NČLP položky pro mikrobiologická kultivační a
mikroskopická vyšetření
Tato problematika
byla vyřešena již v roce 2002, revidována v roce 2013 a následně
v roce 2019.
V roce 2022 je
dále řešena ve vazbě na projekty EU.
Současný stav:
K objednávání kultivačních vyšetření a k jejich
sdělování slouží položky se jménem komponenty „AGENS“, které jsou zařazené pod
gesci „M“. V hypertextovém přehledu na stránkách DASTACR jsou
k dispozici samostatně v dokumentu:
NČLP - seznam položek podle názvů pro kultivační
vyšetření (jen komponenta AGENS)
V rámci gesce M jsou dnes také položky pro průkazy
přítomnosti DNA či RNA konkrétních agens, tyto položky jsou k dispozici
v samostatném hypertextovém přehledu společném pro gesci M a S:
NČLP - seznam položek podle vyšetřených agens
V dalším textu
se budeme zabývat především problematikou kultivačních (a mikroskopických)
vyšetření.
K objednávání kultivačních
vyšetření slouží položky NČLP s konstrukcí:
SYST:
Pracuje se pouze se systémy, které jsou součástí
číselníku pro mikrobiologii NCMPSYST.
Číselník NCMPSYST je podmnožinou číselníku všech systémů [NCLPSYST],
v němž tyty systémy pro mikrobiologii mají INDMIC = 2, nebo 3.
Poznámky:
Systémy základní, které jsou k dispozici pro
mikrobiologická kultivační vyšetření i pro tvorbu položek z oblasti
mikrobiologie:
B(N), B(UMB), BEARD, BM, CSF, DREN, EXTENVIR, F, FLPAT, FOREBODY, GALL, HAIR, IMPERIAN, JOF, NAIL, OTHF, PUS, SAL,
SCR, SKIN, SPCKARD, SPCOFT, SPCORL, SPCORT, SPCPART, SPCRESP, SPCURO, SPCVUL, TISSUE, U.
K těmto základním systémům jsou k dispozici položky NČLP
pro objednávání kultivačních vyšetření (viz komponenta „AGENS“) a pro sdělování
výsledků („AGENS_DTP“), taktéž jsou k dispozici informatické položky pro
textové poznámky a další textová sdělení („REMOTHER“). K většině
z nich budou k dispozici další mikrobiologické nekultivační
vyšetření. Některé z nich jsou sdílené i s dalšími laboratorními obory.
Podrobněji k problematice:
Systémy pro mikrobiologické
položky
KOMP:
U těchto položek je všude zástupná komponenta se jménem
„AGENS“.
DRVL:
U těchto položek je všude druh veličiny „MICROORG“ -
vyšetření mikroorganismů.
Jednotka není definována, uvádí se „-“.
PROC:
Jsou definované položky s řadou procedur, tj.
konkrétních typů vyšetření, potřebných pro praxi s ohledem na konkrétní
systémy. Byly vytvořeny jen ty položky, které jsou obecně potřebné, speciality
lze doplnit podle potřeb širší praxe (proto jsou některé procedury definované,
ale dosud nepoužité).
V NČLP jsou k dispozici tyto procedury:
CVGEN |
Kultivace virologická
obecná |
|
CVINFL |
Kultivace virologická
virů chřipky na TK |
|
CVPAINFL |
Kultivace viru
parainfluenzy |
dosud nepoužito |
CVCHIC |
Kultivace virologická
(kuřecí embryo) |
dosud nepoužito |
CVRSV |
Kultivace virologická RS
viru |
|
CVRHINO |
Kultivace rhinovirů |
dosud nepoužito |
CVCMV |
Kultivace virologická
CMV |
|
CVHSVVZV |
Kultivace virologická HSV
a VZV |
|
CVHHV6 |
Kultivace viru HHV6 |
dosud nepoužito |
CVCHLAM |
Kultivace chlamydií |
|
CVPOLIO |
Kultivace virologická
poliovirů |
|
CPGEN |
Kultivace parazitologická
obecná |
|
CPTRVA |
Kultivace Trichomonas
vaginalis |
|
MPGEN |
Mikroskopické vyšetření
parazitologické obecné |
|
MPBTH |
Mikroskopické vyšetření
krevních a tkáňových helmintů |
dosud nepoužito |
CYGEN |
Kultivace mykologická
obecná |
|
MYGEN |
Mikroskopické vyšetření
mykologické obecné |
|
CYDERM |
Kultivace na dermatofyta |
|
CAGEN |
Kultivace bakteriologická
obecná |
|
MAGEN |
Mikroskopické vyšetření
bakteriologické obecné |
|
MAGIE |
Mikroskopické vyšetření
bakteriologické barv. dle Giemsy |
dosud nepoužito |
CAMYBA |
Kultivace na mykobakteria |
|
MAART |
Mikroskopické vyšetření
acidorezistentních tyček |
|
CAMYLF |
Kultivace mykoplasmat |
|
CACABA |
Kultivace kampylobakterů |
|
CACLDI |
Kultivace Clostridium
difficile |
|
CAANEAR |
Kultivace bakteriologická
anaerobní |
|
CANEGO |
Kultivace Neisseria
gonorrhoae |
|
CANEME |
Kultivace Neisseria
meningitis |
|
CAMHUU |
Kultivace Mycoplasma
hominis a Ureaplasma urealyticum |
|
CAHEPY |
Kultivace Helicobacter
pylori |
|
CAARHE |
Kultivace Arcanobacterium
haemolyticum |
dosud nepoužito |
CAPAKO |
Kultivace patogenních
korynebakterií |
dosud nepoužito |
CABORD |
Kultivace bordetel |
dosud nepoužito |
CAHEMO |
Kultivace hemofilů |
dosud nepoužito |
CASTAU |
Kultivace Staphyloccocus
aureus |
dosud nepoužito |
CALEGI |
Kultivace legionel |
dosud nepoužito |
CAYERS |
Kultivace yersinií |
dosud nepoužito |
CAVIBR |
Kultivace vibrií |
dosud nepoužito |
CAECO157 |
Kultivace Escherichia
coli O157 |
dosud nepoužito |
CAGAVA |
Kultivace Gardnerella
vaginalis |
|
CAURUR |
Kultivace Ureaplasma
urealyticum |
dosud nepoužito |
CAMYHO |
Kultivace Mycoplasma
hominis |
dosud nepoužito |
|
|
|
MICRA |
Vyšetření mikroorganismů
- agens; obecná procedura |
|
MICRC |
Vyšetření mikroorganismů
- kultivace; obecná procedura |
|
Poznámky:
Ke všem uvedeným procedurám
je k dispozici anglický překlad.
Mapování na NPU není,
v NPU se procedury neřeší.
Tyto položky NČLP
mají ve své definici:
GESCE = M (mikrobiologie)
VZNIK = K (mikrobiologická vyšetření - objednávky)
TYP POLOŽKY = P
FORMÁT HODNOTY = P (prázdná položka), tj. položka
sloužící pouze k realizaci objednávky, nenese žádnou další informaci
Realizace objednávky
mikrobiologického kultivačního vyšetření v DS4:
K realizaci objednávky mikrobiologického
kultivačního vyšetření cestou DASTA slouží blok ku_o_lab
a v něm vnořený blok lopk.
V bloku lopk
se uvádí položka NČLP, nesoucí informaci o systému a proceduře a dále se uvádí:
- specifikace systému (viz číselník [NCMPSPM])
- subspecifikace systému (volným textem)
- způsob získání materiálu (viz číselník [NCMPZZM])
- a případně specifikace objednávky (viz lopok)
Položky NČLP pro realizaci objednávky slouží pouze
k objednávání. Ke sdělení výsledku je v rámci každého systému
vytvořena odpovídající položka s procedurou „DTP“ - viz dále.
Ke sdělování kultivačních
vyšetření slouží položky NČLP s konstrukcí:
SYST:
Pracuje se pouze se systémy, které jsou součástí
číselníku pro mikrobiologii NCMPSYST.
Číselník NCMPSYST je podmnožinou číselníku všech systémů [NCLPSYST],
v němž tyty systémy pro mikrobiologii mají INDMIC = 2, nebo 3.
Ke každé sadě položek pro realizaci objednávky je ke
každému systému vždy jedna položka pro sdělování výsledku.
KOMP:
U těchto položek je všude zástupní komponenta
s řetězcem „AGENS“.
DRVL:
U těchto položek je všude druh veličiny „MICROORG“ -
vyšetření mikroorganismů.
Jednotka není definována, uvádí se „-“.
PROC:
Procedura je „DTP“ - datový přenos.
Tyto položky MČLP
mají ve své definici:
GESCE = Z (informatika)
VZNIK = B (blok připojovaný k nálezu)
TYP POLOŽKY = K
FORMÁT HODNOTY = K (strukturovaný text typu
„mikrobiologické vyšetření“)
Realizace sdělování
mikrobiologického kultivačního vyšetření:
K realizaci sdělování mikrobiologického kultivačního
vyšetření cestou DASTA slouží blok ku_z_lab
a v něm vnořený blok vrk.
V bloku vrk
jsou zasílané zpět údaje z objednávky (specifikace a subspecifikace
systému, způsob získání materiálu a další) a výsledky vyšetření:
- mikroskopický nález (volným textem)
- informace o přítomných agens (blok vrkpa)
- hodnocení nálezu a poznámky k nálezu
Blok vrkpa
je zařazován vždy pro každé zjištěné agens, ke kterému jsou připojované
podrobnější informace o jeho přítomnosti, kvantitě, sdělení vyšetření
citlivosti na antimikrobiální látku (kvalitativně nebo ve formě MIC), dourčení
agens, hodnocení a poznámky.
Přítomný agens se sděluje v bloku VRKPA
prostřednictvím číselníku [NCMPAG]
(„seznam agens“).
Jedná se o rozsáhlý číselník obsahující většinu pro praxi
potřebných agens. Je průběžně doplňován.
Číselníků agens
existuje ve světě řada, vhodný výběr je záležitostí konsenzu.
V datovém
bloku vrkpa by bylo možné vytvořit
možnost využívat více číselníků, toto je ale zásadní odbornou otázkou, kterou
musí vyřešit tuzemští mikrobiologové, nebo nám ji vyřeší standardy EU.
Z číselníku NCMPAG
je vytvořena jeho podmnožina, číselník „seznam agens použitých v NČLP“,
který je využíván při definování položek NČLP týkajících se vyšetření
konkrétních agens.
(Tento číselník je
nyní pouze interní, využíván je při práci s položkami z gesce M a
S v programu ČLP a systému SLP a také v hypertextových sestavách
těchto položek - umožňuje přehledně setřídit různá vyšetření k témuž
agens.)
Příklad položek:
Pro objednávku slouží:
18439 Agens (Vzorek z oblastí ORL; vyšetření mikroorg.
[-] Kultivace mykologická obecná)
specifikace systému: SWNTH = výtěr z nosohltanu
Pro sdělení výsledku slouží:
20885 Agens (Vzorek z oblastí ORL; vyšetření mikroorg.
[-] Datový přenos)
Provizorní řešení z roku
2013:
Pokud
IS dosud neumí rozlišovat jednotlivé systémy v rámci položek typu „agens“
dle výše uvedené konstrukce, je k dispozici pomocná zástupná položka pro
zjednodušené formalizované sdělování: REP_AGENS_DTP s klíčem 20859
a
odpovídající zástupná položka pro realizaci objednávek
REQ_AGENS_DTP s klíčem 20866 (protějšek položky 20859).
Toto původní
dočasné provizorní řešení by již nemělo být používáno, byť nebylo v rámci
NČLP ani DASTA zrušeno - položky 20859 a 20866 jsou stále aktuální.
Poznámky k praxi - nutné úpravy:
Datové bloky pro kultivační vyšetření jsou součástí DASTA
od verze 2.0, byly publikovány v rámci pracovního dne ČLS v roce
2002, prošli připomínkovým řízením v příslušných společnostech ČLS.
Přesto nebyly dosud realizovány do mnoha LIS,
v praxi se používají jen ojediněle, spíše pro realizaci objednávek, než
pro formalizované sdělování. Většinou se zůstává pouze u sdělování volným
textem, což je nyní již anachronismus - taková sdělení neumožňují další práci
s nálezem.
Vzhledem
k výše zmíněné situaci je vhodné či možné nyní doplnit a dodebatovat
několik dílčích částí datových bloků a několik číselníků, jako:
- vlastnosti agens [NCMPAGV]
- nutno doplnit
- přítomnost [LMHPUVN] - vhodné doplnit
- antimikrobiální
látka [NCMPATML]
- nutno doplnit
Současné datové
bloky lze revidovat a mírně doplnit, případně upravit dle chystaných standardů
EU.
Poznámky:
K původnímu
úvodnímu seznámení s problematikou byl v roce 2002 vytvořen dokument:
NČLP a mikrobiologická vyšetření
Při inovaci v roce 2020 byl vytvořeny
dokumenty:
Systémy pro mikrobiologické položky
Inovace mikrobiologických položek
2019-2020
Interpretační texty k
mikrobiologickým vyšetřením
Stupeň epidemiologické závažnosti
20. 3. 2022