Nová položka pro sledování mutací SARS-CoV-2 a
GARGTEST:
V mimořádném upgrade NČLP 2.72.02 vydaném 26. 1.
2021 byla doplněna nová položka 50781 a k ní nová MTV a dále nová
specifikace GARGF k systému RESPORL. Podrobněji dále.
RNA viru
SARS-CoV-2 - genotyp (RNA; seq. var. [-] PCR)
Klíč položky: 50781
Typ položky = F
Formát hodnoty = FR
Kategorie = NUCL
Systém = RNA (blíže neurčený subsystém)
Druh veličiny = sequence variation
Procedura = PCR (je vytvořena též položka s procedurou *,
ale ta má minimální praktický význam, pouze respektuje pravidla NČLP - klíč
50780)
K položce je vytvořena MTV GTYPCOV.
Upozornění - v NČLP 2.73.03 dne 17. 2. 2021 byla MTV
GTYPCOV aktualizována a doplněna!
Podrobné informace - viz:
MTV „GTYPCOV“
Genotyp viru SARS CoV-2 - kódování dle WHO SARS-CoV-2
Variants
Klíč
Název do sestav
Plný název a popis
Pouze pro
subjekty, které sekvenují (například NRL):
D614G
D614G
D614G - varianta
SARS-CoV-2
Kód lze použít jen
tehdy, bylo-li stanoveno sekvenací, jinak lze uvádět jen jako poznámku,
viz klíč D614GS.
Poznámka:
v současné době majoritní mutace (leden 2021)
VOC2020
VOC 202012/01
VOC 202012/01 -
varianta SARS-CoV-2 - „britská mutace“
(užívají se též
synonyma: VUI 202012/01 - VOI 202012/01 -
20I/501Y.V1 – B.1.1.7. - B117 )
Kód lze použít jen
tehdy, bylo-li stanoveno sekvenací, jinak lze uvádět jen jako poznámku,
viz klíč VOC2020S.
CLUST5
Cluster 5
Cluster 5 -
varianta SARS-CoV-2
Kód lze použít jen
tehdy, bylo-li stanoveno sekvenací, jinak lze uvádět jen jako poznámku,
viz klíč CLUST5S.
501Y.V2
501Y.V2
501Y.V2 - varianta
SARS-CoV-2 - „jihoafrická mutace“
Kód lze použít jen
tehdy, bylo-li stanoveno sekvenací, jinak lze uvádět jen jako poznámku,
viz klíč 501Y.V2S.
Pro ostatní
laboratoře, které nesekvenují, jsou dočasně k dispozici:
D614GS
susp. D614G
susp. D614G
Pokud nebylo určeno
sekvenací, uvádí se jako poznámka "susp. D614G", nelze použít klíč
D614G!
VOC2020S
susp. VOC 202012/01
susp. VOC 202012/01
- „britská mutace“
(užívají se též
synonyma: VUI 202012/01 - VOI 202012/01 - 20I/501Y.V1
– B.1.1.7. - B117 )
Pokud nebylo určeno
sekvenací, uvádí se jako poznámka "susp. VOC 202012/01", nelze použít
klíč VOC2020!
CLUST5S
susp. Cluster 5
susp. Cluster 5
Pokud nebylo určeno
sekvenací, uvádí se jako poznámka "susp. Cluster 5", nelze použít
klíč CLUST5!
501Y.V2S
susp. 501Y.V2
susp. 501Y.V2 -
„jihoafrická mutace“
Pokud nebylo určeno
sekvenací, uvádí se jako poznámka "susp. 501Y.V2", nelze použít klíč
501Y.V2!
Poznámka:
Tzv. „brazilská
mutace“ nemá dosud přidělený kód dle WHO, bude doplněna v dalším upgrade.
Další nové
vyšetření zavedené do praxe:
Pro nové PCR vyšetření „GARGTEST“ byla ke stávajícímu
systému SPCORL doplněna nová specifikace GARGF = tekutina získaná kloktáním
hltanu a dutiny ústní.
Jedná se o nové perspektivní PCR vyšetření zaváděné do
praxe.
Využívá se stávající položka NČLP s klíčem 19935:
RNA viru SARS-CoV-2 (Vzorek z oblastí "ORL";
přítomnost [-] PCR)