů, jejich vlastnosti, jejich kvantita, citlivost na antimikrobní látky atd.). Tento typ výsledku je pro mikrobiologická kultivační vyšetření specifický a kultivační vyšetření neodpovídají přesně specifikaci IFCC.

Rozdíl mezi všeobecným a selektivním kultivačním vyšetřením spočívá v tom, že u selektivního vyšetření („na konkrétního mikroba“) je součástí výsledku (případně) i informace o nepřítomnosti hledaného mikroba (výsledkem speciální kultivace na M. tuberculosis může být jen „kvasinky“, ale výsledek musí obsahovat fakt, že M. tuberculosis nebylo prokázáno).

 

Příklady:

Systém:            punktát, moč, sekret z tonsil…

Komponenta:    agens (obecná, víceméně formální položka)

Druh veličiny:   popis

Jednotka:         není

Procedura:        kultivace bakteriologická

                        kultivace bakteriologická na mykobakteria

                        kultivace virologická…

 

Začlenění kultivačních vyšetření do NČLP byl největší problém, jejich struktura se vzpírala exaktnímu popisu (problém není uspokojivě vyřešen ani v obdobných zahraničních systémech) a dosažený stav je víceméně kompromisem mezi „šedou teorií“ a „zeleným stromem života“. Tyto položky jsou v NČLP označeny jako „ne-IFCC“, jsou trochu výjimečné, autoři se však domnívají, že toto řešení vyhovuje praktickým potřebám (přenos dat, vypracování SOP, vypracování laboratorní příručky).

Zároveň při práci vyšlo najevo, že mikrobiologická kultivační vyšetření a tzv. „přímé průkazy“ (viz dále) jsou metody, kde je více než v jiných laboratorních oborech kladen důraz na přesný popis a specifikaci systému („materiálu“). Do číselníku systému byla proto zavedena celá řada nových položek, které jiné laboratorní obory nepoužívají (stěr z tonsil…), zavedena specifikace systémů (tj. další dělení pro některé systémy) a přibyla možnost přidat k popisu systému i způsob jeho získání. Tyto změny byly pro strukturu NČLP dosti významné a bez nich by kultivační metody nebyly popsány vyhovujícím způsobem.

Rozšířen musel být pochopitelně i číselník procedur, ale zde změny z hlediska struktury NČLP nebyly podstatné a jednalo se o běžné doplnění nových procedur.

Z hlediska datového standardu jsou položky tohoto typu odlišné a zachází se s nimi jinak, než s „běžnými“ položkami NČLP (dále v bodě 3. a 4.).

 

2. Mikroskopie

popisuje morfologii mikroskopického preparátu (leukocyty, fagocytózu, G- diplokoky)

 

Příklady:

Systém:            punktát, moč, sekret z tonsil…

Komponenta:    agens (obecná, víceméně formální položka)

Druh veličiny:   popis

Jednotka:         není

Procedura:        mikroskopie optická, barvení dle Grama

                        mikroskopie fluorescenční na průkaz mykobakterií

 

Oddělení mikroskopických a kultivačních metod (což bude možná pro mikrobiologickou veřejnost trochu překvapivé) celou problematiku paradoxně zjednodušuje. Kultivační a mikroskopické metody se sice většinou provádějí paralelně (hlavně v bakteriologii, situace v para­zi­tologii je ale už poněkud odlišná), ale jinak se v řadě aspektů odlišují. Např. se zcela liší jejich SOP. Pro systémy a procedury platí totéž, co bylo řečeno v souvislosti s kultivačními metodami.

Z hlediska datového standardu jsou položky tohoto typu odlišné a zachází se s nimi jinak, než s „běžnými“ položkami NČLP – viz níže.

 

3. „Přímé průkazy“

jedná se o řadu metod, kterými prokazujeme různé součásti konkrétního mikroba. Patří sem zejména imunochemické metody prokazující antigeny a molekulárně-genetické metody prokazující nukleovou kyselinu. V principu se tento typ metod zásadně odlišuje od kultivačních vyšetření, metody jsou dobře popsatelné klasickým schématem Systém-komponenta-procedura, jejich výsledek má jednoduchou strukturu (přítomno-nepřítomno, případně množství). S kultivačními metodami však mají společný důraz na přesný popis a specifikaci systému („materiálu“).

 

Příklady:

Systém:            punktát, moč, sekret z tonsil…

Komponenta:    konkrétní antigen konkrétního mikroba, sekvence NK konkrétního mikroba

druh veličiny:    koncentrace (kvantitativní metody) příp. detekce (kvalitativní metody

jednotka:          µg/l, počet kopií NK/ml,  semikvantitativní vyjádření („křížky“)

Procedura:        mikroskopie fluorescenční, EIA, latexaglutinace, PCR, LCR…

                       

Tyto položky mají standardní strukturu a z hlediska datového standardu nepředstavují žádnou výjimku.

 

4. Sérologie

zjišťuje protilátky, čili reakci makroorganizmu na infekci. Jsou dobře popsatelné klasickým schématem Systém-komponenta-procedura, výsledek má jednoduchou strukturu (přítomno-nepřítomno, případně množství). Řada (snad dokonce většina) potřebných položek je již v NČLP vypracována.

 

Příklady:

Systém:            sérum, plazma (pro kompatibilitu s IFCC)

Komponenta:    protilátky proti konkrétnímu mikrobu

                        (možná specifikace antigenu a třídy protilátek)

druh veličiny:    koncentrace (kvantitativní metody) příp. detekce (kvalitativní metody)

jednotka:          titry, semikvantitativní vyjádření („křížky“)

Procedura:        mikroskopie fluorescenční, EIA, KFR, aglutinace…

 

Tyto položky mají standardní strukturu a z hlediska datového standardu nepředstavují žádnou výjimku.

 

 

Kultivační a mikroskopická vyšetření z hlediska datového standardu

 

Následující text se týká pouze kultivačních a mikroskopických vyšetření (body 1 a 2 v předchozím textu); tyto položky jsou typické tím, že jejich komponentou je „agens“.

Objednávání těchto vyšetření se děje standardně pomocí příslušných položek NČLP, jen zde opět připomínáme, že kultivační a mikroskopická vyšetření jsou oddělena a je nutno je objednávat zvlášť. Tyto položky NČLP slouží z hlediska DS pouze k objednávání a nelze je používat pro sdělování výsledků. K objednávaným položkám NČLP lze připojit ještě „specifikaci objednávky“, což je přídatná fakultativní informace o dalších požadavcích (typicky např. „Zhotovení autovakcíny“).

Export výsledků těchto vyšetření je řešen specifickým způsobem. Důvodem tohoto netypického řešení je snaha soustředit všechna kultivační a mikroskopická vyšetření do jednoho bloku, což umožňuje vytvoření logického celku a společnou interpretaci těchto vyšetření; bez významu není ani to, že tento způsob lépe odpovídá tradičnímu pohledu mikrobiologie.

Základem pro sdělování výsledků je formální informatická položka „Výsledek mikrobiologického kultivačního a mikroskopického vyšetření“, která je vytvořena pro každý systém („materiál“), který je označen jako používaný v mikrobiologii (ať již výhradně nebo sdílen s jinými obory). V této položce se sumarizují výsledky všech vyšetření, která mají stejný systém a komponentu (=AGENS). Sděluje se prostřednictvím bloku vrk datového standardu.

Výsledky mikroskopických vyšetření jsou v elementu vrmmn, který se může opakovat v případě, že bylo provedeno více mikroskopických vyšetření (např. běžná mikroskopie a mikroskopie na průkaz acidorezistetntních tyček).

Jednotlivé mikroby (obecně „agens“) izolované a identifikované ze vzorku jsou popsány v bloku vrkpa, který se pochopitelně může opakovat. V tomto bloku jsou obsaženy i výsledky citlivostí na jednotlivé antimikrobní látky.

Celý způsob sdělování výsledků mikrobiologických vyšetření bychom chtěli demonstrovat na následujících dvou příkladech. Jedná se jen o vlastní sdělení nálezu, údaje o identifikaci vzorku (jméno pacienta, čas odběru, čas sdělení) jsou záměrně opomenuty – jsou řešeny v obecných částech DS a jsou stejná pro vyšetření ve všech oborech. Při přepisu výsledků vyšetření není použit jazyk XML, ve kterém je DS implementován – pro laika je poněkud nepřehledný a pro odborníka je přepis do XML triviální záležitostí.

 

 

Příklad č. 1 – vyšetření stolice

 

Část výsledkového listu:

KULTIVACE A CÍLENÁ VYŠETŘENÍ:

 

Základní kultivační vyšetření:

 

1.      Escherichia coli

2.      Salmonella enteritidis

 

Kultivační průkaz kampylobakterů:        negativní

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Citlivost k antibiotikům:                             konečný výsledek

 

antibiotikum                      kmen 2

 

ampicilin                            C

chloramfenikol                  C

tetracyklin                          C

ko-trimoxazol                    C

ciprofloxacin                     X

 

Legenda:             C - citlivý, I - hraniční citlivost, R - rezistentní, X - výsledek k dispozici po konzultaci

 

Poznámka:         Terapeutická záměna antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky. Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace, u nichž laboratoř provádí stanovení MIC, uvádí laboratorní příručka.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Závěr (klinicko mikrobiologické hodnocení nálezu): Nález odpovídá infekčnímu průjmu salmonelové etiologie.

Doporučení: Při nekomplikovaném průběhu není vhodná léčba antibiotiky.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Hodnocení validity vzorku: Plná klinická i technická validita.

 

Konec části výsledkového listu.

 

Toto vyšetření bylo objednáno jako:

F_AGENS_CACABA (klíč NČLP:11892)

 

Bude sdělováno prostřednictvím položky:

F_AGENS_DTP (klíč NČLP: 20694)

 

Přepis výsledků do DS:

 

nazvy                                  viz popis DS

spec_kod                            F

spec_text                            prázdné

subspec_text                      prázdné

ziskmat_kod                      prázdné

ziskmat_text                      prázdné

lopok                                   prázdné

stav_mat                             prázdné

stav_zprac                          A

vrmmn                                 prázdné

vrkpa

               agens_kod                          CAMPJEJE

               agens_text                          Campylobacter jejuni subsp. jejuni

               dal_vys                               prázdné

               pritomnost                          N

               priznak                                prázdné

               kvantita                               prázdné

               druh_veliciny                    prázdné

               jednotka                              prázdné

               vrav                                     prázdné

               vrac                                     prázdné

               dourceni                             prázdné

               vrmahn                                prázdné

               vrmpln                                prázdné

               vzmzhl                                prázdné

vrkpa

               agens_kod                          ESCHCOLI

               agens_text                          Escherichia coli

               dal_vys                               prázdné

               pritomnost                          P

               priznak                                prázdné

               kvantita                               prázdné

               druh_veliciny                    prázdné

               jednotka                              prázdné

               vrav                                     prázdné

               vrac                                     prázdné

               dourceni                             prázdné

               vrmahn                                prázdné

               vrmpln                                prázdné

               vzmzhl                                prázdné

vrkpa

               agens_kod                          SALMENTE

               agens_text                          Salmonella enteritidis

               dal_vys                               prázdné

               pritomnost                          P

               priznak                                prázdné

               kvantita                               prázdné

               druh_veliciny                    prázdné

               jednotka                              prázdné

               vrav                                     prázdné

               vrac

                              latka_kod                           AMP

                              latka_text                           ampicilin

                              hod_citlivosti                    C

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           CMP

                              latka_text                           chloramfenikol

                              hod_citlivosti                    C

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           TET

                              latka_text                           tetracyklin

                              hod_citlivosti                    C

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           COT

                              latka_text                           kotrimoxazol

                              hod_citlivosti                    C

                              priznak                                prázdný

                              kvantita                               prázdný

               vrac

                              latka_kod                           CIP

                              latka_text                           ciprofloxacin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdný

                              kvantita                               prázdný

               dourceni                             prázdné

               vrmahn                                prázdné

               vrmpln                                prázdné

               vzmzhl                                prázdné

vrmahn                                prázdné

vrmlpn                                Terapeutická záměna antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky (intranet: http//:www.homolka.mbio.cz). Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace u nichž laboratoř provádí stanovení MIC uvádí laboratorní příručka

vrmzhl                                 Nález odpovídá infekčnímu průjmu salmonelové etiologie.

Doporučení: Při nekomplikovaném průběhu není vhodná léčba antibiotiky

 

 


 

Příklad č. 2 – vyšetření bronchoalveolární laváže

 

Část výsledkového listu:

MIKROSKOPIE

 

Mikroskopické vyšetření - barvení podle Grama

 

dlaždicové epitelie:                         nenalezeno

cylindrické epitelie:                         +

hlenová vlákna:                                +

polymorfonukleální leukocyty:     ++

grampozitivní koky ve shlucích    ++

gramnegativní tyčinky                     ojediněle

 

Hodnocení: Purulentní obraz s převládajícím podílem grampozitivních koků ve shlucích.

 

Mikroskopické hodnocení podílu infikovaných leukocytů - barvení podle Giemsy

 

Podíl infikovaných leukocytů:                                    6/100

Morfologie fagocytovaných mikroorganismů:          grampozitivní koky ve shlucích

 

Hodnocení: Nález je charakteristický pro bakteriální infekci dolních cest dýchacích, mikrobiální morfotyp odpovídá stafylokokové etiologii

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

KULTIVACE A CÍLENÁ VYŠETŘENÍ:

 

Základní kvantitativní kultivační vyšetření

 

3.      Staphylococcus aureus                                          106

4.      Pseudomonas aeruginosa                                      102

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Citlivost k antibiotikům:                             konečný výsledek

 

antibiotikum                      kmen 1  kmen 2 

 

oxacilin                               C

piperacilin                                         X

ceftazidim                                         X

imipenem                                           X

gentamicin                          C            X

netilmicin                                          X

tobramycin                                        X

amikacin                                            X

ciprofloxacin                     X            X

erytromycin                       X

klindamycin                       C

vankomycin                       X

chloramfenikol                  X

tetracyklin                          X

kotrimoxazol                     X

rifampicin                           X

kolistin                                               X

 

Legenda:             C - citlivý, I - hraniční citlivost, R - rezistentní, X - výsledek k dispozici po konzultaci

 

Poznámka:         Terapeutická záměna antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky. Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace, u nichž laboratoř provádí stanovení MIC, uvádí laboratorní příručka.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Závěr (klinicko mikrobiologické hodnocení nálezu): Nález je suspektní pro infekci dolních cest dýchacích vyvolanou Staphylococcus aureus, kmenem citlivým k oxacilinu.

Doporučení: Zhodnocení klinického významu nálezu a konzultace léčebného postupu.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Hodnocení validity vzorku: Plná klinická i technická validita.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Konec části výsledkového listu.

 

Toto vyšetření bylo objednáno jako:

LABRAL_AGENS_CAGEN

LABRAL_AGENS_MAGEN

 

Bude sdělováno prostřednictvím položky:

LABRAL_AGENS_DTP

 

Přepis výsledků do DS:

 

nazvy                                  viz popis DS

spec_kod                            LABRAL

spec_text                            prázdné

subspec_text                      pravá plíce

ziskmat_kod                      prázdné

ziskmat_text                      prázdné

lopok                                   prázdné

stav_mat                             prázdné

stav_zprac                          A

vrmmn                                 Mikroskopické vyšetření - barvení podle Grama

 

dlaždicové epitelie:                          nenalezeno

cylindrické epitelie:                                        +

hlenová vlákna:                                               +

polymorfonukleální leukocyty:                    ++

grampozitivní koky ve shlucích     ++

gramnegativní tyčinky                                    ojediněle

 

Hodnocení: Purulentní obraz s převládajícím podílem grampozitivních koků ve shlucích.

vrmmn                                Mikroskopické hodnocení podílu infikovaných leukocytů - barvení podle Giemsy

 

Podíl infikovaných leukocytů:                                     6/100

Morfologie fagocytovaných mikroorganismů:          grampozitivní koky ve shlucích

 

Hodnocení: Nález je charakteristický pro bakteriální infekci dolních cest dýchacích, mikrobiální morfotyp odpovídá stafylokokové etiologii

vrkpa

               agens_kod                          STAPAUAU

               agens_text                          Staphylococcus aureus subsp. aureus

               dal_vys                               prázdné

               pritomnost                          P

               priznak                                prázdné

               kvantita                               1000000

               druh_veliciny                    prázdné

               jednotka                              prázdné

               vrav                                     prázdné

               vrac

                              latka_kod                           OXA

                              latka_text                           oxacilin

                              hod_citlivosti                    C

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           GEM

                              latka_text                           gentamicin

                              hod_citlivosti                    C

                              priznak                                prázdné               

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           CIP

                              latka_text                           ciprofloxacin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           ERY

                              latka_text                           erytromycin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           CLI

                              latka_text                           klindamycin

                              hod_citlivosti                    C

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           VAN

                              latka_text                           vankomycin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           CMP

                              latka_text                           chloramfenikol

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           TET

                              latka_text                           tetracyklin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           COT

                              latka_text                           kotrimoxazol

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           RIF

                              latka_text                           rifampicin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               dourceni                             prázdné

               vrmahn                                prázdné

               vrmpln                                prázdné

               vzmzhl                                prázdné

vrkpa

               agens_kod                          PSEUAERU

               agens_text                          Pseudomonas aeruginosa

               dal_vys                               prázdné

               pritomnost                          P

               priznak                                prázdné

               kvantita                               100

               druh_veliciny                    prázdné

               jednotka                              prázdné

               vrav                                     prázdné

               vrac

                              latka_kod                           PIP

                              latka_text                           piperacilin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           CTZ

                              latka_text                           ceftazidim

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           IMI

                              latka_text                           imipenem

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdné

                              kvantita                               prázdné

               vrac

                              latka_kod                           GEN

                              latka_text                           gentamicin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdný

                              kvantita                               prázdný

               vrac

                              latka_kod                           NET

                              latka_text                           netilmicin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdný

                              kvantita                               prázdný

               vrac

                              latka_kod                           TOB

                              latka_text                           tobramycin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdný

                              kvantita                               prázdný

               vrac

                              latka_kod                           AMI

                              latka_text                           amikacin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdný

                              kvantita                               prázdný

               vrac

                              latka_kod                           CIP

                              latka_text                           ciprofloxacin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdný

                              kvantita                               prázdný

               vrac

                              latka_kod                           COL

                              latka_text                           kolistin

                              hod_citlivosti                    L

                              priznak                                prázdný

                              kvantita                               prázdný

               dourceni                             prázdné

               vrmahn                                prázdné

               vrmpln                                prázdné

               vzmzhl                                prázdné

vrmahn                                prázdné

vrmlpn                         Terapeutická záměna antibiotik podle výsledku testu citlivosti je součástí laboratorní příručky (intranet: http//:www.homolka.mbio.cz). Hodnota MIC je k dispozici v laboratoři na vyžádání. Indikace, u nichž laboratoř provádí stanovení MIC, uvádí laboratorní příručka

vrmzhl                                Nález je suspektní pro infekci dolních cest dýchacích vyvolanou Staphylococcus aureus, kmenem citlivým k oxacilinu.

Doporučení: Zhodnocení klinického významu nálezu a konzultace léčebného postupu.

 

.