NČLP položky pro formalizovaná strukturovaná mikrobiologická mikroskopická, kultivační či PCRM vyšetření

Tato problematika byla vyřešena již v roce 2002, revidována v roce 2013 a následně v roce 2019.

V roce 2022 je dále řešena ve vazbě na projekty EU. V roce 2023 řešeno ve vazbě na projekty ÚZIS.

Pro dořešení této problematiky je nutná spolupráce tvůrců LIS a zástupců odborných společností.

Současný stav:

1.

K objednávání kultivačních vyšetření a k jejich sdělování slouží položky se jménem komponenty „AGENS“, které jsou zařazené pod gesci „M“. V hypertextovém přehledu na stránkách DASTACR jsou k dispozici samostatně v dokumentu:

NČLP - seznam položek podle názvů pro kultivační vyšetření (jen komponenta AGENS)

Výsledky jsou sdělovány prostřednictvím formalizované strukturované zprávy - viz datový blok vrk.

2.

V rámci gesce M jsou definované také položky pro cílené průkazy přítomnosti DNA či RNA konkrétních agens. Konstrukce těchto položek je realizována podle pravidel společných všem gescím - v komponentě je uvedeno vyšetřované agens a další údaje, položky jsou vytvořené pro příslušné systémy, v nichž je vyšetřování prováděno. Se stejnými systémy se pracuje i v části pro mikrobiologická a kultivační vyšetření. Tyto položky jsou k dispozici v samostatném hypertextovém přehledu společném pro gesci M a S:

NČLP - seznam položek podle vyšetřených agens - třídění je podle skupin agens (prakticky zvolených)

V dalším textu se budeme zabývat především problematikou kultivačních (a mikroskopických) vyšetření, včetně nově (od roku 2023) PCRM vyšetření („multiplexy“), případně stanovením antigenu.

K objednávání mikroskopických, kultivačních či PCRM vyšetření slouží položky NČLP s konstrukcí:

SYST:

Pracuje se pouze se systémy, které jsou součástí číselníku pro mikrobiologii NCMPSYST.

Číselník NCMPSYST je podmnožinou číselníku všech systémů [NCLPSYST], v němž tyty systémy pro mikrobiologii mají INDMIC = 2, nebo 3.

Systémy základní, které jsou k dispozici pro mikrobiologická kultivační vyšetření i pro tvorbu položek z oblasti mikrobiologie:

B(N), B(UMB), BEARD, BM, CSF, DREN, EXTENVIR, F, FLPAT, FOREBODY, GALL, HAIR, IMPERIAN, JOF, NAIL, OTHF, PUS, SAL, SCR, SKIN, SPCKARD, SPCOFT, SPCORL, SPCORT, SPCPART, SPCRESP, SPCURO, SPCVUL, TISSUE, U.

K těmto základním systémům jsou k dispozici položky NČLP pro objednávání mikroskopických, kultivačních či PCRM vyšetření (viz komponenta „AGENS“) a pro sdělování výsledků („AGENS_DTP“), taktéž jsou k dispozici informatické položky pro textové poznámky a další textová sdělení („REMOTHER“). K většině z nich jsou k dispozici další mikrobiologická cílená nekultivační vyšetření. Některá z nich jsou sdílená i s dalšími laboratorními obory.

Podrobněji k problematice:

Systémy pro mikrobiologické položky

Podstatné a důležité je, že tyto systémy jsou společně sdílené pro všechny gesce i všechny typy laboratorních položek, pracuje se s jednotnou filozofií.

KOMP:

U těchto položek je všude zástupná komponenta se jménem „AGENS“.

DRVL:

U těchto položek je všude druh veličiny „MICROORG“ - vyšetření mikroorganismů.

Jednotka není definována, uvádí se „-“.

PROC:

Jsou definované položky s řadou procedur, tj. konkrétních typů vyšetření, potřebných pro praxi s ohledem na konkrétní systémy. Do roku 2023 byly vytvářeny jen ty hlavní položky, které jsou všeobecně potřebné, další položky a speciality lze doplnit podle potřeb širší praxe (proto jsou některé procedury definované, ale dosud nepoužité, jiné jsou jen ve formě poznámky). Pro další rozvoj je nutná úzká prakticky orientovaná spolupráce s tvůrci IS, mikrobiology a tvůrci příslušných registrů ÚZIS.

V NČLP jsou nyní k dispozici tyto procedury (březen 2023):

CVGEN	Kultivace virologická obecná
CVINFL	Kultivace virologická virů chřipky na TK
CVPAINFL	Kultivace viru parainfluenzy	dosud nepoužito
CVCHIC	Kultivace virologická (kuřecí embryo)	dosud nepoužito
CVRSV	Kultivace virologická RS viru
CVRHINO	Kultivace rhinovirů	dosud nepoužito
CVCMV	Kultivace virologická CMV
CVHSVVZV	Kultivace virologická HSV a VZV
CVHHV6	Kultivace viru HHV6	dosud nepoužito
CVCHLAM	Kultivace chlamydií
CVPOLIO	Kultivace virologická poliovirů
CPGEN	Kultivace parazitologická obecná
CPTRVA	Kultivace Trichomonas vaginalis
MPGEN	Mikroskopické vyšetření parazitologické obecné
MPBTH	Mikroskopické vyšetření krevních a tkáňových helmintů	dosud nepoužito
CYGEN	Kultivace mykologická obecná
MYGEN	Mikroskopické vyšetření mykologické obecné
CYDERM	Kultivace na dermatofyta
CAGEN	Kultivace bakteriologická obecná
MAGEN	Mikroskopické vyšetření bakteriologické obecné
MAGIE	Mikroskopické vyšetření bakteriologické barv. dle Giemsy	dosud nepoužito
CAMYBA	Kultivace na mykobakteria
MAART	Mikroskopické vyšetření acidorezistentních tyček
CAMYLF	Kultivace mykoplasmat
CACABA	Kultivace kampylobakterů
CACLDI	Kultivace Clostridium difficile
CAANEAR	Kultivace bakteriologická anaerobní
CANEGO	Kultivace Neisseria gonorrhoae
CANEME	Kultivace Neisseria meningitis
CAMHUU	Kultivace Mycoplasma hominis a Ureaplasma urealyticum
CAHEPY	Kultivace Helicobacter pylori
CAARHE	Kultivace Arcanobacterium haemolyticum	dosud nepoužito
CAPAKO	Kultivace patogenních korynebakterií	dosud nepoužito
CABORD	Kultivace bordetel	dosud nepoužito
CAHEMO	Kultivace hemofilů	dosud nepoužito
CASTAU	Kultivace Staphyloccocus aureus	dosud nepoužito
CALEGI	Kultivace legionel	dosud nepoužito
CAYERS	Kultivace yersinií	dosud nepoužito
CAVIBR	Kultivace vibrií	dosud nepoužito
CAECO157	Kultivace Escherichia coli O157	dosud nepoužito
CAGAVA	Kultivace Gardnerella vaginalis
CAURUR	Kultivace Ureaplasma urealyticum	dosud nepoužito
CAMYHO	Kultivace Mycoplasma hominis	dosud nepoužito
MICRA	Vyšetření mikroorganismů - agens; obecná procedura
MICRC	Vyšetření mikroorganismů - kultivace; obecná procedura
	Selektivní kultivace (např. MRSA, MDR aj.)	nutno dořešit
PCRM	Stanovení metodou PCRM (multiplex)	nutno dořešit
	Detekce antigenu	nutno dořešit
SEQ	Sekvenace	nutno dořešit

Poznámky:

Ke všem uvedeným procedurám je k dispozici anglický překlad.

Mapování na NPU není, v NPU se procedury neřeší.

Tyto položky NČLP mají ve své definici:

GESCE = M (mikrobiologie)

VZNIK = K (mikrobiologická vyšetření - objednávky)

TYP POLOŽKY = P

FORMÁT HODNOTY = P (prázdná položka), tj. položka sloužící pouze k realizaci objednávky, nenese žádnou další informaci

Poznámka: byla diskutována i varianta položek s typem F, do nichž by byla vkládána objednávka ve formě formalizovaného požadavku dle matice MTV. K dořešení je nutná spolupráce s tvůrci IS.

Realizace objednávky mikrobiologického mikroskopického, kultivačního či PCRM vyšetření v DS4:

K realizaci objednávky mikrobiologického kultivačního vyšetření cestou DASTA slouží blok ku_o_lab a v něm vnořený blok lopk.

V bloku lopk se uvádí položka NČLP, nesoucí informaci o systému a proceduře a dále se uvádí:

- specifikace systému (z níž vyplývá i lokalizace) - viz číselník [NCMPSPM]

- subspecifikace systému (včetně upřesnění lokalizace) - volným textem

- způsob získání materiálu - viz číselník [NCMPZZM]

- a případně specifikace objednávky - viz lopok

Položky NČLP pro realizaci objednávky slouží pouze k objednávání. Ke sdělení výsledku je v rámci každého systému vytvořena odpovídající položka s procedurou „DTP“ - viz dále.

Ke sdělování mikroskopického, kultivačního či PCRM vyšetření slouží položky NČLP s konstrukcí:

SYST:

Pracuje se pouze se systémy, které jsou součástí číselníku pro mikrobiologii NCMPSYST.

Číselník NCMPSYST je podmnožinou číselníku všech systémů [NCLPSYST], v němž tyty systémy pro mikrobiologii mají INDMIC = 2, nebo 3.

Ke každé sadě položek pro realizaci objednávky je ke každému systému vždy jedna položka pro sdělování výsledku.

KOMP:

U těchto položek je všude zástupní komponenta s řetězcem „AGENS“.

DRVL:

U těchto položek je všude druh veličiny „MICROORG“ - vyšetření mikroorganismů.

Jednotka není definována, uvádí se „-“.

PROC:

Procedura je „DTP“ - datový přenos.

Tyto položky NČLP mají ve své definici:

GESCE = Z (informatika)

VZNIK = B (blok připojovaný k nálezu)

TYP POLOŽKY = K

FORMÁT HODNOTY = K (strukturovaný text typu „mikrobiologické vyšetření“)

Realizace sdělování mikrobiologického mikroskopického, kultivačního či PCRM vyšetření:

K realizaci sdělování vyšetření cestou DASTA slouží blok ku_z_lab a v něm vnořený blok vrk.

V bloku vrk jsou zasílané zpět údaje z objednávky (specifikace a subspecifikace systému, způsob získání materiálu a další) a výsledky vyšetření:

- mikroskopický nález (volným textem)

- informace o přítomných agens a o způsobu jejich zjištění (blok vrkpa)

- hodnocení nálezu a poznámky k nálezu

Blok vrkpa je zařazován vždy pro každé zjištěné (či testované) agens, ke kterému jsou připojované podrobnější informace o jeho přítomnosti, kvantitě, sdělení vyšetření citlivosti na antimikrobiální látku (kvalitativně nebo ve formě MIC), dourčení agens, hodnocení a poznámky.

Přítomný agens se sděluje v bloku VRKPA prostřednictvím číselníku [NCMPAG] („seznam agens“).

Jedná se o rozsáhlý číselník obsahující většinu pro praxi potřebných agens. Je průběžně doplňován.

Číselníků agens existuje ve světě řada, vhodný výběr je záležitostí konsenzu. V DS4 a NČLP je užíván:

NČLP - číselník aktuálních agens

Tento číselník je nyní z velké části namapován na číselník SNOMED CT.

V datovém bloku vrkpa by bylo možné vytvořit možnost využívat více číselníků, toto je ale zásadní odbornou otázkou, kterou musí vyřešit tuzemští mikrobiologové, nebo nám ji časem (možná) vyřeší standardy EU.

Z číselníku NCMPAG je vytvořena jeho podmnožina, číselník „seznam agens použitých v NČLP“, který je využíván při definování položek NČLP týkajících se vyšetření konkrétních agens.

(Tento číselník je nyní pouze interní, využíván je při práci s položkami z gesce M a S v programu ČLP a systému SLP a také v hypertextových sestavách těchto položek - umožňuje přehledně setřídit různá vyšetření k témuž agens.)

Příklad položek:

Pro objednávku slouží:

18439 Agens (Vzorek z oblastí ORL; vyšetření mikroorg. [-] Kultivace mykologická obecná)

specifikace systému: SWNTH = výtěr z nosohltanu

Pro sdělení výsledku slouží:

20885 Agens (Vzorek z oblastí ORL; vyšetření mikroorg. [-] Datový přenos)

Provizorní řešení z roku 2013:

Pokud IS dosud neumí rozlišovat jednotlivé systémy v rámci položek typu „agens“ dle výše uvedené konstrukce, je k dispozici pomocná zástupná položka pro zjednodušené formalizované sdělování: REP_AGENS_DTP s klíčem 20859

a odpovídající zástupná položka pro realizaci objednávek

REQ_AGENS_DTP s klíčem 20866 (protějšek položky 20859).

Toto původní dočasné provizorní řešení by již nemělo být používáno, byť nebylo v rámci NČLP ani DASTA zrušeno - položky 20859 a 20866 jsou stále aktuální.

Poznámky k praxi - nutné úpravy:

Datové bloky pro kultivační vyšetření jsou součástí DASTA od verze 2.0, byly publikovány v rámci pracovního dne ČLS v roce 2002, prošli připomínkovým řízením v příslušných společnostech ČLS.

Přesto nebyly dosud realizovány do mnoha LIS, v praxi se používají jen ojediněle, spíše pro realizaci objednávek, než pro formalizované sdělování. Většinou se zůstává pouze u sdělování volným textem, což je nyní již anachronismus - taková sdělení neumožňují další práci s nálezem.

Vzhledem k výše zmíněné situaci je vhodné či možné nyní doplnit a dodebatovat několik dílčích částí datových bloků a několik číselníků, jako:

- vlastnosti agens [NCMPAGV] - nutno doplnit

- přítomnost [LMHPUVN] - vhodné doplnit

- antimikrobiální látka [NCMPATML] - nutno doplnit

Současné datové bloky lze revidovat a mírně doplnit, případně upravit dle chystaných standardů EU.

Poznámky:

K původnímu úvodnímu seznámení s problematikou byl v roce 2002 vytvořen dokument:

NČLP a mikrobiologická vyšetření

Při inovaci v roce 2020 byl vytvořeny dokumenty:

Systémy pro mikrobiologické položky

Inovace mikrobiologických položek 2019-2020

Interpretační texty k mikrobiologickým vyšetřením

Stupeň epidemiologické závažnosti

20. 3. 2023