NČLP položky pro formalizovaná strukturovaná mikrobiologická mikroskopická, kultivační či PCRM vyšetření

Tato problematika byla vyřešena již v roce 2002, revidována v roce 2013 a následně v roce 2019.

V roce 2022 je dále řešena ve vazbě na projekty EU. V roce 2023 řešeno ve vazbě na projekty ÚZIS.

V roce 2024 jsou příslušné inovované agendy zapracovávány do významných spolupracujících LIS a vše je zaváděno do praxe, současně je řešena příprava na budoucí přechod (mapování) na HL7 FHIR.

Současný stav:

1.

K objednávání kultivačních vyšetření a k jejich sdělování slouží položky se jménem komponenty „AGENS“ (i klíč = AGENS), které jsou zařazené pod gesci „M“. V hypertextovém přehledu na stránkách DASTACR jsou k dispozici samostatně v dokumentu:

NČLP - seznam položek podle názvů pro kultivační vyšetření (jen komponenta AGENS)

Výsledky jsou sdělovány prostřednictvím formalizované strukturované zprávy - viz datový blok vrk.

2.

V rámci gesce M jsou definované také položky pro cílené průkazy přítomnosti DNA či RNA konkrétních agens. Konstrukce těchto položek je realizována podle pravidel společných všem gescím - v komponentě je uvedeno vyšetřované agens a další údaje, položky jsou vytvořené pro příslušné systémy, v nichž je vyšetřování prováděno. Se stejnými systémy se pracuje i v části pro mikrobiologická kultivační vyšetření. Tyto položky jsou k dispozici v samostatném hypertextovém přehledu společném pro gesci M a S:

NČLP - seznam položek podle vyšetřených agens - třídění je podle skupin agens (prakticky zvolených)

V dalším textu se budeme zabývat především problematikou kultivačních (a mikroskopických) vyšetření.

K objednávání mikroskopických, kultivačních či PCRM vyšetření slouží položky NČLP s konstrukcí:

SYST:

Pracuje se pouze se systémy, které jsou součástí číselníku pro mikrobiologii [NCMPSYST].

Číselník NCMPSYST je podmnožinou číselníku všech systémů [NCLPSYST], v němž tyty systémy pro mikrobiologii mají INDMIC = 2, nebo 3. K nim jsou definované specifikace systémů, s nimiž se pracuje v objednávce i sdělení výsledků. Může být připojovaná i další specifikace systému - volný text.

Systémy základní, které jsou k dispozici pro mikrobiologická kultivační vyšetření i pro tvorbu položek z oblasti mikrobiologie:

B(N), B(UMB), BEARD, BM, CSF, DREN, UNSFDR, EXTENVIR, F, FLPAT, FOREBODY, GALL, HAIR, IMPERIAN, JOF, LKC(B), NAIL, OTHF, PRD(PT), PUS, SAL, SCR, SKIN, SPCKARD, SPCOFT, SPCORL, SPCORT, SPCPART, SPCRESP, SPCURO, SPCVUL, TISSUE, U.

K těmto základním systémům jsou k dispozici položky NČLP pro objednávání i sdělování mikroskopických, kultivačních (či PCRM) vyšetření (viz komponenta „AGENS“). Taktéž jsou k dispozici informatické položky pro textové poznámky a další textová sdělení („REMOTHER“). K většině z nich jsou k dispozici další mikrobiologická cílená nekultivační vyšetření. Některá z nich jsou sdílená i s dalšími laboratorními obory.

Podrobněji k problematice:

Systémy pro mikrobiologické položky

Podstatné a důležité je, že tyto systémy jsou společně sdílené pro všechny gesce i všechny typy laboratorních položek, pracuje se s jednotnou filozofií.

KOMP:

U těchto položek je všude zástupná komponenta se jménem „Agens“ a klíčem = AGENS.

DRVL:

U těchto položek je všude druh veličiny „MICROORG“ - vyšetření mikroorganismů.

Jednotka není definována, uvádí se „-“.

PROC:

Jsou definované položky s řadou procedur, tj. konkrétních typů vyšetření, potřebných pro praxi s ohledem na konkrétní systémy. Do konce roku 2023 byly vytvářeny jen ty hlavní položky, které jsou všeobecně potřebné, další položky a speciality lze doplnit podle potřeb širší praxe (proto jsou některé procedury definované, ale dosud nepoužité, jiné jsou jen ve formě poznámky). Pro další rozvoj je nutná úzká prakticky orientovaná spolupráce s tvůrci IS, mikrobiology a tvůrci příslušných registrů ÚZIS.

V NČLP jsou nyní k dispozici tyto procedury:

CVGEN	Kultivace virologická obecná
CVINFL	Kultivace virologická virů chřipky na TK
CVPAINFL	Kultivace viru parainfluenzy	obsoletní
CVCHIC	Kultivace virologická (kuřecí embryo)	obsoletní
CVRSV	Kultivace virologická RS viru
CVRHINO	Kultivace rhinovirů	obsoletní
CVCMV	Kultivace virologická CMV
CVHSVVZV	Kultivace virologická HSV a VZV
CVHHV6	Kultivace viru HHV6	obsoletní
CVCHLAM	Kultivace chlamydií
CVPOLIO	Kultivace virologická poliovirů
CPGEN	Kultivace parazitologická obecná
CPTRVA	Kultivace Trichomonas vaginalis
MPGEN	Mikroskopické vyšetření parazitologické obecné
CYGEN	Kultivace mykologická obecná
CYGENA	Kultivace mykologická obecná v automatickém systému
MYGEN	Mikroskopické vyšetření mykologické obecné
CYDERM	Kultivace na dermatofyta
CAGEN	Kultivace bakteriologická obecná
CAGENA	Kultivace bakteriologická obecná v automatickém systému
CAENT	Kultivace bakteriologická na střevní patogeny
MAGEN	Mikroskopické vyšetření bakteriologické obecné
CAMYBA	Kultivace na mykobakteria
CAMYBAA	Kultivace na mykobakteria v automatickém systému
MAART	Mikroskopické vyšetření acidorezistentních tyček
CAMYLF	Kultivace mykoplasmat
CACABA	Kultivace kampylobakterů
CACLDI	Kultivace Clostridium difficile
CAANEAR	Kultivace bakteriologická anaerobní
CAANEARA	Kultivace bakteriologická anaerobní v automatickém systému
CANEGO	Kultivace Neisseria gonorrhoeae
CANEME	Kultivace Neisseria meningitis
CAMHUU	Kultivace Mycoplasma hominis a Ureaplasma urealyticum
CAHEPY	Kultivace Helicobacter pylori
CAARHE	Kultivace Arcanobacterium haemolyticum
CAPAKO	Kultivace patogenních korynebakterií
CABORD	Kultivace bordetel
CAHEMO	Kultivace hemofilů
CALEGI	Kultivace legionel
CAYERS	Kultivace yersinií
CAVIBR	Kultivace vibrií
CAECO157	Kultivace Escherichia coli O157
CAGAVA	Kultivace Gardnerella vaginalis
CAURUR	Kultivace Ureaplasma urealyticum
CAMYHO	Kultivace Mycoplasma hominis
MICRA	Vyšetření mikroorganismů - agens; obecná procedura
MICRC	Vyšetření mikroorganismů - kultivace; obecná procedura
	Selektivní kultivace:
CAMRSA	- na meticilin rezistentního stafylokoka
CAESBL	- na gram - tyčinky s ESBL
CAKARB	- na gram - tyčinky s karbapenemázou
CAVRE	- na vankomycin rezistentní enterokoky
CASPSB	- na Streptococcus agalactiae
	K dořešení s ohledem na strukturu datového bloku VRK:
?	Stanovení metodou PCRM (multiplex)	?
?	Detekce antigenu	?

Poznámky:

Mapování na NPU není, v NPU se procedury neřeší.

Tyto položky NČLP mají ve své definici (stav od roku 2024):

GESCE = M (mikrobiologie), VZNIK = K (mikrobiologická vyšetření),

TYP POLOŽKY = K, FORMÁT HODNOTY = K.

Realizace objednávky mikrobiologického mikroskopického, kultivačního či PCRM vyšetření v DS4:

K realizaci objednávky mikrobiologického kultivačního vyšetření cestou DASTA slouží blok ku_o_lab a v něm vnořený blok lopk.

V bloku lopk se uvádí položka NČLP, nesoucí informaci o systému a proceduře a dále se uvádí:

- specifikace systému (z níž vyplývá i lokalizace) - viz číselník [NCMPSPM]

- subspecifikace systému (včetně upřesnění lokalizace) - volným textem

- způsob získání materiálu - viz číselník [NCMPZZM]

- a případně specifikace objednávky - viz lopok

Položky NČLP pro realizaci objednávky slouží jak k objednávání, tak i ke sdělování výsledku.

Poznámka:

Původně byly pro sdělování výsledků ke každému systému zavedeny informatické položky s procedurou „DTP“ (položky s gescí „Z“). Tato koncepce zavedená v roce 2002 byla v roce 2024 definitivně opuštěna, mimo jiné také s ohledem na budoucí mapování na HL7 FHIR.

Realizace sdělování mikrobiologického mikroskopického, kultivačního či PCRM vyšetření:

K realizaci sdělování vyšetření cestou DASTA slouží blok ku_z_lab a v něm vnořený blok vrk.

V bloku vrk jsou zpětně zasílané údaje z objednávky (specifikace a subspecifikace systému, způsob získání materiálu a další) a výsledky realizovaných vyšetření:

- mikroskopický nález (volným textem)

- informace o přítomných agens včetně citlivostí na ATB a o způsobu jejich zjištění (blok vrkpa)

- hodnocení nálezu a poznámky k nálezu

Blok vrkpa je zařazován vždy pro každé zjištěné (či testované) agens, ke kterému jsou připojované podrobnější informace o jeho přítomnosti, kvantitě, sdělení vyšetření citlivosti na antimikrobiální látku (kvalitativně nebo ve formě MIC), dourčení agens, hodnocení a poznámky.

Přítomný agens se sděluje v bloku vrkpa prostřednictvím číselníku [NCMPAG] („seznam agens“).

Jedná se o rozsáhlý číselník obsahující většinu pro praxi potřebných agens. Je průběžně doplňován.

Číselníků agens existuje ve světě řada, vhodný výběr je záležitostí konsenzu. V DS4 a NČLP je užíván výše zmíněný NCMPAG - rychlý náhled na jeho obsah je zde: NČLP - číselník aktuálních agens

Tento číselník je nyní z velké části namapován na číselník SNOMED CT, bude možné využívat oba.

V datovém bloku vrkpa by bylo možné vytvořit možnost využívat více číselníků, toto je ale zásadní odbornou otázkou, kterou musí vyřešit tuzemští mikrobiologové, nebo nám ji časem (možná) vyřeší standardy EU.

Z číselníku NCMPAG je vytvořena jeho podmnožina, číselník „seznam agens použitých v NČLP“, který je využíván při definování položek NČLP týkajících se vyšetření konkrétních agens.

(Tento číselník je nyní pouze interní, využíván je při práci s položkami z gesce M a S v programu ČLP a také v hypertextových sestavách těchto položek - umožňuje přehledně zatřídit různá vyšetření k témuž agens.)

Příklad položek:

Pro objednávku i pro sdělení:

18439 Agens (Vzorek z oblastí ORL; vyšetření mikroorg. [-] Kultivace mykologická obecná)

specifikace systému: SWNTH = výtěr z nosohltanu

Provizorní řešení z roku 2013:

Když IS neuměl rozlišovat jednotlivé systémy v rámci položek typu „agens“ dle výše uvedené konstrukce, byla pro praxi k dispozici pomocná zástupná položka pro zjednodušené formalizované sdělování: REP_AGENS_DTP s klíčem 20859

a odpovídající zástupná položka pro realizaci objednávek

REQ_AGENS_DTP s klíčem 20866 (protějšek položky 20859).

Toto původní dočasné provizorní řešení by již nemělo být používáno, byť nebylo v rámci NČLP ani DASTA zcela zrušeno - položky 20859 a 20866 jsou nyní označené jako obsoletní a později budou zrušené.

Poznámky k praxi - nutné úpravy:

Datové bloky pro kultivační vyšetření jsou součástí DASTA od verze 2.0, byly publikovány v rámci pracovního dne ČLS v roce 2002, prošly připomínkovým řízením v příslušných společnostech ČLS.

Přesto nebyly dlouho realizovány do mnohých LIS, v praxi se používaly jen ojediněle, spíše pro realizaci objednávek, než pro formalizované sdělování. Konečně v roce 2024 byly zapracovány do několika významných LIS.

Vzhledem k výše zmíněné situaci je nyní vhodné doplnit a dodebatovat několik dílčích částí datových bloků a několik číselníků, jako:

- vlastnosti agens [NCMPAGV] - nutno doplnit

- přítomnost [LMHPUVN] - vhodné doplnit

- antimikrobiální látka [NCMPATML] - vhodné doplnit

Současné datové bloky byly revidovány a následně budou nanejvýš jen mírně inovovány s ohledem na chystané standardy EU a na HL7 FHIR.

Poznámky:

Pro snazší orientaci v nabídce poznámkových a interpretačních textových položek jsou k dispozici aktuální dokumenty:

Interpretační texty k mikrobiologickým vyšetřením

Stupeň epidemiologické závažnosti

Při inovaci v roce 2020 byly vytvořeny pracovní dokumenty, které usnadňují vazbu na původní položky původní koncepce (nyní již historické dokumenty):

Systémy pro mikrobiologické položky

Inovace mikrobiologických položek 2019-2020

K původnímu úvodnímu seznámení s problematikou byl v roce 2002 vytvořen dnes již historický dokument:

NČLP a mikrobiologická vyšetření - uvádíme jen pro úplnost, dokument již není a nebude aktualizován

18. 4. 2024