Aktuální přehled vyšetření SARS-CoV-2 v NČLP (k 1. 4. 2022):

 

V následujících seznamech uvádíme položky pro vyšetření týkající se SAS-CoV-2 s konkrétní procedurou. Neuvádíme položky s procedurou *, které slouží především k realizaci vazeb na mezinárodní položky (např. NPU); v tuzemské praxi používejte především položky s konkrétní procedurou.

Názvy položek jsou uvedené tak, jak jsou nyní aktuálně v NČLP.

 

 

A1. „PCR vyšetření“ (detekce RNA)

 

50376 RNA viru SARS-CoV-2 (Likvor; přítomnost [-] PCR)

 

50699 RNA viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] LAMP)

50700 RNA viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] PCR)

 

50701 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost [-] LAMP)

19935 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost [-] PCR)

50702 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost [-] PCRM)

 

19937 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z cest dýchacích; přítomnost [-] PCR)

50703 RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z cest dýchacích; přítomnost [-] PCRM)

 

Položky pro průkaz přítomnosti pracují s maticí MTV = KVAL - podrobněji v části „G“.

 

(Položky pro průkaz mutací / delecí a pro sdělení varianty viru - viz popis níže v části „E“.)

 

 

A2. „PCRQ vyšetření“ (detekce RNA - kvantitativně)

 

50705 RNA viru SARS-CoV-2 (P; arb. látková konc. [kU/l] PCRQ)

52916 RNA viru SARS-CoV-2 (S; arb. látková konc. [kU/l] PCRQ)

 

Upozornění:

Pro mikrobiologická vyšetření ze systémů SPCORL (Vzorek z oblasti „ORL“), SPCRESP (Vzorek z cest dýchacích) a CSF (Likvor) se uvádí upřesnění systému - tzv. „specifikace“ (viz DASTA, datový blok ku_z_lab, atributy: syst_sp_klic a syst_sp_text a případně subsp_text).

 

Pro SPCORL (horní cesty dýchací) to jsou specifikace: LANTH, LASIN, PUMEAR, PUSIN, SWEAR, SWGIN, SWLAR (výtěr z laryngu), SWMEAR, SWMOU, SWNAS (výtěr z nosu), SWNTH (výtěr z nosohltanu), SWTHR (výtěr z hrdla), SWTON (výtěr z tonsil),GARF (tekutina získaná kloktáním hltanu a dutiny ústní).

 

Pro SPCRESP (dolní cesty dýchací) jsou specifikace: ASBRO, ASTRA, BRBRC, ENDOTRAC, EXSOPNT (sputum vykašlané), EXINDUK (sputum indukované), LABRAL, LABRALC, LABRO, LUNG(BI), PLF.

 

Pro CSF (likvor) jsou specifikace: KOMORY, PATKANAL.

 

Pro SAL (sliny) nejsou žádné další specifikace (systém je samostatný, není součástí SPCORL).

 

Položky s procedurou * jsou pouze pro výjimečné situace, kdy nelze proceduru zjistit, používejte výjimečně! Jsou připravené pro předávání informací ze zahraničních informačních systémů.

 

Poznámky:

Pro vyšetření z běžných výtěrů pro vyšetření RNA viru SARS-CoV-2 slouží položka 19935.  

Pokud IS dosud neumí pracovat se specifikacemi mikrobiologických systémů, lze ji při sdělování (zejména do ÚZIS) provizorně dočasně uvádět volným textem do položky 20898 - viz níže v části „H“.

 

Procedura LAMP je nově a dočasně zavedena od prosincového upgrade 2020, následovně bude zařazena pod proceduru INAA.

Procedura PCRQ je nově a dočasně zavedena od prosincového upgrade 2020 pro kvantitativní stanovení.

Procedura PCRM je zavedena jen výjimečně pro vyšetření SARS-CoV-2 na základě požadavků ÚZIS.

Běžně se PCRM v NČLP nerozlišuje, pracuje se pouze s PCR. Zavedeno dočasně pouze pro SARS-CoV-2.

 

B. „antigen“ (detekce antigenu)

 

50371 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-] IA)

19931 Antigen viru SARS-CoV-2 (P; přítomnost [-] Imunochromatografie) *

 

50372 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-] IA)

19933 Antigen viru SARS-CoV-2 (S; přítomnost [-] Imunochromatografie) *

 

50778 Antigen viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] IA)

50697 Antigen viru SARS-CoV-2 (Sliny; přítomnost [-] Imunochromatografie)

 

50779 Antigen viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost [-] IA)

50374 Antigen viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL"; přítomnost [-] Imunochromatografie) *

 

51341 Antigen viru SARS-CoV-2 (Stolice; přítomnost [-] IA)

51342 Antigen viru SARS-CoV-2 (Stolice; přítomnost [-] Imunochromatografie) *

 

51337 Antigen-N viru SARS-CoV-2 (S; hmot. konc. [ng/l] IA)

52622 Antigen-N viru SARS-CoV-2 (P; hmot. konc. [ng/l] IA)

 

Položky označené * jsou nyní již označené jako obsoletní, ale nebyly zrušeny, neboť je ještě takto rozlišuje ÚZIS. Následně budou ponechány jen položky s procedurou IA, pod níž tyto správně patří.

 

Položky pro průkaz přítomnosti pracují s maticí MTV = KVAL - podrobněji v část „G“.

 

Při vydávání výsledků těchto antigenních vyšetření je nutné v bloku ku_z_lab vyplnit informace o setu použitém k vyšetření dle číselníku JRC (EU)! Při sdělování ÚZIS nebo pro oficiální dokumenty a potvrzení o bezinfekčnosti (covid negativita) je povinné.

Viz též: ku_z_lab - odkaz na JRC seznam firem a setů.

 

Upozornění:

Pro vyšetření ze systému SPCORL (Vzorek z oblasti „ORL“), se uvádí upřesnění systému - tzv. „specifikace“ (viz DASTA, datový blok ku_z_lab, atributy: syst_sp_klic a syst_sp_text a případně subsp_text).

 

Pro SPCORL (horní cesty dýchací) to jsou specifikace: LANTH, LASIN, PUMEAR, PUSIN, SWEAR, SWGIN, SWLAR (výtěr z laryngu), SWMEAR, SWMOU, SWNAS (výtěr z nosu), SWNTH (výtěr z nosohltanu), SWTHR (výtěr z hrdla), SWTON (výtěr z tonsil),GARF (tekutina získaná kloktáním hltanu a dutiny ústní).

 

Pro SAL (sliny) nejsou žádné další specifikace (systém je samostatný, není součástí SPCORL).

 

Položky s procedurou * jsou pouze pro výjimečné situace, kdy nelze proceduru zjistit, používejte výjimečně! Jsou připravené pro předávání informací ze zahraničních informačních systémů.

 

Stanovení procedurou IA (například CLIA, ELISA aj.), nebo ICHR (imunochromatografie - rychlotest) jsou kvalitativně velmi odlišná, nutno rozlišovat!

Procedura ICHR patří pod proceduru IA, ale v prvních měsících pandemie bylo vhodné její odlišení. Nyní jsou již tyto položky označeny jako obsoletní a budou používány především odpovídající položky s procedurou IA. Po ukončení pandemie budou zcela zrušeny.

 

K proceduře IA se sděluje upřesnění - specifikace (např. CLIA, ECLIA, ELISA aj.), zasílá se v datovém bloku DASTA ku_z_lab v atributu spec_proc!

 

 

C. „protilátky proti SARS-CoV-2“

U položek s druhem veličiny ARBC (arb. konc.) jsou sdělované textové výsledky dle matice MTV = KVAL.

 

U položek s druhem veličiny RODIP (relativní optická denzita) jsou vždy sdělované textové výsledky dle matice MTV = KVAL a současně mohou být zasílané naměřené hodnoty jako tzv. „index pozitivity“.

 

U položek s druhem veličiny ARBSC (arbitrární látková koncentrace) jsou sdělované numerické výsledky v jednotkách kU/l (kIU/l) či kBAU/l vždy společně s referenčními mezemi (škálami).

 

 

Původní sady položek (2020 - 2021):

 

51316 Anti-SARS-CoV-2 (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

51318 Anti-SARS-CoV-2 (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

 

50356 Anti-SARS-CoV-2 IgA (B; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) - zrušeno

50358 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

50581 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; rel. opt. denzita [-] IA)

50819 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)

51790 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)

50359 Anti-SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) *

50361 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

50583 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; rel. opt. denzita [-] IA)

50821 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)

51792 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)

50362 Anti-SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) *

 

50378 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

50380 Anti-SARS-CoV-2 IgA+IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

 

50364 Anti-SARS-CoV-2 IgG (B; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) - zrušeno

19938 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

50585 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; rel. opt. denzita [-] IA)

50823 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)

51794 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)

50365 Anti-SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) *

19939 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

50587 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; rel. opt. denzita [-] IA)

50825 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)

51796 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)

50366 Anti-SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) *

 

51320 Anti-SARS-CoV-2 IgG+IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

51322 Anti-SARS-CoV-2 IgG+IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

 

50368 Anti-SARS-CoV-2 IgM (B; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) - zrušeno

19940 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

50589 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; rel. opt. denzita [-] IA)

50827 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)

51798 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kBAU/l] IA) ?

50369 Anti-SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) *

19941 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

50591 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; rel. opt. denzita [-] IA)

50829 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)

51800 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. látková konc. [kBAU/l] IA) ?

50370 Anti-SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) *

 

50381 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (B; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) - zrušeno

51333 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

50382 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (P; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) *

51335 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

50383 Anti-SARS-CoV-2 IgM+IgG (S; arb. konc. [arb.j.] Imunochromatografie) *

 

Položky označené * jsou nyní již označené jako obsoletní, ale nebyly zrušeny, neboť je ještě takto rozlišuje ÚZIS. Následně budou ponechány jen položky s procedurou IA, pod níž tyto správně patří.

 

Poznámky k vyšetření protilátek k původním položkám „Anti-SARS-CoV-2…“:

Položky pro vyšetření protilátek jsou připravené obecně - jak pro průkaz přítomnosti, tak i pro následné kvalitativní vyšetření. Jsou svázané s MTV = KVAL. Viz též v části „G“.

 

Stanovení procedurou IA (například CLIA, ECLIA, ELISA aj.), nebo ICHR (imunochromatografie - rychlotest) jsou kvalitativně velmi odlišná, nutno nyní rozlišovat!

Procedura ICHR patří pod proceduru IA, ale v prvních měsících pandemie bylo vhodné její odlišení. Nyní jsou již tyto položky označeny jako obsoletní a budou používány především odpovídající položky s procedurou IA. Po ukončení pandemie budou zcela zrušeny.

 

K proceduře IA se sděluje upřesnění - specifikace (např. CLIA, ECLIA, ELISA aj.), zasílá se v datovém bloku DASTA ku_z_lab v atributu spec_proc!

 

Jednotky AU/ml nejsou v NČLP zavedené, výsledky se sdělují pouze jako formalizované texty prostřednictvím položek s druhem veličiny ARBC (arb. konc.) v [arb.j.].

 

 

Nové sady položek (2022):

 

52631 Anti n-SARS-CoV-2 (titr) (P; arb. konc. (titr) [arb.j.] Test virus-neutralizační)

52633 Anti n-SARS-CoV-2 (titr) (S; arb. konc. (titr) [arb.j.] Test virus-neutralizační)

53792 Anti n-SARS-CoV-2 (titr) (P; arb. konc. (titr) [arb.j.] Komplement-fixační reakce)

53793 Anti n-SARS-CoV-2 (titr) (S; arb. konc. (titr) [arb.j.] Komplement-fixační reakce)

 

51324 Anti-N-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

51326 Anti-N-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

 

Oproti původním obecným položkám Anti-SARS-CoV-2 IgG je zde zdůrazněno,

že se vyšetřuje S-antigen (ve vazbě na již existující položky „Anti_N-antigen…“):

 

52731 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

52733 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

52735 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)

52737 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgA (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)

 

51328 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

51330 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

52739 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)

52741 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)

52725 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (P; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)

52727 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgG (S; arb. látková konc. [kBAU/l] IA)

 

52743 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (P; arb. konc. [arb.j.] IA)

52745 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (S; arb. konc. [arb.j.] IA)

52747 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (P; arb. látková konc. [kU/l] IA)

52749 Anti-S-antigen SARS-CoV-2 IgM (S; arb. látková konc. [kU/l] IA)

 

 

D. vyšetření specifických T-lymfocytů (vyšetření „buněčné imunity“)

 

51610 Interferon gama (SARS-CoV-2) (Lymfocyty T(B); arb. látková konc. [kU/l] IA)

 

 

E1. „mutace / delece viru SARS-CoV-2“ - stanovení PCR

 

Tabulka variant a mutací SARS-CoV-2, je provázána na aktuální položky NČLP k příslušným průkazům mutací a delecí uvedeným níže. Viz web www.dactacr.cz v nabídce „SARS-CoV-2“.

 

Mutace:

51577 RNA viru SARS-CoV-2 - A222V (RNA; přítomnost [-] PCR)

50785 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA; přítomnost [-] PCR)

52634 RNA viru SARS-CoV-2 - A653V (RNA; přítomnost [-] PCR)

50807 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA; přítomnost [-] PCR)

50787 RNA viru SARS-CoV-2 - D614G (RNA; přítomnost [-] PCR)

52636 RNA viru SARS-CoV-2 - E484A (RNA; přítomnost [-] PCR)

50791 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA; přítomnost [-] PCR)

51339 RNA viru SARS-CoV-2 - E484Q (RNA; přítomnost [-] PCR)

53318 RNA viru SARS-CoV-2 - E486V (RNA; přítomnost [-] PCR)

52638 RNA viru SARS-CoV-2 - E516Q (RNA; přítomnost [-] PCR)

52639 RNA viru SARS-CoV-2 - F490R (RNA; přítomnost [-] PCR)

52640 RNA viru SARS-CoV-2 - F490S (RNA; přítomnost [-] PCR)

50839 RNA viru SARS-CoV-2 - F888L (RNA; přítomnost [-] PCR)

52641 RNA viru SARS-CoV-2 - G699S (RNA; přítomnost [-] PCR)

51346 RNA viru SARS-CoV-2 - H655Y (RNA; přítomnost [-] PCR)

50793 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA; přítomnost [-] PCR)

50811 RNA viru SARS-CoV-2 - K417T (RNA; přítomnost [-] PCR)

52642 RNA viru SARS-CoV-2 - L452Q (RNA; přítomnost [-] PCR)

50813 RNA viru SARS-CoV-2 - L452R (RNA; přítomnost [-] PCR)

50795 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA; přítomnost [-] PCR)

52643 RNA viru SARS-CoV-2 - N450K (RNA; přítomnost [-] PCR)

50815 RNA viru SARS-CoV-2 - N501T (RNA; přítomnost [-] PCR)

50797 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA; přítomnost [-] PCR)

52644 RNA viru SARS-CoV-2 - N679K (RNA; přítomnost [-] PCR)

52645 RNA viru SARS-CoV-2 - P384V (RNA; přítomnost [-] PCR)

50799 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA; přítomnost [-] PCR)

51348 RNA viru SARS-CoV-2 - P681R (RNA; přítomnost [-] PCR)

52646 RNA viru SARS-CoV-2 - Q414K (RNA; přítomnost [-] PCR)

52647 RNA viru SARS-CoV-2 - Q613H (RNA; přítomnost [-] PCR)

51358 RNA viru SARS-CoV-2 - Q677H (RNA; přítomnost [-] PCR)

52648 RNA viru SARS-CoV-2 - R346K (RNA; přítomnost [-] PCR)

52879 RNA viru SARS-CoV-2 - R346S (RNA; přítomnost [-] PCR)

52653 RNA viru SARS-CoV-2 - S373P (RNA; přítomnost [-] PCR)

52882 RNA viru SARS-CoV-2 - S371F (RNA; přítomnost [-] PCR)

52650 RNA viru SARS-CoV-2 - S371L (RNA; přítomnost [-] PCR)

51356 RNA viru SARS-CoV-2 - S477N (RNA; přítomnost [-] PCR)

52655 RNA viru SARS-CoV-2 - S494P (RNA; přítomnost [-] PCR)

51350 RNA viru SARS-CoV-2 - T478K (RNA; přítomnost [-] PCR)

51352 RNA viru SARS-CoV-2 - T478R (RNA; přítomnost [-] PCR)

52659 RNA viru SARS-CoV-2 - T547K (RNA; přítomnost [-] PCR)

52656 RNA viru SARS-CoV-2 - V367F (RNA; přítomnost [-] PCR)

52657 RNA viru SARS-CoV-2 - V483A (RNA; přítomnost [-] PCR)

50837 RNA viru SARS-CoV-2 - V1176F (RNA; přítomnost [-] PCR)

52662 RNA viru SARS-CoV-2 - Y505H (RNA; přítomnost [-] PCR)

51354 RNA viru SARS-CoV-2 - W152C (RNA; přítomnost [-] PCR)

52885 RNA viru SARS-CoV-2 - W152L (RNA; přítomnost [-] PCR)

 

Delece:

50907 RNA viru SARS-CoV-2 - Del141-143 (RNA; přítomnost [-] PCR)

50809 RNA viru SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] PCR)

51344 RNA viru SARS-CoV-2 - Del145-146 (RNA; přítomnost [-] PCR)

51580 RNA viru SARS-CoV-2 - Del157-158 (RNA; přítomnost [-] PCR)

50789 RNA viru SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] PCR)

 

Položky pro průkaz přítomnosti pracují s maticí MTV = KVAL - podrobněji v část „G“.

 

 

Sdělení a interpretace:

Při sdělování mutací a delecí zjištěných PCR stanovením je vždy nutné sdělovat celou paletu provedených vyšetření přítomnosti/nepřítomnosti testovaných mutací a delecí (nikoli jen průkazů přítomnosti!); pracuje se se sadou položek s procedurou PCR (nepoužívat procedury SEQS, ani *).

 

Může být připojena interpretace i další poznámky (vše jen volným textem) prostřednictvím položky:

50817 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)

 

Pokud bude sdělována varianta dle „Pango“, uvádí se jako „suspektní“ („susp.“) a kód dle Pangolin lineage!

 

Pokud je požadováno sdělení vlastností zjištěné suspektní varianty (volným textem), lze využít položku:

50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnosti - popis (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)

 

 

Dočasně bylo možné použít již neaktuální položku pro formalizované sdělení varianty - původně bylo zavedeno pro ÚZIS:

50783 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (PCR) (RNA; vlastnost/popis [-] PCR);

k položce byla k dispozici MTV = GTYPCOMD.

Tato položka je již označena jako neaktuální.

 

 

E2. „mutace / delece viru SARS-CoV-2“ - stanovení SEQS (Sanger)

 

Mutace:

 

51578 RNA viru SARS-CoV-2 - A222V (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51371 RNA viru SARS-CoV-2 - A570D (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51373 RNA viru SARS-CoV-2 - A653V (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51374 RNA viru SARS-CoV-2 - A701V (RNA; přítomnost [-] SEQS)

52637 RNA viru SARS-CoV-2 - E484A (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51379 RNA viru SARS-CoV-2 - E484K (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51380 RNA viru SARS-CoV-2 - E484Q (RNA; přítomnost [-] SEQS)

53319 RNA viru SARS-CoV-2 - E486V (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51382 RNA viru SARS-CoV-2 - E516Q (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51384 RNA viru SARS-CoV-2 - F490S (RNA; přítomnost [-] SEQS)

52629 RNA viru SARS-CoV-2 - F490R (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51385 RNA viru SARS-CoV-2 - F888L (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51387 RNA viru SARS-CoV-2 - G699S (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51388 RNA viru SARS-CoV-2 - H655Y (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51389 RNA viru SARS-CoV-2 - K417N (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51390 RNA viru SARS-CoV-2 - K417T (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51392 RNA viru SARS-CoV-2 - L452Q (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51393 RNA viru SARS-CoV-2 - L452R (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51394 RNA viru SARS-CoV-2 - N439K (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51396 RNA viru SARS-CoV-2 - N450K (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51397 RNA viru SARS-CoV-2 - N501T (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51398 RNA viru SARS-CoV-2 - N501Y (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51400 RNA viru SARS-CoV-2 - N679K (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51402 RNA viru SARS-CoV-2 - P384V (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51403 RNA viru SARS-CoV-2 - P681H (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51404 RNA viru SARS-CoV-2 - P681R (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51406 RNA viru SARS-CoV-2 - Q414K (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51408 RNA viru SARS-CoV-2 - Q613H (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51409 RNA viru SARS-CoV-2 - Q677H (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51411 RNA viru SARS-CoV-2 - R346K (RNA; přítomnost [-] SEQS)

52880 RNA viru SARS-CoV-2 - R346S (RNA; přítomnost [-] SEQS)

52883 RNA viru SARS-CoV-2 - S371F (RNA; přítomnost [-] SEQS)

52651 RNA viru SARS-CoV-2 - S371L (RNA; přítomnost [-] SEQS)

52654 RNA viru SARS-CoV-2 - S373P (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51412 RNA viru SARS-CoV-2 - S477N (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51414 RNA viru SARS-CoV-2 - S494P (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51415 RNA viru SARS-CoV-2 - T478K (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51416 RNA viru SARS-CoV-2 - T478R (RNA; přítomnost [-] SEQS)

52660 RNA viru SARS-CoV-2 - T547K (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51370 RNA viru SARS-CoV-2 - V1176F (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51418 RNA viru SARS-CoV-2 - V367F (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51420 RNA viru SARS-CoV-2 - V483A (RNA; přítomnost [-] SEQS)

52663 RNA viru SARS-CoV-2 - Y505H (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51421 RNA viru SARS-CoV-2 - W152C (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51608 RNA viru SARS-CoV-2 - W152L (RNA; přítomnost [-] SEQS)

 

 

Delece:

 

51375 RNA viru SARS-CoV-2 - Del141-143 (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51376 RNA viru SARS-CoV-2 - Del144 (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51377 RNA viru SARS-CoV-2 - Del145-146 (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51581 RNA viru SARS-CoV-2 - Del157-158 (RNA; přítomnost [-] SEQS)

51378 RNA viru SARS-CoV-2 - Del69-70 (RNA; přítomnost [-] SEQS)

 

 

Položky pro průkaz přítomnosti pracují s maticí MTV = KVAL - podrobněji v části „G“.

 

 

Sdělení a interpretace:

Při sdělování mutací a delecí zjištěných parciální sekvenací (SEQS) se pracuje s paletou položek s procedurou SEQS (nepoužívat položky s procedurou PCR, ani *).

 

Může být připojena interpretace (volný text) prostřednictvím položky:

50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "Pango" (RNA; seq. var. [-] SEQ)

případně i položkou:

51360 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "WHO/Nextstrain" (RNA; seq. var. [-] SEQ)

 

Pokud bude sdělována varianta dle „Pango“, uvádí se jako „PROBABLE“ a kód dle Pangolin lineage!

 

Pokud je požadováno sdělení vlastností zjištěné varianty (volný text), lze využít položku:

50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnosti - popis (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)

případně poznámkovou položku:

50817 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)

 

 

 

E3. „varianta viru SARS-CoV-2 určená sekvenačně“ - stanovení SEQ

 

Sděluje se (formalizovaně) zjištěná varianta prostřednictvím položky:

50805 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta (sekvenace) (RNA; vlastnost/popis [-] SEQ)

Viz matice MTV = GTYPCOV (k položce 50805), v níž jsou definované aktuální sledované varianty.

 

Pokud zjištěná varianta nebude dosud k dispozici v MTV = GTYPCOV, zadá se do položky 50805 „JINAVAR“ (klíč) a konkrétní zjištěná varianta se sdělí neformalizovaně položkou:

50803 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "Pango" (RNA; seq. var. [-] SEQ)

případně (i) položkou:

51360 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta "WHO/Nextstrain" (RNA; seq. var. [-] SEQ)

 

Pokud by bylo požadováno sdělení vlastností zjištěné varianty (volný text), lze využít položku:

50910 RNA viru SARS-CoV-2 - vlastnosti - popis (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)

případně poznámkovou položku:

50817 RNA viru SARS-CoV-2 - varianta - poznámka (RNA; vlastnost/popis [-] PCR)

 

 

Aktuální přehled variant mutací viru SARS-CoV-2:

 

Podrobný přehled variant významných pro sledování v ČR ve vazbě na mutace a delece byl k dispozici v tabulce, kterou vydala NRL SZÚ a která je vyvěšena na webu DASTACR v menu SARS-CoV-2:

https://www.dastacr.cz/doc/SARS_PCR_matice.pdf

 

Zde jsou k dispozici další podrobnější informace a dokumenty:

https://www.dastacr.cz/doc/SEKVENACE_A_PCR_podrobne.pdf

 

Tabulka byla v roce 2021 průběžně aktualizována, od roku 2022 není doplňována.

Je provázána na položky NČLP a MTV=GTYPCOV (k položce 50805).

 

 

 

F: „Výpočty, skóre“

 

51361 COVID skóre (Pt; skóre [1] Výpočet)

 

Prognostické COVID skóre je vypočtené z parametrů získávaných při měření KO s diferenciálním rozpočtem leukocytů a retikulocytů. Význam stanovení tohoto prognostického skóre COVID-19 je možnost predikce rizika závažného klinického průběhu onemocnění COVID-19 v rané fázi onemocnění, tedy v době vyhledání lékařské péče.

Celý výpočet skóre a jeho interpretace jsou vedeny v režimu RUO (Research Use Only) – VÝZKUMNÝ!!!

 

Linssen J., Ermens A., Berrevoets M et al.: A novel haemocytometric COVID-19 prognostic score developer and validated in an observational multicentre European Hospital-based study, e-Life 2020; 9: e63195, published online 2020 Nov 26: PMC7732342 PMID: 3324199 https://elifesciences.org/articles/63195

 

 

G: „Matice MTV = KVAL“

 

U položek, kde je výsledkem formalizovaný text z matice MTV=KVAL, se pracuje s těmito klíči:

NEGAT

POZIT

HRANICNI

NEPROKAZ

PROKAZ

NELZE

NEPROVED

 

K uvedeným klíčům jsou definované názvy i plné názvy - viz obsah MTV:

MTV =_KVAL

 

 

Vzhledem k tomu, že některé LIS používají spíše NEPROKAZ/PROKAZ a jiné NEGAT/POZIT, jsou přípustné obě možnosti, při zpracovávání dat je nutné ošetřit, že v tomto případě odpovídá POZIT=PROKAZ a NEGAT=NEPROKAZ.

Klíče jsou sdělované povinně, textové vyjádření pro nález bývá přebíráno z národní nebo lokální části MTV.

 

V případě průkazu mutací / delecí je nutné uvádět všechna vyšetření mutací / delecí z příslušného pacientova vzorku, včetně těch, která patří do spektra, ale nebyla provedena (NEPROVED).

 

 

H: „Informatické položky pro potřeby sdělování vyšetření SARS-CoV-2“

 

Zavedeno v březnu 2020 pro dočasné používání po dobu pandemie COVID-19, využívá ÚZIS.

 

20897 SARS-CoV-2 - zpráva k vyšetření (Blok interpretační, sdělení; TYPE [-] Datový přenos)

 

Prostor pro vkládání dalších informací k vyšetřením SARS-CoV-2 dle pokynů ÚZIS.

Připojuje se k hlášení ÚZIS aj.

Pomocná položka pro potřeby mimořádných epidemiologických opatření. Její obsah si určuje ÚZIS.

 

 

20898 SARS-CoV-2 - specifikace procedury (Blok interpretační, sdělení; TYPE [-] Datový přenos)

 

Prostor pro vkládání doplňujících informací k vyšetřením SARS-CoV-2, které IS odesílatele dosud nesděluje formalizovaně. Patří sem především podrobnější specifikace procedury (dle pokynů ÚZIS). Dočasně také specifikace systému a subsystému případně odběru, pokud toto neumí IS odesílatele sdělovat prostřednictvím DS 4.20.01 a výše.

Krátký text. Položka dočasného významu. Její obsah si určuje ÚZIS.

 

 

Aktualizováno 25. 3. 2022