Přehled
současných vyšetření SARS-CoV-2 v NČLP (k 25. 1.
2021):
Žlutě podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 1. 12. 2020
(prosincový upgrade NČLP).
Zeleně podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 17. 12. 2020
(prosincový upgrade NČLP).
Azurově podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 25. 1. 2021
(mimořádný upgrade NČLP).
Purpurově podbarvené klíče položek jsou novinky zavedené k 17. 2. 2021
(mimořádný upgrade NČLP).
A1a.
„PCR vyšetření“ (detekce RNA)
19934 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost
[-] *)
19935 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost
[-] PCR)
50701 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-] LAMP)
50702 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-] PCRM)
19936 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCRESP; přítomnost
[-] *)
19937 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCRESP; přítomnost
[-] PCR)
50703 RNA viru SARS-CoV-2 (SPCRESP; přítomnost [-] PCRM)
50375 RNA viru SARS-CoV-2 (CSF; přítomnost [-]
*)
50376 RNA viru SARS-CoV-2 (CSF; přítomnost [-]
PCR)
50698 RNA viru SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-] *)
50700 RNA viru SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-] PCR)
50699 RNA viru SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-] LAMP)
A1b.
„PCR vyšetření - genotyp a varianta“ (varianty / mutace viru)
50780
RNA viru SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] *)
50781
RNA viru SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] PCR)
Mutace a delece:
50784 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA; přítomnost [-] *)
50785 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA; přítomnost [-] PCR)
50786 RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA; přítomnost [-] *)
50787 RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA; přítomnost [-] PCR)
50788 RNA viru SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] *)
50789 RNA viru SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] PCR)
50790 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA; přítomnost [-] *)
50791 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA; přítomnost [-] PCR)
50792 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA; přítomnost [-] *)
50793 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA; přítomnost [-] PCR)
50794 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA; přítomnost [-] *)
50795 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA; přítomnost [-] PCR)
50796 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA; přítomnost [-] *)
50797 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA; přítomnost [-] PCR)
50798 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA; přítomnost [-] *)
50799 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA; přítomnost [-] PCR)
50800 RNA viru SARS-CoV-2 - T716I (RNA; přítomnost [-] *)
50801 RNA viru SARS-CoV-2 - T716I (RNA; přítomnost [-] PCR)
Interpretace
vyšetření mutací a delecí:
50782 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (RNA; vlastnost/popis [-] *)
50783 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)
Současně
byla doplněna a aktualizována matice MTV = GTYPCOV (k položce 50781) a vytvořena nová MTV = GTYPCOMD (k položce
50783).
A2.
„PCRQ vyšetření“ (detekce RNA - kvantitativně)
50704 RNA viru
SARS-CoV-2 (P; arb. látková konc. [kU/l] *)
50705 RNA viru SARS-CoV-2
(P; arb. látková konc. [kU/l] PCRQ)
Upozornění:
Pro mikrobiologická vyšetření ze systémů SPCORL,
SPCRESP a CSF se uvádí upřesnění systému - tzv. „specifikace“ (viz DASTA,
datový blok ku_z_lab, atributy: syst_sp_klic a syst_sp_text a případně subsp_text).
Pro SPCORL
(horní cesty dýchací) to jsou specifikace: LANTH, LASIN, PUMEAR, PUSIN, SWEAR,
SWGIN, SWLAR (výtěr z laryngu),
SWMEAR, SWMOU, SWNAS (výtěr
z nosu), SWNTH (výtěr
z nosohltanu), SWTHR (výtěr
z hrdla), SWTON (výtěr z tonsil), GARF (tekutina
získaná kloktáním hltanu a dutiny ústní).
Pro SPCRESP
(dolní cesty dýchací) jsou secifikace: ASBRO, ASTRA, BRBRC, ENDOTRAC, EXSOPNT (sputum vykašlané), EXINDUK (sputum indukované), LABRAL,
LABRALC, LABRO, LUNG(BI), PLF.
Pro CSF
(likvor) jsou specifikace: KOMORY, PATKANAL.
Pro SAL (sliny) nejsou
žádné další specifikace (systém je samostatný, není součástí SPCORL).
Položky s procedurou * jsou pouze pro
výjimečné situace, kdy nelze proceduru zjistit, používejte výjimečně!
Poznámky:
Pro vyšetření z běžných výtěrů pro vyšetření RNA
viru SARS-CoV-2 slouží položka 19935.
Pokud IS dosud neumí pracovat se specifikacemi
mikrobiologických systémů, lze ji při sdělování (zejména do ÚZIS) provizorně
dočasně uvádět volným textem do položky 20898.
Procedura LAMP je
nově zavedena od prosincového upgrade 2020.
Procedura PCRQ
je nově zavedena od prosincového upgrade 2020 pro kvantitativní stanovení.
Procedura PCRM je zavedena jen
výjimečně pro vyšetření SARS-CoV-2 na základě požadavků ÚZIS.
Běžně se PCRM
nerozlišuje, pracuje se pouze s PCR.
Podrobnější specifikaci
procedury lze vkládat do položky 20898 - viz popis níže v části „D“.
B.
„antigen“ (detekce antigenu)
19930 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost
[-]*)
50371 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-]IA)
19931 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-]ICHR)
19932 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-]*)
50372 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-]IA)
19933 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-]ICHR)
50373 Antigen viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-]*)
50779
Antigen viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-]IA)
50374 Antigen viru SARS-CoV-2 (SPCORL; přítomnost [-]ICHR) - rychlotest z výtěru z oblasti
„ORL“
50696 Antigen viru
SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-]*)
50778
Antigen viru SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-] IA)
50697 Antigen viru
SARS-CoV-2 (SAL; přítomnost [-]ICHR) -
rychlotest ze slin
Upozornění:
Pro mikrobiologická vyšetření ze systému SPCORL
se uvádí upřesnění systému - tzv. „specifikace“ (viz DASTA, datový blok ku_z_lab, atributy: syst_sp_klic a syst_sp_text
a případně subsp_text).
Pro SPCORL
(horní cesty dýchací) to jsou specifikace: LANTH, LASIN, PUMEAR, PUSIN, SWEAR,
SWGIN, SWLAR (výtěr z laryngu), SWMEAR, SWMOU, SWNAS (výtěr z nosu),
SWNTH (výtěr z nosohltanu), SWTHR (výtěr z hrdla), SWTON (výtěr
z tonsil), GARF (tekutina získaná kloktáním
hltanu a dutiny ústní).
Systém SAL (sliny) je k dispozici samostatně, není součástí SPCORL.
Stanovení procedurou IA (například CLIA, ELISA aj.), nebo ICHR
(rychlotest) jsou kvalitativně velmi odlišná, nutno rozlišovat! Stanovení
s procedurou * je předpřipraveno především pro případ nových jiných
vyšetření, která se objeví v mezidobí mezi upgrade NČLP. Položky s
procedurou * používejte jen výjimečně!
K proceduře IA
lze sdělovat upřesnění (specifikaci - např. CLIA, ELISA aj.), zasílá se v datovém bloku
DASTA ku_z_lab v atributu spec_proc.
C. „protilátky proti
SARS-CoV-2“
U položek s druhem veličiny ARBC
(arb. konc.) jsou sdělované textové výsledky dle matice MTV = KVAL.
U položek s druhem veličiny RODIP
(relativní optická denzita) jsou
vždy sdělované textové výsledky dle matice MTV = KVAL a současně mohou být
zasílané naměřené hodnoty jako tzv. „index pozitivity“.
U položek s druhem veličiny ARBSC
(arbitrární látková koncentrace) jsou sdělované numerické výsledky
v jednotkách kU/l (kIU/l) společně s referenčními mezemi (škálami). Pro SARS-CoV-2 dosud nejsou.
IgM:
50367 Anti-SARS-CoV-2 IgM (B; arb. konc. [arb.j.] *)
50368 Anti-SARS-CoV-2 IgM (B; arb. konc. [arb.j.] ICHR) - „rapid test“
19924 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] *)
19940 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50369 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] ICHR)
19925 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] *)
19941 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50370 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] ICHR)
50588
Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; rel. opt. denzita [-] *)
50589
Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; rel. opt. denzita [-] IA)
50590
Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; rel. opt. denzita [-] *)
50591
Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; rel. opt. denzita [-] IA)
IgG:
50363 Anti-SARS-CoV-2 IgG (B; arb. konc. [arb.j.] *)
50364 Anti-SARS-CoV-2 IgG (B; arb. konc. [arb.j.] ICHR) - „rapid test“
19922 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] *)
19938 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50365 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] ICHR)
19923 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] *)
19939 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50366 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] ICHR)
50584
Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; rel. opt. denzita [-] *)
50585
Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; rel. opt. denzita [-] IA)
50586
Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; rel. opt. denzita [-] *)
50587
Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; rel. opt. denzita [-] IA)
IgA:
50355 Anti-SARS-CoV-2 IgA (B; arb. konc. [arb.j.] *)
50356 Anti-SARS-CoV-2 IgA (B; arb. konc. [arb.j.] ICHR)
50357 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] *)
50358 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50359 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] ICHR)
50360 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] *)
50361 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
50362 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] ICHR)
50580 Anti-SARS-CoV-2
IgA (P; rel. opt. denzita [-] *)
50581
Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; rel. opt. denzita [-] IA)
50582
Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; rel. opt. denzita [-] *)
50583
Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; rel. opt. denzita [-] IA)
IgA+IgM:
50377 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (P; arb. konc. [arb.j.] *)
50378 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)
50379 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (S; arb. konc. [arb.j.] *)
50380 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)
Je-li výsledek
pozitivní, znamená to, že pozitivní je IgA, nebo IgM, nebo IgA i IgM.
IgM+IgG (rychlotest - IgM nebo IgG):
50381 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (B; arb. konc. [arb.j.] ICHR)
50382 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (P; arb. konc. [arb.j.] ICHR)
50383 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (S; arb. konc. [arb.j.] ICHR)
Položky pro
proceduru * nejsou u IgM+IgG záměrně založené.
Je-li výsledek
pozitivní, znamená to, že pozitivní je IgM, nebo IgG, nebo IgM i IgG.
Poznámky k vyšetření protilátek:
Položky pro
vyšetření protilátek jsou připravené obecně - jak pro průkaz přítomnosti, tak i
pro následné kvalitativní vyšetření. Jsou svázané s MTV = KVAL.
Stanovení
procedurou IA (například CLIA, ELISA aj.), nebo ICHR (rychlotest) jsou
kvalitativně velmi odlišná, nutno rozlišovat! Stanovení s procedurou * je
předpřipraveno především pro případ nových jiných vyšetření, která se objeví
v období mezi upgrade NČLP. Položky s procedurou * používejte jen
výjimečně!
K proceduře IA lze sdělovat upřesnění
(specifikaci - např. CLIA,
ELISA aj.), zasílá se v datovém bloku DASTA ku_z_lab v atributu spec_proc.
Jakmile budou
k dispozici testy kvantitativní, budou založeny nové sady položek
s druhem veličiny ARBSC.
Jednotky AU/ml
nejsou v NČLP zavedené, výsledky se sdělují pouze jako formalizované texty
prostřednictvím položek s druhem veličiny ARBC (arb. konc.) v
[arb.j.].
D: „Informatické položky
pro potřeby sdělování vyšetření SARS-CoV-2“
Zavedeno
v březnu 2020 pro dočasné používání po dobu pandemie COVID-19.
20897 SARS-CoV-2 - zpráva k vyšetření (Blok
interpretační, sdělení; TYPE [-] Datový přenos)
Prostor pro vkládání dalších informací k vyšetřením
SARS-CoV-2 dle pokynů ÚZIS.
Připojuje se k hlášení ÚZIS aj.
Pomocná položka pro potřeby mimořádných epidemiologických
opatření.
20898 SARS-CoV-2 - specifikace procedury (Blok
interpretační, sdělení; TYPE [-] Datový přenos)
Prostor pro vkládání doplňujících informací k vyšetřením
SARS-CoV-2, které IS odesílatele nesděluje formalizovaně.
Patří sem především podrobnější specifikace procedury
(dle pokynů ÚZIS). Dočasně také specifikace systému a subsystému případně
odběru, pokud toto neumí IS odesílatele sdělovat prostřednictvím DS 4.20.01 a
výše.
Krátký text. Položka dočasného významu.
Například:
RT-PCR pro jeden
gen
pankoronavirová
RT-PCR
a další dle pokynů
ÚZIS
Aktualizováno 24.1.2021